Γονιδιώματα οργανισμών (1) / Διάλεξη 11 / Γονιδιώματα προκαρυωτικών οργανισμών, Μεταγονιδιωματικά προγράμματα, Γονιδιώματα ευκαρυτικών οργανισμών, Συνολική Γονιδιωματική Ανάλυση της Βιοποικιλότητας - Τριανταφυλλίδης Αλέξανδρος (ΑΡΙΣΤΟΤΕΛΕΙΟ ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΘΕΣΣΑΛΟΝΙΚΗΣ, 2014)
Γονιδιώματα προκαρυωτικών οργανισμών, Μεταγονιδιωματικά προγράμματα, Γονιδιώματα ευκαρυτικών οργανισμών, Συνολική Γονιδιωματική Ανάλυση της Βιοποικιλότητας: Από σήμερα αλλάζουμε κεφάλαιο. Συζητήσαμε αναλυτικά σε όλα τα προηγούμενα τα μαθήματα σχετικά με τη δομική γωνιαματική. Αλλάξτε και σελίδες, δεν πει αλλάξαμε κεφάλαιο. Στα προχειρά σας. Οπότε, από σήμερα ξεκινάμε να μιλήσουμε με τη δομική γωνιαματική. Αλλάξτε και σελίδες, δεν πει αλλάξαμε κεφάλαιο. Αλλάξτε και σελίδες, δεν πει αλλάξαμε κεφάλαιο. Αλλάξτε και σελίδες, δεν πει αλλάξαμε κεφάλαιο. Οπότε, από σήμερα ξεκινάμε ένα διαφορετικό κομμάτι το οποίο έχει να κάνει ακριβώς με την κατανόηση των γωνιδιωμάτων πια με βάση τα αποτελέσματα τα οποία έχουμε βγάλει. Θα ασχοληθούμε στα επόμενα μαθήματα με τρία-τέσσερα κομμάτια που έχουν να κάνουν ακριβώς με τα γωνιδιώματα αυτά-καθ' αυτά και με την οργάνωσή τους. Το ξέρετε ότι σε κάποιες περιπτώσεις μπορεί να σας φαίνονται και λίγο βαρετά αυτά που θα ακουστούνε, αλλά παρόλα αυτά έχουν σημασία και η σημασία τους είναι ακριβώς γιατί σας βοηθάνε να καταλάβετε έστω και ακόμη την επανάληψη κάποιων στοιχείων που σας φαίνονται ίδια πώς είναι οργανωμένα τα γωνιδιώματα. Θα δείτε κάποια βασικά χαρακτηριστικά σε προκαρυωτικά γωνιδιώματα, κάποια βασικά χαρακτηριστικά σε ευκαρυωτικά γωνιδιώματα και θα αρχίσετε να καταλάβετε καλύτερα πώς οργανώνεται γενικά τα γωνιδιώματα. Κάποια από αυτά τα ξέρετε, αλλά το σημαντικό πια είναι ότι μέσα από την ανάλυση των γωνιδιώματων αυτό που συμβαίνει είναι ότι αποδεικνύονται αυτά που θεωρητικά ίσως να ξέραμε, ίσως να υποκτευόμασταν, ίσως να σκεφτόμασταν ότι ισχύουν, τώρα πια το βλέπουμε στην πράξη και βλέπουμε ωραία αποτελέσματα. Βλέπουμε επίσης αποτελέσματα και θα το δούμε στη διάρκεια αυτών των μαθημάτων. Όταν ξεκίνησα το μάθημα αυτό να το κάνω πριν από 10 χρόνια και μιλούσαμε για αυτά τα γωνιδιώματα όλο και όλο, για αυτούς τους έξι οργανισμούς και τον άνθρωπο. Σήμερα πια, όπως είπαμε ήδη και κάποιες φορές στο μάθημα, δεν μιλάμε για τον γωνιδίωμα ενός ατόμα από κάθε είδος, αλλά πια μιλάμε και για επαναλληλούχηση, δηλαδή και για πολλά γωνιδιώματα από πολλά άτομα από το ίδιο είδος. Και δεν μιλάμε μόνο για το 1000 Genomes Project, μιλάμε για τον άνθρωπο, αλλά θα το δούμε και για πολλά άλλα είδη. Λοιπόν, θα