Δομική γονιδιωματική (1) / Διάλεξη 4 / Στόχοι Μελέτης, DNA – Ο φορέας της γενετικής πληροφορίας, Προβλήματα στην αλληλούχιση και μέθοδοι αντιμετώπισης τους, Χρωμοσωμικοί, Γενετικοί, Φυσικοί χάρτες και Χάρτες αλληλουχίας (και Ασκήσεις), Νέα μηχανήματα αλληλούχισης, Συναρμολόγηση και αποθήκευση δεδομένων, To μέλλον των αναλύσεων, Εύρεση γονιδίων στις αλληλουχίες γονιδιωμάτων - Τριανταφυλλίδης Αλέξανδρος (ΑΡΙΣΤΟΤΕΛΕΙΟ ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΘΕΣΣΑΛΟΝΙΚΗΣ, 2014)
Στόχοι Μελέτης, DNA – Ο φορέας της γενετικής πληροφορίας, Προβλήματα στην αλληλούχιση και μέθοδοι αντιμετώπισης τους, Χρωμοσωμικοί, Γενετικοί, Φυσικοί χάρτες και Χάρτες αλληλουχίας (και Ασκήσεις), Νέα μηχανήματα αλληλούχισης, Συναρμολόγηση και αποθήκευση δεδομένων, To μέλλον των αναλύσεων, Εύρεση γονιδίων στις αλληλουχίες γονιδιωμάτων: Καλημέρα πρώτα απ' όλα. Αυτό που μας ενδιαφέρει, κάνουμε σε σύνδεση με το προηγούμενο, με το χθεςινό. Και έχουμε και λέμε. Πρώτα απ' όλα. Αυτό... Ναι. Επίσης έχω βάλει αυτό από πίσω. Καθίστε λίγο να ξεκινήσουμε. Εεε... Στο προηγούμενο μάθημα ολοκληρώσαμε χθες, ολοκληρώσαμε τους λόγους για τους οποίους είναι ενδιαφέρον και όπου γουστάμε να ασχολούμαστε με γονιδιωματική. Και ξεκινήσαμε πια να μπαίνουμε σιγά σιγά στα κομμάτια που έχουν να κάνουμε τη δομική γονιδιωματική. Συζητήσαμε χθες και ξεκινήσαμε να συζητάμε τα προβλήματα της δομικής γονιδιωματικής. Τι προβλήματα έχουμε να θέλουμε να αλληλουχίσουμε ένα γονιδίωμα. Θέλει κάποιος να μου πει ποιο είναι αυτά τα προβλήματα. Ήταν τέσσερα προβλήματα. Τι θυμάσαι? Το μέγεθος ένας χρωμοσομάτων. Δηλαδή, το μέγεθος των χρωμοσομάτων. Ποιο είναι το πρόβλημα εδώ πέρα. Ποιο είναι το πρόβλημα. Ποιο είναι το πρόβλημα. Αυτό είναι το άλλο. Για πες το μικρό σου. Δεν μπορούσαν να διαβάσουν παραπάνω από 600 βάσεις. Τα μηχανήματα που είχαν τότε δεν μπορούσαν να διαβάσουν παραπάνω από ένα μέσο όρο διαβάζουν από 600 βάσεις. Ενώ ένα χρωμόσομα είναι 1000 εκατομμύρια βάσεις. Άρα λοιπόν πως μπορείς με ρυθμό 600 βάσεις κάθε φορά να διαβάσεις έναν ολόκορο χρωμόσομα. Δεν γίνεται αυτό. Άλλο. Ναι, το μικρό σου. Γιάννη, το DNA έχει επαναλαμβανόμενες αλληλουχίες. Έχει επαναλαμβανόμενες αλληλουχίες. Και όταν διαβάζεις ένα μικρό κομμάτι από 600 βάσεις δεν ξέρω αν είναι στην αρχή, στη μέση, στο τέλος. Το DNA είναι επαναλαμβανόμενο και μπορεί να είναι και 1000 βάσεις. Άρα όταν διαβάζεις 600 βάσεις που ξέρεις αυτό το κομματάκι που διάβασες σε ποιο μέρος της αλληλουχίας αντί στοιχείς. Άλλο. Ο πολυμορφισμός. Ο πολυμορφισμός. Δηλαδή. Δηλαδή. Α, το συμφίσω. Ναι, ναι. Πες το όλο. Άσε. Άσε. Ποιος θέλει να βοηθήσει τον πολυμορφισμό. Ποιος θέλει να βοηθήσει τον πολυμορφισμό να μας πει γιατί είναι πρόβλημα ο πολυμορφισμός. Έλα κι η άλλη. Δεν μου αρέσει να κάνω μάθημα με δύο άτομα. Έτσι, πέντε άτομα. Θέλω να κάνω μάθημα με όλους. Να κάνω μάθημα με όλους. Ό,τι και μ' ανομίζετε, ό,τι και λάθος να πείτε πίσω τώρα βλέπω. Άντε πες με ρόπι. Ότι αν, ας πούμε, υπάρχει κάποιος ιτεροζυγότης. Ναι. Μπορείς να βάσεις κάποια βάση σε λεσσα βάση. Δεν ξέρω αν είναι λάθος το μηχάνημα ή αν είναι ό,τι σε λεσσα βάση. Επειδή ακριβώς γίνονται λάθος το μηχάνημα, όταν θα βγάλεις ένα διαφορετικό αποτέλεσμα σε μία αλληλουχία από την αντίστοιχη αλληλουχία που έχεις διαβάσει πριν από λίγο, πώς ξέρεις αν αυτό είναι το αποτέλεσμα λάθους του μηχανήματος ή είναι αποτέλεσμα του γεγονότης του πολυμορφισμού, οπότε έχεις διαβάσει τα ένα από τα δύο χρωμοσώματα και έχεις τα δύο αλληλόμορφα. Ωραία. Και το τέταρτο. Όχι ο Γιάννης, όχι η Πεντερίνα, όχι η Μερόπη, όχι η Μαρία. Κάποιος άλλος. Το τέταρτο. Για θυμηθείτε, ποιο ήταν το τέταρτο και το πιο δύσκολο ίσως, που δεν το λύνεις εύκολα κιόλας. Πες, Μιχάλης. Υπάρχουνε κομμάτια του DNA, τα οποία δεν ανοιχτήκουν, για να είναι ωραία. Ωραία. Υπάρχουνε κμήματα DNA, τα οποία συνήθως είναι αιτεροχρωματινικά, τα οποία για κάποιο λόγο δεν ξέρουμε, δεν κλονοποιούνται καλά. Και για να μπορέσουν να διαβάσουνε το DNA, χρειάζεται πρώτα από όλα να το πάρεις, να το απομονώσεις, να το βάλεις σε φόρης κλονοποίηση και μετά να το διαβάσεις. Άρα, λοιπόν, εκεί πέρα το χάνουμε. Αυτά είναι τα τέσσερα προβλήματα που είπαμε, εντάξει. Τώρα, και πώς είπαμε ποια είναι η λύση για να μπορέσουμε να λύνουμε κάποια προβλήματα, την έχουμε εδώ πέρα σε αυτή την απλή εικόνα. Κάποια στιγμή θα δούμε και βιντεάκια που θα σας βοηθήσουν και όλας περισσότερο, όταν πια έχουμε πάρει ολόκληρη την εικόνα, θα καθίσουμε να δούμε και κάποια βιντεάκια που θα σας βοηθήσουν ακριβώς να το πάρετε πια και ολόκληρο συνολικά για να ξέρετε. Πρώτα θα πούμε τις λεπτομέρειες και μετά θα φτάσουμε να δούμε και τα βιντεάκια. Θα σας είναι πολύ βοηθητικά. Για πείτε, λοιπόν, ποια είναι η λύση. Με ενδιαφέρον να τα ξαναπούμε γιατί για σας αυτή τη στιγμή όλα αυτά είναι πρωτόγνωρα. Και θέλει λίγο να μπουν στο μυαλό σας και να τα καταλάβετε. Με την επανάληψη να τα καταλάβετε. Και άμα τα καταλάβετε, εδώ είμαι, να τα συζητήσουμε. Ναι, πες, Νερό. Σπάμε το ίδιο χρωμόσομα σε πολλά λεπτομέρειά και μετά προσπαθούμε να τα συνδέσουμε, να τα ενώσουμε. Σπάμε το χρωμόσομα σε κομματάκια. Ποια είναι η λέξη κλειδί, ναι, αλληλεπικάλιψη. Αυτό θέλω να σας μείνει πάρα πολύ καλά. Δηλαδή ο στόχος μας είναι να έχουμε κομμάτια αλληλεπικαλυπτόμενα. Για να μπορούμε όταν διαβάσουμε αυτά τα κομμάτια, να μπορούμε, εφόσον όλα αυτά τα κομμάτια είναι διαφορετικά μόρια, διαφορετικά αντίγραφα του ίδιου μορίου, να μπορούμε να το διαβάσουμε το ίδιο μόριο πολλές φορές, για να μπορούμε να περπατήσουμε πάνω στα χρωμοσώματα, αυτή την έκφραση την δούμε κι άλλη φορά, περπάτημα πάνω στα χρωμοσώματα, ώστε να μπορούμε να πάμε έτσι, έτσι, έτσι, έτσι, έτσι, έτσι. Και να μπορέσουμε τελικά το πάζλ να το συμπληρώσουμε και να κάνουμε τη συναρμολόγηση του χρωμοσώματος μας, του ιδιώματος μας. Η λέξη συναρμολόγηση θα την ακούσουμε πάρα πολλές φορές, γιατί πραγματικά συναρμολόγουμε από κομματάκι κομματάκι του χρωμόσωμα. Καλή ερώτηση. Εκείνο που είπατε για πολυμορφισμό και τα λάστι, τι εξηγήσατε πάρα πολλές φορές. Ωραία, ναι, ναι. Λοιπόν, θα σου λίγο να το δούμε. Εδώ, εδώ είναι ακριβώς αυτό που λέμε. Έχουμε, όταν κάνεις διαβάσματα από τα διαφορετικά αντίγραφα του ίδιου μωρίου, μπορεί κάποιες φορές να πάρεις διαφορετικό αποτέλεσμα για την ίδια θέση. Πώς θα το εξηγήσεις αυτό το διαφορετικό αποτέλεσμα. Εφόσον το σημειούσαμε και χθες, πρώτα στο τέλος, πώς να το ξαναπούμε. Όταν, εφόσον διαβάζεις την ίδια περιοχή πολλές φορές, πες ότι διαβάζεις 10 φορές. Είχαν πει οι ερευνητές ότι για να είμαστε στατιστικά OK, ότι έχουμε πάρει ένα καλό αποτέλεσμα, ότι έχουμε διαβάσει σωστά μια περιοχή και είπαμε ότι θα έχουμε, θέλαμε να έχουμε, ένας μία βάση λάθος στις 10.000. Έτσι ήθελαν αρχικά οι ερευνητές. Ενώ συνήθως η πολυμεράση και η διαδικασία της αλληλούχησης έκανε λάθος ένας στις 100 βάσες. Λοιπόν, είπαν οι ερευνητές ότι χρειάζεται να περάσουμε από την ίδια θέση επάνω στον χορμοσόμετρο τουλάχιστον 10 φορές. Δηλαδή να πάρουμε 10 ανεξάρτητα διαβάσματα της ίδιας περιοχής και να δούμε τελικά το αποτέλεσμα. Αν και στα 10 έχουμε το ίδιο αποτέλεσμα, αδενήνη ας πούμε, τότε σε εκείνη τη θέση πια είναι αδενήνη. Άμα πάρουμε τώρα, είναι θέμα μετά επιθανοτήτων. Σε περίπτωση πάρουμε 50-50% από δύο διαφορετικά μυκλωτίδια, τότε κατά πάσης επιθανοτήτα αυτό σημαίνει ότι ο άτομος μας είναι ιτεροσυγώτη για αυτή τη θέση. Άρα λοιπόν, τα πέντε διαβάσματα είναι από το ένα χρωμόσομα και τα άλλα πέντε διαβάσματα από το άλλο μόνο χρωμόσομα. Αν πάρουμε μια φορά στις 10 ένα άλλο αποτέλεσμα, τότε αυτό είναι λάθος του μηχανήματος. Εντάξει, το καταλαβαίνετε, ε? Ναι. Τώρα βέβαια επαναλαμβάνω ότι όλα αυτά είναι στοχαστικά. Όταν ξεκινάς να κάνεις αλληλούχηση διαβάζεις τυχαία διαφορετικά κομματάκια. Δεν είναι δεδομένο καθόλου και η αλήθεια είναι ότι δεν θα το πετύχεις κιόλας να πάρεις 10 φορές διάβασμα την ίδια περιοχή. Αλλού θα πάρεις 7, αλλού θα πάρεις 15. Εκεί είναι που θα έχει σημασία την ιδιοπληροφορική προσέγγιση, οι υπολογιστές, τα προγράμματα που θα χρησιμοποιήσεις για να σου ενώσουν τα κομματάκια και να προσπαθείς να στανολογίσεις και να πάρεις τελικό αποτέλεσμα. Απλώς αυτό το οποίο είναι σημαντικό ποιο είναι. Σκεφτείτε ότι το ανθρώπινο γωνιδίμα που είναι 3 δις εκατομμύρια βάσεις. Εμείς, όπως είπαμε, θέλουμε να το διαβάσουμε κάθε θέση 10 φορές. Άρα τι σημαίνει αμέσως αυτό κατευθείαν ότι για να πάρουμε ένα ανθρώπινο γωνιδίμα που είναι 3 δις εκατομμύρια βάσεις, πρέπει να διαβάσουμε πόσες βάσεις? 30 δις εκατομμύρια βάσεις. Γιατί σημαίνει ότι το κάθε χρωμόσο πρέπει να το διαβάσεις 10 φορές στατιστικά να ξέρεις ότι είσαι σωστός. Εδώ είναι λοιπόν που μπαίνει για πρώτη φορά και η έννοια της κάλυψης του γωνιδιώματος. Να το θυμάστε αυτό, κάλυψη γωνιδιώματος σημαίνει το coverage που σημαίνει πόσες φορές έχεις διαβάσει αυτό το γωνιδίωμα. 10 πλάσια κάλυψη γωνιδιώματος σημαίνει ότι έχουμε προσπαθήσει κατά μέσο όρο από κάθε περιοχή, από κάθε θέση του γωνιδιώματος να περάσουμε 10 φορές. Αυτό γινόταν στα μηχανήματα, είπαμε τα κλασικά τα μηχανήματα τα API, αλλά μετά που βγήκαν τα καινούργια τα μηχανήματα τα Illumina, που το μέσο μέγεθος του διαβάσματος του RIS ήταν πολύ μικρότερο, 50 βάση όλο και όλο, εκεί χρειαζόταν για να είμαστε σίγουροι 30 επικάλυψη. 