πάρετε και πληροφορίες και για την ποικιλότητα μέσα στα γωνιδιώματα, για τις διαφορές μεταξύ των ατόμων του ίδιου είδους και παραλαμβάνω δεν εστιάζουμε μόνο στον άνθρωπο. Θα δουλέψουμε, λοιπόν, και θα συζητήσουμε κάποια κομμάτια τα οποία έχουν κάνει με επακροτικά γωνιδιώματα, για αρχαία θα μιλήσουμε ελάχιστα, θα μιλήσουμε για μεταγωνιδιωματικά προγράμματα και πώς προσεγγίζουν τέτοιες περιπτώσεις σε αυτά τα προγράμματα, θα μιλήσουμε για τα γωνιδιώματα των οργανισμών μοντέλων, όπως αυτά εδώ τα συγκεκριμένα, θα δούμε κάποια άλλα παραδείγματα, θα δούμε πού βρισκόμαστε αυτή τη στιγμή όσον αφορά την ανάλυση των γωνιδιωμάτων και όλα αυτά θα σας βοηθήσουν λίγο να καταλάβετε τι σημαίνει γωνιδίωμα λίγο παραπάνω. Κάτι άλλο ήθελα να πω... Και επίσης και όλα αυτά θα σας δώσουν τις πληροφορίες που θα χρειαστείτε κάποια στιγμή για να μπείτε και στη δικασία μετά να γράψετε και εσείς μια εργασία για ένα γωνιδίωμα ενός ιδούς που σας ενδιαφέρει και σας, το οποίο όπως σας έχω πει είναι η εφαρμογή της γωνιδιωματικής σε πρακτική άσκηση για σας σε προτυχία ακόμη που δεν θα μπορούσατε να κάνετε και τίποτα παραπάνω. Το άλλο το κομμάτι που είναι το μάθημα το μεγάλο να κάνουμε τα γωνιδιώματα και τη διαχείριση των πληθυσμών θα το κάνουμε σε ένα εργαστήριο ξεκινάμε από την Παρασκευή να βλέπουμε τι σημαίνει γενετική ταυτοποίηση με τη βοήθεια κάποιων γενετικών μεθόδων λοιπόν. Το όμως το κομμάτι των γωνιδιωμάτων θα το κάνετε και εσείς ως πρακτική άσκηση να γράψετε μια εργασία για κάποιο γωνιδίωμα. Άρα είναι σημαντικό να καταλάβετε πώς είναι οργανωμένα εδώ πέρα κάποια πράγματα. Ήρθουν λίγο και στην άσκηση που θα γράψετε εσείς γιατί εκεί πέρα θα εφαρμόσετε αυτά που έχουμε συζητήσει τόσες φορές μέχρι τώρα για τη δομική γωνιδιωματική. Εντάξει. Λοιπόν, οργανισμοί, μοντέλα. Όταν είπαμε ξεκινήσαμε να μιλάμε... Α, ναι, ξέχασα. Είπαμε για προκαρυτικά γωνιδιώματα, για μεταγωνιδιωματικά προγράμματα. Θα πάμε στις ευκαιριότητες και θα φτάσουμε και στον άνθρωπο κάποια στιγμή. Πολύ πιο συγκεκριμένες και σημαζεμένες πληροφορίες. Είναι το γενικό κομμάτι που μπορούμε να πούμε πέντε πράγματα. Πολύ αναλυτικά μπορείτε να συζητήσετε τη γενετική ανθρώπου. Παντού θα μιλάμε και για εφαρμογές και τι καταλαβαίνουμε τελικά. Δεν μας ενδιαφέρει μόνο μια ξερή επικόνιση το τι υπάρχει, αλλά τι τελικά συμπερρένουμε για τα γωνιδιώματα και για τη ζωή. Όταν ξεκινήσει η μελέτη του γωνιδιώματος του ανθρώπου, αποφασίσαν να βγάλουν πρώτα απ' όλα και αυτά τα γωνιδιώματα. Αλλά από εκεί και πέρα, από τα πρώτα βέβαια στο οποία ξεκινήσανε, ήταν τα προκαρυωτικά γωνιδιώματα. Το πρώτο γωνιδίωμα, από εδώ θα ξεκινήσουμε και εμείς, το πρώτο γωνιδίωμα το οποίο δημοσιεύτηκε ενός προκαρυωτικού οργανισμού, ήταν του βακτηρίου Hemophilus influenza, το οποίο τότε, παλιά, όταν το βρήκανε για πρώτη φορά το βακτήριο πολύ πριν από το 95, θεωρούσαν ότι προκαλούσε τη γρύπη, μετά βεβαίως καταλάβουν ότι δεν ήταν αυτό το οποίο προκαλούσε τη γρύπη. Το 2004, να είχαμε καμιά δεκαριά βακτηριακά γωνιδιώματα σε σχέση με το Hemophilus influenza. Το 2014, άμα μπείτε σε αυτή τη σελίδα και θα μπούμε σε λίγο να δούμε ακριβώς πώς βουλεύει αυτή η σελίδα, δείτε και εσείς στη δικά σας την εργασία όταν θα χρειαστεί να το κάνετε. Έχουμε φτάσει, μέσα σε 10 χρόνια, σε 3.000 και ολοκληρωμένα γωνιδιώματα για βακτήρια και προκαρυωτικούς οργανισμούς. 3.000 βακτήρια και 175 αρχαία, είναι πολύ λιγότερα τα αρχαία. Θα δούμε γιατί και πώς. Και πέρα από αυτά τα 3.000 που μπορείς να πεις ότι έχεις έτοιμα, αυτή τη στιγμή, στις βάσεις των δεδομένων, είναι άλλα 25.000 προγράμματα. Αν νομίζω είναι ξεκάθαρο το πόσο εύκολο πια είναι να καταφέρουμε να αλληλουχήσουμε γωνιδιώματα προκαρυωτικούς οργανισμούς. Βλέπετε ότι πάνω κάτω αυτά είναι τα έτοιμα τα γωνιδιώματα τα οποία είναι δημοσιευμένα και εδώ βλέπετε και τον αριθμό των γενών. Γιατί πιστεύετε ότι έχουμε φτάσει πάνω κάτω σε ένα πλατό, ενώ εδώ πέρα αυξάνεται τόσο πολύ ακόμα ο αριθμός. Είναι εδώ ένα γράφημα που φαίνεται πως έχει αυξηθεί ο αριθμός των γωνιδιωμάτων τα τελευταία χρόνια. Βλέπετε ότι από το 2003-2004 τελ. και μετά αυξάνεται πάρα πολύ και συνεχίζει να αυξάνεται αυτός ο αριθμός. Δεν το έχουμε φτάσει εδώ πέρα, δηλαδή κόβεται, έτσι είναι το γράφημα από το NCBI, ενώ ο αριθμός των γενών έχει φτάσει σε ένα πλατό. Ή τι μπορεί να συμβαίνει αυτό. Αυτά καθ' αυτά, λες, στα γέννη περιλαμβάνονται πολλά είδη, άρα λοιπόν αυξάνεται. Ναι, αλλά με τα γέννη δεν με απαντάς γιατί έχουμε φτάσει στο πλατό. Για τα είδη μου είπες μόλις τώρα, μου απάντησες γιατί στα είδη συνεχίζει να αυξάνεται ο αριθμός. Στα γέννη δεν μου απάντησες όμως γιατί δεν συνεχίζει να αυξάνεται. Λες ότι από το ένα γένος θα αλουχίσουμε ένα είδος. Το έχουμε αυτό, άμα κάνουμε και δεύτερο είδος από το γένος, πάλι το ίδιο γένος θα είναι. Άρα λοιπόν μπορούμε να συνεχίσουμε να αυξάνουμε τον αριθμό των ειδών. Την απάντηση δεν μου δίνεις ακόμα, το πας γύρω γύρω. Γιατί? Πες το, το ξέρεις, αλλά δεν το λες. Τα έχουμε ήδη αλουχίσει. Αυτό θέλω να μου πείτε, ότι τα γέννη τα έχουμε καλύψει πια. Μέστο με ένα αντιπρόσωπο τα έχουμε καλύψει. Μου λέτε για τα είδη, αλλά θέλω αυτή την απάντηση στα γέννη. Τα γέννη τελικά πάνω κάτω, τα διαφορετικά που μπορεί να υπάρχουν στους προκωριώτητες, τα