30 επικάλυψη, έπρεπε να διαβάσουμε, δηλαδή όχι 30 δισεκατομμύρια βάση, έπρεπε να διαβάσουμε 90 δισεκατομμύρια βάση. Τι σημαίνει από αυτό, ότι παίρνεις πάρα πολύ πληροφορία, χρειάζεσαι πάρα πολύ πληροφορία για να παίρνεις ένα σωστό αποτέλεσμα. Εντάξευασταν μέχρι εδώ πέρα. Λοιπόν, και εδώ πέρα αναφέρω για πρώτη φορά τις δύο διαφορετικές μεθόδους που ακολουθήθηκαν για να πάρουμε τελικά το αποτέλεσμα και θα το δούμε και παρακάτω. Μέχρι τώρα, με αυτή τη τακτική διέρ και βασίλευε που λέμε, ότι το κόβουμε σε κομματάκια και διαβάζουμε δεκαπλάσια φορά, τι μπορέσαμε από αυτά τα τέσσερα προβλήματα να λύσουμε, ποιος θέλει να μου πει. Είπαμε τέσσερα διαφορετικά προβλήματα. Με αυτή τη τακτική τώρα που λέμε, τα λύσαμε και τα τέσσερα προβλήματα, πώς σας φαίνεται. Τι λύσαμε, τι δεν λύσαμε. Τι λύσαμε, τι δεν λύσαμε. Ναι. Τα λάθη. Το πρώτο κομμάτι, το μένι του γονιδιώματος. Βασικά λύσαμε το πρώτο και το δεύτερο. Δεύτερο, τα μεγάλα κομμάτια τα σπάζουμε σε μικρότερα κομμάτια, όταν τα διαβάζουμε, με συναρμολόγηση μικρότερων κομματιών και από το δεκαπλάσιο που κάνουμε, καταφέρουμε να δούμε αν είναι λάθος πολυμοφισμί. Τα αντίωλήσαμε. Οι επαναλαμβανόμενες ακολουθίες ακόμα δεν έχουν λυθεί ακόμα. Γιατί είναι τόσο μεγάλες οι επαναλαμβανόμενες ακολουθίες, όπου και πάλι έχεις πρόβλημα να συναρμολογίσεις. Δηλαδή 600-600-600-600-600 να διαβάσεις ακόμα και τις διαβάσεις, πόσες φορές 600 θα μπορέσεις να βάλεις την μια από την άλλη για να ξέρεις τελικά πού είναι αυτό το επαναλαμβανόμενο το κομμάτι. Τα επαναλαμβανόμενα κομμάτια ακόμα δεν το έχουμε λύσει, που αντιστοιχούν. Εδώ έρχεται, στο τρίτο πρόβλημα, έρχεται εδώ πέρα να μας απαντήσουν κάποια μια προσέγγιση. Θα την πούμε λίγο και την ξαναδούμε και ξανά. Λοιπόν, δύο διαφορετικές προσεγγίσεις για το ανθρώπινο αγωνιδείωμα και όχι μόνο για το ανθρώπινο αγωνιδείωμα. Είναι βασικές προσεγγίσεις όταν θέλεις να δουλέψεις με ποιοδήποτε καινούριο αγωνιδείωμα. Μπορείς να πας είτε ιεραρχημένα κάτω είτε συνολικά πάνω. Και στην άλλη προσέγγιση αυτό που θα δείτε είναι στα αγγλικά sequencing, χειραρχικά ή whole genome και μετά υπάρχει και το shotgun, το οποίο δεν το μεταφράζω βέβαια, αλλά τι σημαίνει shotgun. Στα αγγλικά τι σημαίνει shotgun. Καραμπίνα. Τι κάνει καραμπίνα. Μια και κάτω. Δεν είναι ακριβώς μια και κάτω, είναι κάτι άλλο όμως που θέλουμε. Ποιο είναι το βασικό της καραμπίνας. Πες πιστογέρη. Τι κάνει η καραμπίνα όταν ρίχνει. Πολλά βλήματα σκάγια βαζί πέφτουν έτω. Πέφτουν πολλά μαζί κάπου και σπάνε σε μικρότερα κομματάκια. Αυτή την έννοια έχει το shotgun. Το shotgun έχει την έννοια ότι όπως θα σπάσει το αγγωνιδείωμα θα σπάσει σε πολλά μικρά κομμάτια. Είναι αυτό που είπαμε ότι θέλουμε. Το σπάσουμε το αγγωνιδείωμα σε μικρά μικρά κομματάκια. Γι' αυτό το shotgun. Τώρα, εδώ πέρα είναι δύο διαφορικές προσεγγίσεις όπως είπαμε. Η μια ήταν που ακολουθήθηκε από το πρόγραμμα του δημόσιο τομέα και η άλλη είναι η σελέρα του vendor. Θα το δούμε λίγο στη συνέχεια αλλά το ιεραρχημένο όπως καταλαβαίνετε όταν θέλεις μια ιεράρχηση καταλαβαίνετε και σας έκανε απομονή ότι θέλει μια δουλειά. Το συνολικό άντε πάμε μπου και το κάνουμε όλοι μαζί. Το ιεράρχηση σημαίνει ότι θέλει μια οργάνωση. Αυτό θα το θυμάστε. Και θα εξηγήσουμε και τι σημαίνει ιεράρχηση. Ιεράρχηση σημαίνει ότι πρώτα έπρεπε να φτιάξουμε χάρτες και θα δούμε ακριβώς πώς φτιάχτηκαν οι χάρτες. Στις επόμενες διαλέξεις θα συζητήσουμε αυτούς τους χάρτες. Έπρεπε να φτιάξουμε μεγάλους φυσικούς και γενευτικούς χάρτες. Θα θυμηθείτε τώρα από τη γενετική σας τι σημαίνει φυσικός χάρτης και γενετικός χάρτης. Και αφού τα βάζαμε σε μια σειρά μετά θα λιλοχούσαμε. Ενώ η σελέρα σπάζουμε το γλυδί μας σε μικρά κομματάκια και λιλοχούμε. Πιο χρονοβόρο σίγουρα αυτό. Πιο γρήγορο αυτό το λοικό αλλά και πιο δύσκολο άμα δεν έχεις μια κάποια πληροφορία. Να δούμε λοιπόν τι γίνεται. Πριν πάμε σε αυτή τη διαδικασία και πριν αρχίσουμε να συζητάμε λίγο για τις διαφορετικές τις προσεγγίσεις θα δούμε λίγο πολύ γρήγορα κάποια πράγματα που θα μας χρειαστούν σε κάτι διάρκεια μιας ανάλυσης των ιδιώματος. Πρώτα απ' όλα θέλεις όμως κλωνοποίηση. Εδώ είναι το πρόβλημα που λέμε ότι χρειάζεται να έχετε κάποιες πληροφορές υπογενετικοί μηχανικοί θα το παρακάμψουμε λίγο αλλά δεν θα σας δημιουργεί τόσο μεγάλο πρόβλημα καλό είναι να το καταλάβετε και στη διάρκεια των μαθημάτων τι γίνεται. Όπως είπαμε πρώτα απ' όλα το DNA όταν θέλεις να το αλληλουχήσεις θέλεις να έχεις υπόλοιπη ποσότητα. Άμα απλώς παίρναμε DNA από μένα και πάραμε να το διαβάσουμε αμέσως έστω ότι κάποια στιγμή κάποια από αυτά τα DNA δεν δουλεύανε καλά και έπρεπε να επαναλάβουμε. Πώς ξέρεις όμως ποιο κομμάτι ήταν αυτό που μου έλειπε δεν δούλεψε καλά και πώς θα μπορέσεις να το ξανανακτήσεις αυτό μόνο το κομμάτι για να το δουλέψεις. Για αυτό λοιπόν αυτό που είναι το ενδιάμεσο στάδιο από την αλληλουχήσεις είναι η