έχουμε καλύψει. Αυτό βλέπουμε εδώ πέρα. Βέβαια αυτό που όπως είπαμε δεν είναι ξεκάθερο, είναι ότι ακόμα υπάρχουν πάρα πολλά είδη και επίσης υπάρχει πάρα πολλή ποικιλότητα μέσα στα είδη και θα δούμε κάποια στεμή και καινούργια προγράμματα τα οποία σκοπό έχουν ακριβώς να δουλέψουν και να βρούμε και άλλα γονιδιώματα σε αυτά τα είδη. Γιατί μπορεί να θέλουμε να μελετήσουμε διαφορετικά είδη από εδώ βακτήρια. Βλέπετε προφανώς για ασθένειες. Αυτές ήταν οι πρώτες ασθένεις με τις οποίες ασχοληθήκαμε. Όταν ξεκινήσαμε να δουλεύουμε με κάποια βακτήρια, τα πρώτα βακτήρια με τα οποία δουλέψαμε ήταν βακτήρια που είχαν να κάνουμε διάφορες ασθένειες όπως αυτές που βλέπετε εδώ πέρα. Μπορούμε να δούμε όμως και γενικά στο σύνολο των προγραμμάτων με τι ασχολιόμαστε όσον αφορά τις εφαρμογές. Βλέπετε το 2008 και το 2013, συγκρίνοντας λίγο, βλέπετε ότι περίπου το biomedical ήταν 60% εδώ πέρα και το medical ήταν 45-47%. Βέβαια εδώ πέρα πάλι το human pathogen, που και αυτό έχει την έννοια του βιοιατρικού, ανήκει εδώ πέρα λοιπόν είμαστε περίπου στην ίδια αντιστοιχία. Το καινούριο που βλέπουμε εδώ πέρα που δεν υπήρχε εδώ είναι συγκεκριμένα το human microbiome project το οποίο ξεκινήσε στα τελευταία χρόνια και σκοπός του όπως έχουμε πει και θα ξανασυρτήσουμε είναι να μελετήσει το σύνολο των βακτυρίων που ζούνε επάνω στον άνθρωπο σε οποιαδήποτε ιστό του. Βλέπουμε ότι έχουν αυξηθεί πολύ περισσότερο τα environmental samples. Εδώ πέρα είμαστε 25% που παλιάμεσαν στο 6%. Και επίσης βλέπουμε ότι υπάρχει πια συγκεκριμένη κατηγορία που λέγεται trio flies η οποία περιλαμβάνει ίσως βακτύρια τα οποία είχαν να κάνουμε evolutionary ή phylogeny, πιο σωστά το phylogeny κλάδος σε αναφορά την επιστήμη. Άρα πάνω κάτω δεν έχουν αλλάξει τα πράγματα αλλά αυτό που καταλαβαίνουμε είναι ότι δουλεύουμε τα βακτύρια για βιοατρικούς λόγους ως επιτοπλίστων, για περιβαλλοντικούς λόγους, δουλεύουμε επειδή θέλουμε να δούμε τι γίνεται με τον άνθρωπο με το human microbiome project και επίσης να δούμε και το φιλογέννηση και την εξέλιξη και βέβαια και η βιοτεχνολογία. Να μπορέσουμε να βρούμε πρωτεΐνες ή κάποια άλλα προϊόντα που είναι σημαντικά από βιοτεχνολογική άποψη. Και τι μπορούμε να δούμε στην αφορά τα μεγέθη των προκαρυωτικών οργανισμών είτε ευβακτήρια είτε αρχαία. Πόσο βλέπετε να είναι ο αριθμός των γονιδίων, πώς βλέπετε να είναι το μέγεθος, βλέπετε κάποια αντιστοιχία που μπορούμε να βρούμε σχετικά με το μέγεθος και τον αριθμό των γονιδίων σε αυτόν τον πίνακα, τυχαία και όχι εντελώς τυχαία έχω επιλέξει κάποια γονιδιώματα. Περίπου δηλαδή βγαίνει ότι έχουμε χίλια γονίδια ανά ένα