κλονοποίηση πρώτα τα κομμάτια τα σπάζουμε αποθηκεύουμε το καθένα κομμάτι σε έναν φορέα κλονοποίησης οπότε το κάθε κομμάτι έχει κατά κάποιο τρόπο ένα όνομα. Είναι το πλασμίδιο 10743 το πλασμίδιο 10744 το πλασμίδιο 10745 κάθε φορά ξέρουμε τι διαβάζουμε μπορεί να μην ξέρουμε την αλληλουχία μέσα σε αυτό το πλασμίδιο μπορεί να μην ξέρουμε που αντιστοιχεί σε ποια θέση του χρωμοσώματος αλλά παρόλα αυτά ξέρουμε ότι αυτή τη στιγμή διαβάζουμε αυτό το κομμάτι. Αν κάτι πάει στραβά στο διάβασμα αυτού του κομματιού τουλάχιστον μπορούμε επειδή είναι κλονοποίηση είναι αποθηκευμένο μπορούμε ανά πάσα στιγμή να επιστρέψουμε σε αυτό να το ξαναπολαμπλασιάσουμε και να το ξαναδιαβάσουμε. Κλονοποίηση τι είναι είναι μια διαδικασία που αποθηκεύει το DNA σου σε φορείς κλονοποίησης. Τώρα θα δούμε ότι χρησιμοποιήσαμε διάφορους μεθόδους και διάφορους φορείς κλονοποίησης θα το δούμε λίγο πιο μετά. Άλλες φορές θέλουμε μικρά κομματάκια άλλες φορές θέλουμε λίγο μεγαλύτερα κομματάκια γιατί και πως το κρατάμε για πιο μετά. Αυτό που θα χρειαστεί απλώς να θυμάστε και είναι άμεσα συνδεδεμένο με αυτό που λέγαμε πιο πριν είναι ότι όταν θέλουμε είπαμε θέλουμε μια δεκαπλάσια κάλυψη του γωνιδιώματος να διαβάσουμε 10 φορές το γωνιδίωμα. Άρα αυτό σημαίνει ότι θα πρέπει να ξεκινήσουμε και από μια βιβλιοθήκη που επίσης έχει το κάθε κομματάκι του γωνιδιώματος σε 10 διαφορτικά αντίγραφα. Αυτό σας μπερδεύει το καταλαβαίνετε εσείς αν μπερδεύεστε συνήθως και εδώ θέλω λίγο να εμπόξω ότι το θεό κάνει το μάθημα αυτό αρκετά χρόνια οπότε που κολλάτε οι περισσότεροι το έχω εμπόξει για αυτό σημαίνει ότι κάποιες φορές επιμείνω σε κάποια πράγματα περισσότερο. Εσείς σας σημαίνει συνήθως μια εντύπωση ότι όταν αποθηκεύω ένα γωνιδίωμα έχω μόνο αυτά τα χρωμοσώματα ενός κυτάρου και αυτό αποθηκεύω κομματάκι κομματάκι. Όταν πας να κάνεις σε μια βιβλιοθήκη δεν έχεις DNA από ένα κύτταρο έχεις από πάρα πάρα πολλά κύτταρα. Άρα έχεις πάρα πολλά αντίγραφα από τα διάφορα χρωμοσώματα. Άρα λοιπόν σε μια βιβλιοθήκη δεν είναι δεδομένη ότι έχεις τα διαφορετικά κομματάκια του ίδιου DNA του ίδιου κυτάρου θα έχεις πολλές και πολλές και πολλές φορές κομματάκια από διάφορα χρωμοσώματα από διάφορα κύτταρα. Άρα λοιπόν αυτό που σας ενδιεφέρον είναι ότι τελικά σε αυτή τη βιβλιοθήκη να έχεις καταφέρει να έχεις τουλάχιστον από όλο το γωνιδίωμα κομματάκια. Γιατί σε μια βιβλιοθήκη επειδή είναι μια διαδικασία κατασκευής τεχνικής δεν σημαίνει ότι όταν θα κάνεις θα προσπαθείς να αποθηκεύεις το DNA σου θα αποθηκευθεί όλο τακτοποιημένα. Για οποιοσδήποτε λόγος και το σητήσαμε λίγο πιο πριν, κάποια τμήματα μπορεί πιο εύκολα να κλονοποιηθούν, κάποια τμήματα να μην κλονοποιηθούν. Θα έχεις λοιπόν όλο το DNA, όλο το γωνιδίωμά σου σε αυτή τη βιβλιοθήκη, μπορεί και όχι. Ο σκοπός μας όμως είναι σε αυτές τις βιβλιοθήκες να έχουμε τουλάχιστον 10 φορές αντίγραφα του κάθε τίματος του γωνιδιώματος. Για να πούμε ότι μετά θα πάρουμε ένα ένα αυτά πλασμίδια, ας πούμε θα τα διαβάσουμε το ένθυμά τους και θα έχουμε τελικά το γωνιδιωμά μας. Το καταλαβαίνετε, εεε, το χωράμε. Υπρητισμός, θα χρειαστούμε υπρητισμό. Τον υπρητισμό τον ξέρει, δεν τον ξέρει τι σημαίνει υπρητισμός. Έχετε ακούσει και υπρητισμό. Τι είναι υπρητισμός? Υπρητισμός. Να φαίλει, ναι. Ρεαυτικά για να εντοπίσουμε ένα συγκεκριμένο κομμάτι του ΙΝΕ χρησιμοποιούμε ένας πληρωματικός ΆΡΕΝΕΙ. Όχι μόνο ΆΡΕΝΕΙ μπορεί οτιδήποτε. Για να ψαρέψουμε την αλληλούκια που θέλουμε. Εσύ μου είπες τι είναι υπρητισμός με βάση μια εφαρμογή του υπρητισμού. Με απλά λόγια τι είναι. Είναι ουσιαστικά η ένωση δυο συμπληρωματικών κομμάτων κομματιών ή ΔΕΝΕΙ-ΔΕΝΕΙ ή ΆΡΕΝΕΙ-ΔΕΝΕΙ. Ο υπρητισμός είναι μια διαδικασία στην οποία δύο μονόκλωνα κομμάτια ΔΕΝΕΙ-ΔΕΝΕΙ-ΔΕΝΕΙ-ΆΡΕΝΕΙ λόγω συμπληρωματικότητας ενώνουν και κάνουν ένα δίκλωνο ΔΕΝΕΙ. Εντάξει. Ένα δίκλωνο μόριο. Αυτό είναι υπρητισμός. Αυτό που είπες είναι εφαρμογή η οποία ίσως έχεις ακούσει από την κυρία Μαυραγάνη. Πώς τη λένε αυτή τη τεχνική που χρησιμοποιούμε για να βρούμε κομμάτια που μας ενδιαφέρουν με τη βοήθεια φωσφορίζουσων χρηστικών. Τι φωσφορισμός. Τι φωσφορισμός. Ολόκληρο το θέλουν. Όχι. Πώς λέγεται αυτό. Ναι. Δεν ακούω. Φυς. Φυς. Το έχετε ακούσει ή όχι. Εντάξει. Αυτό είναι την φύση fluorescent in situ hybridization. Οκ. Θα τη δούμε. Κατά καιρούς αυτό που χρειάζεται είναι θα χρειαστούμε υπρητισμό γιατί θέλουμε ακριβώς να βρούμε, έχουμε ένα μικρό πλασμίδιο και θέλουμε να δούμε πού στο γωνιδίωμά μας αντιστοιχεί αυτό το πλασμίδιο. Τι μπορούμε να κάνουμε. Να κάνουμε υπρητισμό επάνω σε καριώτικο και να βρούμε τελικά αυτό το κομματάκι αντιστοιχείς αυτή την περιοχή. Γιατί θέλουμε κάποιες φορές να ξέρουμε τι διαβάζουμε. Διαβάζουμε κομμάτι από το χρωμόσομα 5, από το 