εκατομμύριο βάση, κάπως έτσι μας βγαίνει, εντάξει. Μεγέθη, εδώ πέρα κάποιες φορές θα σας πρίξω λίγο με μεγέθη και με αριθμούς, δεν με ενδιαφέρει όσο αυτό καθ' αυτό. Εντάξει, τα οργανισμούς μοντέλα θέλω να τα ξέρετε, αλλά θέλω να ξέρετε αυτούς τους αριθμούς γιατί είναι σημαντικό να έχετε μια ιδέα σαν βιολόγη 5 διαφορετικά μεγέθη. Πώς είναι το μέσο μέγεθος του γονιδιώματος ενός βακτηρίου, πώς είναι το μέγεθος του γονιδιώματος του ανθρώπου στα φυλαστικά, στροσόφυλα, έστω να έχετε κάποια ιδέα για τις τάξεις μεγέθους. Άρα λοιπόν εδώ πέρα περίπου τι βλέπουμε για παράδειγμα, ποιο είναι το μέσο μέγεθος ενός βακτηρίου σχετικά με το γονιδιώματά του. Κάποια εκατομμύρια βάσεις, όχι πολλά. Βλέπουμε ότι μπορεί να είναι εδώ πέρα κάπου στο ένα, δύο, τρία, τέσσερα εκατομμύρια βάσεις. Θα δούμε λίγο και κάτι ακόμα από τι γίνεται. Υπάρχουν και μικρότερα, όπως το μηκόπλασμα τζενιτάλιμ, το οποίο θα ασχοληθούμε εκτενώς και σε διάφορα σημεία του μαθήματος, γιατί έχει πολύ ενδιαφέρον. Υπάρχουν και μεγαλύτερα. Στα αρχαία, πες μου περίπου στα ίδια, θα δούμε λίγο πιο αναλυτικά, και αυτός είναι ο μεγαλύτερος οργανισμός από τα αρχαία με το μεγαλύτερο μέγεθος, που έχει περίπου 6 εκατομμύρια βάσεις. Αλλά για να το δούμε και καλύτερα, να δούμε αυτή τη νηστοσελίδα που σας είπα, τι φαίνεται εδώ πέρα. Βλέπετε τη νηστοσελίδα, να αλλάξω τα φώτα, φαίνεται. Άμα μπείτε σε αυτή τη νηστοσελίδα, εδώ θα μπείτε κι εσείς, όταν χρειαστεί να επιλέξετε κάποιο οργανισμό για να κάνετε ένα γωνιδίωμα. Θα το ψάξετε λοιπόν, βλέπετε ότι στο σύνολο έχουμε 10.728.000 προκαριώτες. Άμα μπούμε λοιπόν στους προκαριώτες, λοιπόν πατάμε εδώ πέρα, εδώ είναι οι ευκαριώτες, εδώ είναι οι προκαριώτες. Πρέπει να επιλέξουμε, θέλουμε να δούμε αρχαία ή θέλουμε να δούμε βακτήρια. Άμα πάμε στα αρχαία για παράδειγμα, όπως έχω επιλέξει, μας βγάζει ότι υπάρχουν 445 γωνιδιώματα. 445 γωνιδιώματα είναι complete γωνιδιώματα ή είναι ακόμα στα σκάφωλ του ή στα κόντεξ. Θέλουμε να δούμε πώς είναι τα complete γωνιδιώματα. Πατώντας εδώ πέρα, γιατί εσείς το κάτω κάτω θέλετε να δουλέψετε με complete γωνιδιώματα, να υπάρχει έτοιμο το γωνιδίωμα, θα μας βγάλει 176 γωνιδιώματα όλο και όλο στα αρχαία. Στην διαφάνεια που είχα ετοιμάσει πριν από μία βδομάδα ήταν 175 αρχαία, προσθέθηκε ένα ακόμα. Εδώ μπορείτε να δείτε για παράδειγμα αν είναι έτοιμο το γωνιδίωμα, γιατί μπορεί να είναι ολοκληρωμένο αλλά μπορεί να μην είναι κατατεθυμένο. Άρα πρέπει να υπάρχει και το assembly, είναι κατατεθυμένο στη βάση εδομένων. Εδώ πέρα μπορείς να το οργανώσεις με βάση το μέγεθος. Και εδώ θα δούμε ότι το πιο μεγάλο γωνιδίωμα είναι αυτό το