15, από ποιο χρωμόσομα διαβάζουμε. Να ρωτήσουμε. Ναι. Όταν έχουμε την προσέγγιση της ολικής γωνιδιωματικής. Άσου, θα το πούμε μετά. Δεν ασχοληθήκαμε πάρα πολύ αυτή την ολική γωνιδιωματική, μετά θα τα πούμε όλα μαζί. Εντάξει. Αυτή τη στιγμή, αυτό που κάνω είναι, σας λέω μερικά κομμάτια σημαντικά για κάθε περίπτωση, να αρχίσετε να καταλαβαίνετε την κάθε διαδικασία ανεξάρτατη μία από την άλλη και κάποια στιγμή θα φτάσουμε να το πούμε όλο μαζί. Εντάξει. Γι' αυτό το πάω έτσι. Γιατί άμα σας το πω όλο βαζικά και αφήνει σας πολύ, η γωνιδιωματική στρατηγική είναι αυτό, κάνεις αυτό, εκείνο και τάλλο και τάλλο, θα χαθείτε. Λίγο-λίγο, κομματάκι-κομματάκι, και μετά θα το ενώσουμε όλο μαζί. Έγινε. Πάνω πολλές φορές αυτό που θα χρειαστούμε θα είναι να κάνουμε PCR. Γιατί θα χρειαστούμε PCR. PCR ξέρετε. PCR θα κάνουμε μαζί και στα εργαστήρια. Και στη γενετική ανθρώπιση θα κάνετε PCR και στα ειδικά θέματα γενετικής θα κάνετε PCR. Μέχρι τώρα δεν έχετε κάνει PCR, νομίζω. Όχι. Λοιπόν, το μεγάλο πρόβλημα που έχετε κατά καιρούς είναι ότι λέμε το, θα κάνουμε PCR και θα χρειαστούμε κινητές να ενισχύσουμε το DNA μας. Όπως σας είπα, σας ανέφερα το ότι έχουμε τους φορείς κλονοποίησης και τους χρειαζόμαστε αυτούς για να διαβάζουμε το ένθεμα, να διαβάζουμε το κομματάκι του γωνιδιώματος το οποίο θέλουμε να διαβάσουμε. Και θα χρειαστεί να κάνουμε και PCR. Αυτό που ξέρετε είναι ότι στο PCR χρειάζονται κινητές. Κινητές, όμως σε μια άφρουστη ακολουθία, τι κινητές θα έχουμε, πως τα ξέρουμε σε όλο το γωνιδίμα που δεν ξέραμε. Τους κινητές τους σχεδιάζεις με βάση μια υπάρκουσα αλληλουχία. Εμείς τότε ξεκινούσαμε το 90, το 2000, να δουλεύουμε με αλληλουχίες που δεν ξέραμε. Πως θα κάνεις PCR εκεί πέρα, πως θα ενισχύσεις, πως θα πολλαπλασιάσεις αυτή την αλληλουχία σου. Έχετε καμιά ιδέα. Λέει εδώ πέρα PCR. Ναι. Να βάλουμε διαφορετικού σε κινητές. Λέζει ο λιγόρνι βλοτιδικούς και ό,τι πάρουμε. Ναι, αλλά δεν μπορείς να δουλεύεις με το ότι πάρουμε. Θέλεις να ενισχύσεις εκείνο το κομμάτι που χρειάζεσαι εκείνη τη στιγμή. Είπαμε ότι θα ξεκινάμε από έναν κλόνο, θα ενισχύουμε το DNA και θα δουλεύουμε στο το DNA. Αν εξοποιήσουμε τυχαία συγκεκριτές, μπορεί και να δουλέψεις καθόλου. Ναι. Για πως χρησιμοποιούμε κινητές από άλλους οργανισμούς. Χρησιμοποιούμε κινητές από άλλους οργανισμούς, σημαίνει το πασαλού. Όχι, δεν είναι αυτό. Εσύ λες πως χρησιμοποιούσαμε παγκόσμιους κινητές αυτό που λέμε. Παγκόσμιους κινητές έχουν σχεδιαστεί για ένα συγκεκριμένο γονίδιο. Θα σου δουλέψει μόνο εκείνο το γονίδιο. Δεν θα σου δουλέψει για τις άλλες περιοχές που δεν ξέρεις. Δεν σου δουλέψει αυτό. Ναι. Γνωρίζοντας πως πού κόβουμε, δηλαδή με τα έντζα που το βάλαμε, δεν ξέρουμε τα... Τα έντζμα είναι τετραγλωτίδια. Δεν έχεις αναγλωτίδιο. Οι κινητές πρέπει να είναι συναγλωτίδιο. Δεν γίνεται αυτό. Φορείς κλωνοποίησης. Εκεί δεν το χρειαστείτε. Για σκέφτετε πως εκείνη είναι η κατεύθυνση. Με τους φορείς κλωνοποίησης. Ναι. Κάποιος άλλος. Πες. Το μικρό σου. Για τους. Για τους. Να βρούμε θέση στο πλασμίδιο να ξέρουμε όμως τι θέση, η οποία μπορούμε να συγκεκριμένη θέση. Το πλασμίδιο είναι κάτι που το ξέρουμε από πιο πριν. Ξέρουμε όλη την αλληλουχία του. Και αυτή είναι η λογική λοιπόν. Προσπαθώ να πίσω στον εαυτό μου να ξεκινήσω να χρησιμοποιώ το πίνακα και νομίζω είναι μια καλή ευκαιρία. Τώρα η κάμερα δεν θα μας δει. Δεν πειράζει και άλλη φορά θα μας δει. Κύριε. Ναι. Λοιπόν, τέλος πάντως. Όταν θέλουμε έχουμε τον φορέα, εντάξει. Αυτό θα το κόψουμε στο ποτάζ. Είσαι συνηθισμένος στη βιντεοσκόψη, δεν είσαι λοιπόν. Έχουμε τον φορέα και εδώ ακριβώς θα βάλουμε το DNA μας που μας ενδιαφέρει. Ο κινητής που ρωτάς. Όταν θέλουμε PCR διχτεζόμαστε κινητές αριστερά και δεξιά από την περιοχή που θέλουμε να ενισχύσουμε για να δουλέψει για το PCR. Το θυμάται από το PCR σου. Έχετε κάνει PCR. Έστω και στο σχολείο. Άξι δεν πειράζει. Το θεωρώ δεδομένο θα το δούμε και στην πράξη. Όταν λοιπόν έχεις το φορέα σου και έχεις αποθηκεύσει το DNA σου εδώ πέρα. Εσύ θέλεις να έχεις πολλή καντίγραφα από αυτό το κομματάκι. Για να έχεις πολλή καντίγραφα και πολλό DNA από εδώ, τι χρειάζεται να κάνεις PCR. Εδώ μέσα κινητές δεν ξέρεις. Γιατί είναι άδρως σε φτέλου υχεία. Αλλά το φορέα τον ξέρεις. Άρα λοιπόν κάνεις πάντα PCR από εδώ. Το καταλαβαίνετε? Άρα λοιπόν το PCR το κομμάτι που θα παίρνεις, το πείτε το τροφοδοτής στο μηχάνημα λιλούχιση και να στο διαβάσει. Θα έχει πάντα και ένα κομματάκι στην αρχή και στο τέλος από το κλασμί δυόσου. Αλλά μετά θα έχεις πολλή το κομμάτι το οποίο είναι άγνωστο, με το οποίο μπορείς να διαβάσεις και να πάρεις την λιλουχία του. Το έχουμε? Ε, πάει κάποιος που δεν το κατάλαβε. Αντίγον το κατάλαβες. Ε, το σπαθάμε να καταλαβαίνουμε