συγκεκριμένο. Άμα θέλετε κάνετε μια εργασία για αυτό το συγκεκριμένο το αρχαίο. Μπορούμε να δούμε προκαριώτες. Αργεί λίγο επειδή είναι τόσο μεγάλη η βάση εδομένων. Άρα λοιπόν complete γωνιδιώματα στα βακτήρια, υπάρχουν 3000 γωνιδιώματα. Και εδώ πέρα μπορείς πάλι να επιλέξεις, να τα οργανώσεις με βάση το μέγεθος και να δεις επίσης τι γίνεται. Άμα πάρεις εδώ πέρα ολόκληρα τα γωνιδιώματα στους προκαριώτες. Βλέπετε ότι υπάρχουν διάφορες περιπτώσεις που υπάρχουν ολοκληρωμένα, μη ολοκληρωμένα και ούτω καθεξής. Ψάθνοντας θα επιλέξετε και κάποιον που σας ενδιαφέρει. Θα είναι το πιο μικρό, θα είναι το πιο μεγάλο, αυτό είναι δικό σας. Πάντως το σημαντικό θα είναι σε κάθε περίπτωση να είναι ολοκληρωμένο γωνιδίωμα κατατεθυμένο. Κοιτώντας αυτά, τι μπορούμε να καταλάβουμε. Στα βακτήρια, όπως είπαμε, το μέσο μέγεθος είναι περίπου 4 με 5 εκατομμύρια βάσεις. Παρ' όλα αυτά υπάρχει κάποιο το οποίο είναι πολύ μικρό, το οποίο είναι το ομικόπλισμα Genitalium, με μέγεθος 580 χιλιάδες βάσεις. Υπάρχουν και εξαιρέσεις, όπως το συγκεκριμένο το είδος πέρσι ήταν ένα άλλο είδος, το οποίο το είδος αυτό του βακτυρίου είχε μέγεθος 13 εκατομμύρια βάσεις. Σας τονίζω, και θα το δούμε και λίγο παρακάτω, ότι η ζύμη που είναι σε ένας ευκαιριώτης οργανισμός έχει μέγεθος 12 εκατομμύρια βάσεις. Δηλαδή, μπορεί να υπάρχουν και προκαριώτες που έχουν μεγαλύτερο μέγεθος από τους ευκαιριώτες. Δεν σημαίνει σε ό,τι και καλά κάτι αυτό το πράγμα. Είναι ωραίο να κάθεις να το βλέπεις αυτό, γιατί μέχρι τώρα μπορούμε να είχαμε απλουστευμένες απόψεις ότι προκαριώτης θα είναι, θα έχει μικρό μέγεθος. Ευκαιριώτης θα έχει σίγουρα μεγαλύτερο μέγεθος. Αρχίζουμε και βρίσκουμε εξαιρέσεις και αυτό έχει σημασία να δούμε τι είναι αυτό που κάνει ένα οργανισμό να είναι διαφορετικός από τον άλλο. Τι είναι αυτό που δίνει την μικηλότητα σε κάποιους οργανισμούς και τη διαφορετικότητα. Και επίσης, πέρα από τα πολύ μεγάλα μεγέθη σε προκαριώτες, μπορεί να έχουμε και πολύ μικρά μεγέθη σε προκαριώτες. Ποια είναι η διαφορά όμως εδώ πέρα, βλέπουμε ότι υπάρχουν προκαριώτες όπως ο προηγούμενος βασιλιάς των μικρότερων οργανισμών, ήταν αυτό το είδος. Πρόσφατα βρήκαμε ένα άλλο που έχει ακόμα μικρότερο μέγεθος. Μικρότερο μέγεθος σημαίνει από απαραίτητα και λιγότερα γονίδια, όχι. Γιατί ας πούμε το συγκεκριμένο το είδος έχει περισσότερα γονίδια από κάποια άλλα είδη που έχουν μεγαλύτερο γονιδίωμα αλλά παρόλα αυτά έχουν λιγότερα γονίδια. Άρα δεν σημαίνει απαραίτητα ότι το μέγεθος θα σε σχετιστεί με τον αριθμό των γονιδίων. Αυτά είναι ενδιαφέρον όταν ανακαλύψεις και να βλέπεις τελικά γιατί έχει λιγότερα γονίδια, τι είναι