με τους εκινητές για ουσιαστικά πως θα μπορούμε να ενισχύσουμε αυτό που θέλουμε να πετύχουμε με τους εκινητές. Με τους εκινητές είναι η βάση του PCR το οποίο ξεκινάς για να πολλαπλασιάσεις αυτή την ενδιαίμεση λιλουχία. Εντάξει. Θα το δούμε και μετά μαζί. Αλλά άμα δεν έχεις εκινητές από το οποίο ξεκινάει πολλήμερα συναπροσθέτει νουκλωτίδια, δεν μπορείς να πολλαπλασιάσεις την περιοχή σου. Άρα εδώ έχουμε εκινητές οι οποίοι πάντα αυτό το κομμάτι μέν μας είναι άγνωστο αλλά εκινητής που ξεκινάει στην περιοχή του πλασμιδίου. Άρα πολλαπλασιάζει μια περιοχή η οποία είναι η άγνωστη περιοχή και αριστερά και δεξιά κομματάκι από το πλασμιδιό μας. Σκεφτείτε τώρα τι σημαίνει αυτό. Άρα λοιπόν όταν παίρνεις εσύ λιλουχίες από τα μηχανήματα τους οποίους θα πρέπει να συναρμολογίσεις για να πάρεις τον ανθρώπινο βονηδίωμα τι πρέπει να κρατάς πάντα στο μυαλό σου, στο μυαλό του υπολογιστή. Ότι από αυτή την αλληλουχία την οποία έχω πάρει πρέπει να κόψω και κομματάκια τα οποία αριστερά και δεξιά είναι από το πλασμιδιό μου. Άρα άμα ξεχάσεις να βγάλεις τις αλληλουχίες από το πλασμίδιο τότε θα πάρεις ένα βονηδίωμα το οποίο δεν έχει μόνος μ' άνθρωπο αλλά έχει μέσα και βακτίδο, πλασμίδιο, τίδήποτε. Εντάξει? Το έχουμε? Σας βοηθάω, επαναλαμβάνω να βλέπουμε σιγά σιγά πώς δουλεύει όλα τα μικρά βηματάκια που χρειάζονται για να μπορέσουμε να πάρουμε έναν ολόκληρο βονηδίωμα. Άρα λοιπόν αυτό και βεβαίως το μεγάλο πρόβλημα στο PCR δεν είναι μόνο να ενισχύσεις την περιοχή αλλά τι να ενισχύσεις και αποκλειστικά και μόνο αυτή την περιοχή που θέλεις, με αυτό εντάξει το καταφέρνεις. Ξεχάστε το. Και μετά αλληλούχηση DNA χρειζόμαστε αυτόματα μηχανήματα, τους αλληλουχητές, οι οποίοι διαβάζουν ακολουθίες μέσου μήκους 600 βάσεις. Επαναλαμβάνω δεν είναι δεδομένο τα 600 βάσεις. Τα ABI μηχανήματα διαβάζουν 600 βάσεις, τα καινούργια μηχανήματα μπορούν να διαβάζουν λιγότερο ή και περισσότερο. Και τέλος, τέλος, ένα έξι, όχι πολύ σημαντικό, ε, υπολογιστές. Τι είναι υπολογιστές. Οι υπολογιστές είναι το πρώτο και το δυο κυριότερο τελικά. Ποια? Είναι αυτό το οποίο στα αγγλικά μου έρχεται make or break. Η έκφραση σημαίνει ότι ή θα το καταφέρεις ή θα το κάνεις στη θάλασσα. Άρα λοιπόν αυτό είναι το πιο σημαντικό, να έχεις τέτοιους υπολογιστές και τέτοιους υπολογιστές που μόνος δεν δουλεύουν, χρειάζονται δύο πληροφορικάριο που να καθορίζει τα πάντα, οι οποίοι θα κάνουν τέτοιο μοντέλο, θα κάνουν τέτοιο πρόγραμμα το οποίο θα πάρει όλα αυτά τα κομματάκια κομματάκια και θα κάνει διάφορες δουλειές, οι οποίοι είναι αυτές. Τι δουλειές θα κάνει λοιπόν ο υπολογιστής και βασικά ο πληροφορικάριος. Προγράμματα τα οποία πρώτα απ' όλα θα ψάξει μέσα σε αυτά τα άπειρα κομμάτια που έχει σκοσπάσει το γωνιδίο μας σου. Σκεφτείτε, τρία δισεκατομμύρια δια εξακόσα επί δέκα, κατά μέσο όρο, πόσα κομματάκια είναι. Πόσο μας κάνει, ποιος θέλει να κάνει στενή δεύτερη ώρα. Τριάντα δισεκατομμύρια δια εξακόσα, πόσο μας βγάζει. Ποιος θα κάνει, πόσο βγάζει. Περιμένουν να μου πείτε. Πενήντα εκατομμύρια. Πενήντα εκατομμύρια κομματάκια, σας λέω έτσι, στην τύχη λίγο είμαι, αλλά τέλος πάντων πενήντα εκατομμύρια κομματάκια, τα οποία θα πρέπει ο υπολογιστής να τα συγκρίνει μεταξύ τους. Πενήντα εκατομμύρια κομμάτια με σύγκριση το ένα απ' τα υπόλοιπα 49.9999999, το καθένα απ' τα υπόλοιπα 49.9999999, το καθένα με τα υπόλοιπα 49 εκατομμύρια τέλος πάντων, φαντάζετε πόσο δημοτικές συγκρίσεις πρέπει να γίνουν. Και αυτό έχετε υπόψη σας ότι, το θεωρούμε, ότι οι απλοί προσέχησαν ότι είναι και σωστά αυτά τα κομμάτια. Έλα όμως που έχουν και λάθη. Άρα λοιπόν, με δεδομένα των λαθών που έχουν αυτά τα κομμάτια, πρέπει να βρεις και τις άλλες επικαλήψεις μεταξύ αυτών των τεμιμάτων. Και να τα συναμολογήσεις και να ξέρεις ότι μέσα σε αυτά υπάρχουν και επαναλήψεις και όλα που σου κάνουν ακόμα πιο δύσκολη τη δουλειά. Αφού τα κάνεις αυτά και υπολογίσεις τον εμφυμολάστο, μετά μπορείς να έχεις ένα γωνιδίωμα. Έσκολο σας φαίνεται? Όχι. Αυτό το οποίο σας μένει, με όλη αυτή τη συζήτηση, είναι ακριβώς η πολυπλοκότητα του να πάρεις ένα σωστό γωνιδίωμα. Για να το κάνω λίγο πιο εύκολο όμως, αυτά τα προβλήματα που ήτανε στον ανθρώπινο γωνιδίωμα. Γι' αυτό κάναμε διάφορες προσεγγίσεις και θα συζητήσουμε τι προσεγγίσεις κάναμε. Ένα βακτηριακό γωνιδίωμα δεν είναι τρία δισεκατομμύρια βάσεις, είναι εκατομμύρια βάσεις. Δεν έχει παρανομόμενο DNA, άρα λοιπόν θα έχεις όσο πολλά προβλήματα. Στα βακτηριακά γωνιδιώματα είναι πιο εύκολη η διαδικασία. Σε γωνιδιώματα ευκαρυωτών, φυλαστικών, ψαριών, όχι σε όλα, σε φυτά, επειδή έχουμε πάρα πολύ μεγάλα γωνιδιώματα και πάρα πολύ παρανομόμενο DNA, εκεί παιδευόμαστε πολύ. Και πρέπει να κάνουμε διάφορα για να το αποφύγουμε, θα το