αυτά τα γονίδια τα οποία τον κάνουν να μπορεί να επιβιώσει, ποια είναι τα σημαντικά γονίδια για τη ζωή, γιατί αυτός να έχει κρατήσει αυτά τα συγκεκριμένα τα γονίδια. Αυτά τα τρία τα συγκεκριμένα τα είδη έχουνε μικρότερο μέγεθος ίσως από το μικόπλασμα τζενιτάλιουμ, αλλά υπάρχει μια πολύ μεγάλη διαφορά στα μεν και στα δε. Το μικόπλασμα τζενιτάλιουμ είναι με έναν παράσιτο και στον άνθρωπο, μπορεί να προκαλέσει ας πούμε ουρυθρίτιδα ή κάποια άλλα προβλήματα στο απεκριτικό σύστημα, αλλά παρόλα αυτά μπορεί να επιβιώσει από μόνο του ελεύθερο. Αυτά τα τρία τα είδη είναι υποχρεωτικά ενδοσυμβιωτικά μέσα σε κύτταρα. Ειδικά το συγκεκριμένο το είδος έχει χάσει τόσα πολλά γονίδια και εξαρτάται τόσο πολύ από τον ξενιστή του, που είναι σαν να έχει καταντήσει να είναι οργανίδιο του κυτάρου. Είναι πολύ ενδιαφέρον να βλέπεις ότι κάποιοι οργανισμοί παρασιτούν αναγκαστικά σε σχέση με κάποιους άλλους και να βλέπεις την εξέλιξη σε αυτό. Άρα, λοιπόν, το μικρόπλασμα τζενιτάλιου, και το κρατάμε αυτό, είναι ο μικρότερος προκαρυωτικός οργανισμός, ο οποίος είναι και ελεύθερος. Όλα τα υπόλοιπα είναι ακόμα μικρότερα, αλλά δεν μπορούν να επιβιώσουν από μόνο τους. Τη φύση χρειάζονται συνεχώς να ζούνε μέσα στον ξενιστή τους. Το άλλο που θα δείτε κατά καιρούς, αν και δεν φαίνεται καλά εδώ πέρα, θα το δούμε και παρακάτω, είναι την απεικόνηση αυτών των γονιδιωμάτων. Αυτά τα σχεδιάκια που έχει εδώ πέρα είναι σχεδιάκια που μας δείχνουν το γονιδίωμα με χρώματα και μπορεί να μας δείχνουν την κατανομή του GCAT κατά μήκος του γονιδιώματος, περιοχές που είναι πιο πλούσια σε A, περιοχές που είναι πιο πλούσια σε G, ή επίσης το πώς, ας πούμε, κάποια γονίδια μεταγράφονται από τη μια αλυσίδα, ενώ κάποια άλλα γονίδια μεταγράφονται από την άλλη αλυσίδα. Το μπλε και το κόκκινο που είναι από μέσα και από έξω από τον κύκλο δείχνουν αντίστοιχα τα γονίδια που εκφράζονται και μεταγράφονται από τη μια ή από την άλλη την αλυσίδα. Και πώς, τι ήταν σημαντικό για μας να δούμε και να αποδείξουμε, κρατάμε, βλέπουμε αυτό το δέντρο της ζωής και θα το δούμε μετά πώς άλλαξε κάποια στιγμή. Το 1990, με μελέτηση κάποιων ερευνητών, ήταν η πρώτη φορά που αποδείχτηκε δημιουργώνοντας φιλογέννηση σε ριβοσωμικά γονίδια, ότι αυτό που ξέραμε ως δέντρο της ζωής δεν είχε μέχρι τώρα, όπως το θέλαμε. Παλιά και μέχρι πρόσφατα σαν βιολόγοι μαθαίναμε, μαθαίνατε, ότι έχουμε τους προκαριώτες και τους ευκαριώτες και αυτές είναι δύο μεγάλες ομάδες της ζωής. Από το 90 και μετά είναι ξεκάθαρο ότι οι προκαριώτες δεν είναι μια ομάδα η οποία περιλαμβάνει τα βακτήρια και τα αρχαιοβακτήρια, αλλά είναι δύο διαφορετικές