δούμε στην πράξη. Τώρα, από τη στιγμή που έχεις πια το γωνιδίωμα, μπορείς να έχεις να ψάχνεις και γωνίδια πάνω στα χρωμοσώματα. Αυτό σας το λέω μόνο, γιατί κάποια στιγμή θα το συζητήσουμε. Δεν μας ενδιαφέρει, γιατί αυτό είναι το επόμενο κομμάτι από τη δομική γωνιδιωματική, όταν πια αρχίζουμε και ψάχνουμε τα γωνίδια. Άρα λοιπόν, τι έχουμε, τα αρχικά κομματάκια, τα οδηγικά κομμάτια, τα μικρότερα κομματάκια τα ενώνεις σε ένα μεγαλύτερο κομμάτι, τα μεγαλύτερα κομμάτια κάνεις κάποιες τεχνικές να τα ενώσεις, να πάρεις τελικά τα χρωμοσώματα, να έχεις και την τελική αλληλουχία. Και πώς γίνεται αυτό με προγράμματα. Εδώ αναφέρω πέντε προγραμματάκια. Όποιος έχει όρεξη να ασχοληθεί με βιοπληροφορική, μπορεί να κοιτάξει είτε αυτό το που είναι από τα καλύτερα κομμάτια, είτε αυτό το που είναι από τα καλύτερα κομμάτια, μπορεί να κοιτάξει είτε αυτό το που είναι από τα καλύτερα κομμάτια, όσον αφορά τα software και όχι μόνο λύση βιοπληροφορικής, ή μπορεί να κοιτάξει το site του JCVI, του Venter, για διάφορα προγράμματα, επίτηδες λίγο να δούμε. Λοιπόν, τώρα λίγο, βλέπετε εδώ πέρα, εδώ είναι το software, το Wiki Answers ας πούμε, το Sec Answers, όπου ως και γελούσα, ως και άμπα πρόγραμμα υπάρχει άμα θέλετε, και βλέπετε εδώ πέρα, ποιος θέλει να δουλέψει λίγο αυτό το πρόγραμμα, ποιος από εσάς, εντάξει, και ζωρό. Εντάξει, λοιπόν, βέβαια, δεν είναι όλα μόνο συναρμολογό γονιδίωμα, για παράδειγμα ας πούμε που το είδα τώρα μόλις, αυτό είναι ένα πρόγραμμα το οποίο βρίσκει SNIPS, σε μηχανήματα 4.54, άλλα τα 4.54 μηχανήματα, άλλη στιγμή θα σπρίξω με αυτά, αλλά άλλο πρόγραμμα είναι, δεν μπορεί να γράψει καν εκείνο, αυτό είναι για RNA SecAligner, έχει διάφορα πρόγραμματα, και εδώ ας πούμε βλέπετε του vendor, έχουμε πρόγραμματα για Assembly, Assembly είναι συναρμολόγηση, θα το δούμε πάρα πάρα πολλές φορές, ή για sequencing, αυτό είναι για να βρει γονίδια, αυτό είναι να ταυτοποιήσει τι γονίδια κάνει, το annotation, το annotation γράψτε το επίσης το βρείτε πάρα πολλές φορές, σημαίνει τεκμηρίως το μεταφέρον στο ελληνικά, στη βιβλιοκλωριφορική θα το δείτε, μπορεί να έχουμε μετα-genomics ανάλυση, ψάξε βρες ξεχωριστά γονιδιώματα να τα ενώσεις μεταξύ τους, ή άμα θες να κάνεις microarrays, proteomics, δεν ξέρω τι, ή cloud services. Άρα πολλά, χατήκατε ή όχι ακόμα, αντέχετε? Εμένα μ' αρέσουν βέβαια, άμα κάτσες και δουλέψεις με όλα αυτά, παιδεύεσαι πάρα πολύ, αλλά είναι καινούργια πράγματα, δηλαδή μπορείς να πάρεις πάρα πολλή πληροφορία, για αυτό και τα γουστάρω να τα συζητάω. Και επαναλαμβάνω πάλι, είστε σε προτυχιακό επίπεδο, οπότε ο σκοπός μου δεν είναι να μπείτε, να σας δώσω το νοοκομιδί μου, και να σας πω, τώρα δουλέψτε το, είναι απλώς να αρχίσετε να παίρνετε τη θεωρία, και να αρχίσετε στο μυαλό σας, να καταλαβαίνετε πώς συναυμολογείται αυτό το γουνιδίωμα, τις δυσκολίες και τις ευκολίες, τι μπορούμε να κάνουμε. Θέλετε να δουλέψετε εσείς με κάποιο γουνιδίωμα, θέλετε να κάνετε ρυσίγκους μες στο μέλλον, να ξέρετε τι σας περιμένει. Να μην πείτε με το ότι άμα δεν ήξερα, γιατί μπλέκω. Και πάμε λοιπόν στους χάρτες. Όλα αυτά που είπαμε, ήταν ισαχωγικά για τη δομική γονιδιωματική. Τώρα θα μπούμε λίγο σε μια διαδικασία, αυτή κατά αυτή της δομικής γονιδιωματικής, και το τι χρειάζονταν οι χάρτες, και πώς μας βοήθησαν να βρούμε τα... Ήρθες κανένα ερωτήσεις Κώστα, πες του. Ήρθες κανένα ερωτήσεις Κώστα, πες του. Θα το συζητήσουμε πιο μετά. Γιατί ο Κώστας ρωτάει, αφού το έχουμε το γονιδιωμα και έχουμε και τα γονίδια, γιατί μάλλον μεταξύ μας πώς είναι τα γονίδια. Αυτό δεν κατάλαβες, τι ρωτάς. Γιατί το έχω το γονίδιωμα μέχρι να το πραγματικά να το έχω, έχει πολύ μεγάλη απόσταση. Άλλο το ανακαλύπτω με βάση δυο πληροφορική μέθοδο, και άλλο πραγματικά τελικά το δουλεύω και βλέπω ότι είναι γονίδιωμα. Αυτό για σαν πρώτη απάντηση, και παρακάτω θα το συζητήσουμε κάποια στιγμή στο μάθημα πιο νοητικά. Ξέρετε, όπου σε γονίδια έχουμε μόνο καταράβιου γονιδιωματικά, πόσα είναι. Κάπου υπάρχει ένας πίνακας, υπάρχει ένας πίνακας στο OMIM ας πούμε, Online Medallion Inheritance of Man, νομίζω έτσι λέει, αυτό σημαίνει, δεν είμαι σιγούς, μπορώ να κάνω λάθος, αλλά εκεί πέρα σου λέει πόσα γονίδι είναι πληροσταυτοποιημένα, με βάση το μολιακό φαινότυπο, με βάση τον οποιοδήποτε φαινότυπο, πότε σου λέει κάποιες πληροφορίες. Αλλά αυτό είναι μόνο στον άνθρωπο, που έχουμε παραλαμβάνει, έχουμε ρίξει του κόσμου τα χρήματα πάνω στον άνθρωπο. Σε το οποιοδήποτε άλλο είδος, τι γίνεται εκεί πέρα, πώς ξέρεις πόσα γονίδια έχεις. Παρέθυση, μεγάλη ήταν αυτή. Λοιπόν, αυτό που θέλω τώρα λοιπόν σιγά σιγά, είναι να μπαίνουμε στην ιεραρχημένη προσέγγιση. Η ιεραρχημένη προσέγγιση είναι αρκετό πρίξιμο, θα το πω έτσι όπως είναι, αλλά μπαίνω σε αυτή τη διαδικασία, αν και είναι λίγο παροχημένη, να μπούμε να σκεφτήσουμε πέντε πράγματα γιατί σας βοηθάει να καταλάβετε τι σημαίνει να αρμολόγω γονιδίωμα. Θα μπορούσαμε να πούμε ότι κάνουμε πια, γιατί περισσότεροι πια αυτό που κάνουν είναι το... πεςτε, κάνουνε ολική γονιδιωματική προσέγγιση, όπου έχεις τα κομματάκια της υπολογιστής και τίποτα άλλο. Τα κομματάκια υπολογιστές δεν σας βοηθάει εσάς να βάλετε στο μυαλό σας τι σημαίνει να αρμολογώ γονιδίωμα. Κι εφόσον μιλάμε για γονιδιώματα, η μόνη διαδικασία να το καταλάβετε είναι να μπούμε και λίγο από τα πιο δύσκολα. Να καταλάβετε τι σημαίνει βάζω σε μια σειρά τα κομματάκια μου με τη βοήθεια τεχνικών. Αλλιώς θα κάναμε μόνο βιοπληροφορική και θα σεθούσαμε τις παραμέτρες. Αλλά δεν είναι θέμα. Έγινε? Λοιπόν, χάρτες. Οι χάρτες, όπως ξέρετε από τη γενετική, σας βοηθάνε για να βρούμε με τη βοήθεια των χαρτών. Ξέρουμε θέσεις γονιδίων, γενετικών δικτών. Θα δούμε τι είναι οι γενετικοί δίκτες και στην πράξη. Κεντρομέροι, τελωμέροι και άλλες θέσεις και τεμούς των χρωμοσομάτων. Και έχουμε γενετικούς χάρτες, φυσικούς χάρτες και χάρτες θελουργίας. Αλλά μιλάμε για γονιδιωματική. Άρα δεν μιλάμε για χάρτες τριών σημείων, όπως λέγατε πέρσι. Μιλάμε για χάρτες σε ευρύ κλίμακα. Να ξεκινήσουμε από το απλά. Τι είναι οι γενετικοί χάρτες και τι είναι οι φυσικοί χάρτες. Πώς τους δουλεύουμε, πώς τους μετράμε με βάση αυτά που θυμάστε από γενετική. Πώς έχετε υπεράσει γενετική εδώ πέρα. Έχετε υπεράσει. Όλοι ξέρετε λοιπόν. Τι είναι λοιπόν οι γενετικοί χάρτες και τι είναι οι φυσικοί χάρτες. Όποτε ζητούσατε πέρσι με την κυρία Μαυραγάνη. Πίσω, πίσω. Ποιος θα μου πει από πίσω. Γενετικοί χάρτες, φυσικοί χάρτες, θα πω στην κυρία Μαυραγάνη να σας σκοψώ όλους ξανά. Λέγεται. Λέγεται. Τι είναι γενετικοί χάρτες και τι είναι φυσικοί χάρτες. Παρένθεση, ντρέπεστε να μιλήσετε ή δεν είστε σίγουροι. Ό,τι δεν πιστεύουμε. Πώς συντρέπονται. Πιστεύω και δεν το θυμόμαστε κανείς. Ό,τι δεν θυμόμαστε κανείς. Πιστεύω και δεν το θυμόμαστε κανείς. Λένε να δούμε και τους άλλους. Αλλά να δούμε και οι άλλοι τι πιστεύουν. Ό,τι πιστεύετε θέλω να μου πείτε, μπορεί να κάνετε και λάθος. Πες Παναγιώτη. Όχι, να πει η κοπαλιά δίπλα σου. Η Θαραλέα. Το μικρό σου. Κι εκεί. Γιατί φοβάστε να μου πείτε το όνομά σας. Δηλαδή, πείτε το όνομά σας. Όλοι το ίδιο κάνουμε. Έχω να καταλάβω, εντάξει, κουφός δεν είμαι ακόμα. Πες και εκεί. Με τι όμως, με βάση τι. Πώς το μετράμε αυτό. Ένα μη γιου. Μη γιου. Ή αλλιώς Σέντι Μόργαν. Εντάξει. Άρα λοιπόν, είναι η απόσταση δύο θέσεων στο γονιδίωμα. Δύο γονιδίων, πες το, δύο γενετικών δικτών. Με βάση. Πώς το υπολογίζουμε, ναι. Πες το από πίσω, πώς το λένε. Αλέξανδρος, σωστά, ναι. Πώς σε ξέχασα. Με βάση κοινότητα να συνδυασμούν. Άρα λοιπόν, χρειαζόμαστε δεδομένα διασταυρώσεων. Γνωρίζοντας ότι αυτά τα δύο δείκτες συγκληρονομούνται αρχικά. Και όταν κάνεις διασταύρωση, ξαφνικά βλέπεις ότι υπάρχει μια συχνότητα να συνδυασμούν εκεί πέρα. Και υπολογίζεις τη συχνότητα να συνδυασμούν σε Σέντι Μόργαν. Και άρα βλέπεις σχετική απόσταση σε μονάδες σύνδεσης. Οι φυσικοί χάρτες τι είναι. Το επόμενο βήμα είναι. Κάποιος άλλος. Κοπελιές πίσω. Κοπελιές πίσω. Κάντε με χαρούμενο, πέστε μου. Τι είναι φυσικοί χάρτες. Αφού το ξέρετε, αφού ξέρετε γενεργικούς χάρτες, πέστε και αυτό. Πες, Αφέλη. Δεν είμαι σίγουρος. Δεν πειράζει. Δεν σε παίρνει η κάμερα, οπότε δεν σε ξέρει. Οπότε, αφού βάλουμε τα χρώματα, με την απόσταση των χρωμοσώματων, μήπως να ελέγξουμε αν βρίσκονται οι δύο χρωμόσωματοι διαφορετικά και να κατασκευάσουμε τα χρώματα. Να τα κατατάξουμε στις χρωμοσώματα. Όχι, θέλουμε κάτι άλλο, δεν είναι αυτό. Δεν θέλουμε να τα κατατάξουμε στις χρωμοσώματα. Έχει μια σωστή προσέγγιση, αλλά όχι ακριβώς αυτό που θέλω. Τι είναι οι φυσικοί χάρτες. Στους ελληνικούς, δηλαδή μεταξύ δύο, και μετά στους φυσικούς, δηλαδή μεταξύ όλων των γωνιδιών. Γενετικούς χάρτες θα μπορούσες να κάνεις, και νομίζω μπορεί να έχετε δει και από τη Δροσόφυλλα, που ήταν γενετικοί χάρτες, που ήταν όλα τα γωνίδια σε όλα τα χρωμοσώματα, με βάση απόστασης εντιμόργαν. Άρα, τι μας λείπει? Η κανονική απόσταση, οι βάσες. Άρα, λοιπόν, στους φυσικούς χάρτες βάζουμε πια τους γενετικούς δείκτες, όχι σε απόστασης εντιμόργαν, αλλά πια ξέρουμε την πραγματική απόσταση μεταξύ τους σε βάση. Βέβαια, η αλήθεια είναι ότι νομίζω ότι περισσότερο σχοληθήκατε με γενετικούς χάρτες πέραση. Δεν το κλέψατε και ιδιαίτερα με φυσικούς χάρτες. Αυτό που με ενδιέφερε είναι λίγο να δούμε τους γενετικούς χάρτες. Και νομίζω ότι σε αυτό θα σταματήσουμε. Τι σας έμεινε λίγο από αυτό το μάστιμα περισσότερο? Θέλω να κάνω καλά μοντάζι. Θέλω να κάνω καλά μοντάζι, ευχαριστώ. Θέλω να κάνω καλά μοντάζι, ευχαριστώ.