ομάδες τα βακτήρια και τα αρχαία. Το ξέρετε, δεν το ξέρετε από τη μικροβιολογία σας, παλιά δεν το ξέρατε. Τέλος πάντων, και αυτό που ξέραμε από το 90 και μετά ήταν αυτό το απλό δέντρο. Έχεις τα βακτήρια, τα κοινοβακτήρια και τα πρωτοβακτήρια συμμετείχανε ώστε να φτιάξουνε μητοχόνδιο και χλωροπλάσεις στους ευκαριώτες και υπήρχαν και τα αρχαία. Κρατήστε το λίγο αυτό και θα το δούμε σε λίγο ότι ξέρουμε αυτή τη στιγμή και θα ζητήσουμε για κάποια στιγμή αργότερα στα μαθήματα πόσο πιο πολύπλοκο είναι αυτό και πώς η συγκριτική γωνιδιωματική μας αποκαλύπτει ακόμα περισσότερο την πολυπλοκότητα του δέντρου της ζωής. Αυτό ήταν αυτό που ξέραμε. Ξέραμε λοιπόν και τα αρχαία πρώτα απ' όλα βρήκαμε. Και θελήσαμε να δουλέψουμε με τα αρχαία. Τα αρχαία είναι μια παράξενη ομάδα ίσως. Έχει κάποια δομικά χαρακτηριστικά που τα κάνουν να μοιάζουν με τους προκαριώτες αλλά έχει κάποια λειτουργικά χαρακτηριστικά όπως τη μεταγραφή, τη μετάφραση που μοιάζουν εντελώς με τους ευκαριώτες. Παλιά νομίζαμε και λέγαμε ότι τα αρχαία είναι παράξενοι οργανισμοί με μικρό γωνιδίωμα και οι οποίοι ζούνε σε ακραία περιβάλλοντα. Πολύ υψηλό pH, πολύ υψηλή θερμοκρασία, πολύ βαθιά μέσα στους οκεανούς. Αυτό πότε το ξέραμε. Παλιά, πριν την γωνιδιωματική. Τι ξέρουμε τώρα. Κάνοντας ένα λύσμα με τα γωνιδιωματικές και δουλεύοντας, ψάχνοντας συνολικά στα περιβάλλοντα οι οργανισμοί, τι ανακαλύψαμε. Τα αρχαία δεν είναι τόσο παράξενα, δεν είναι τόσο διαφορετικά. Μπορούμε να τα βρούμε γενικά στους οκεανούς, αλλά ακόμα και στον άνθρωπο. Και στο έντερο του ανθρώπου υπάρχει κάποια συγκεκριμένα, πολύ μικρή ποικιλότητα, αλλά πάντως υπάρχουν τέτοιοι οργανισμοί, οι οποίοι ζούνε στο έντερο του ανθρώπου. Μέχρι τώρα νομίζαμε ότι είναι τα αρχαία κάτι πολύ παράξενοι οργανισμοί. Να τα βρίσκουμε και πάνω μας. Άρα, καταρρίπτονται δηλαδή χαζές υποθέσεις που είχαμε στο παρελθόν. Η αλήθεια είναι ότι ακόμα δεν έχουν δουλέψει εκ πάρα πολλά γωνιδιώματα, αλλά εδώ πέρα βλέπετε και ένα ακόμα αρχαίο, ένα ακόμα προκαριότητο, που έχει μικρότερο γωνιδίωμα από το αμικό πλασμά, το νανοαρχαίο με κουίτανς, που κι αυτό όμως είναι παράσιτο σε κάποιο άλλο αρχαίο. Άρα λοιπόν κι αυτό δεν μπορεί να ζήσει από μόνο του. Στα βακτήρια αυτά καθ' αυτά ξεκινάμε λίγο από τον Hemophilus Influenza. Είπαμε ότι ήταν ο πρώτος οργανισμός στον οποίο δουλέψανε, με τον οποίο ασχοληθήκανε. Και αυτό που αρχίσανε να βλέπουνε, και αυτό με ενδιαφέρει, αυτό θα δούμε τώρα στις αναφορές σε κάποια γωνιδιώματα, είναι. Ανακαλύψαμε και αποδείξαμε ότι όντως το γωνιδίωμα των προκαριωτικών είναι συμπυκνωμένο. Είναι πολύ καλά πακεταρισμένα τα γωνίδια μεταξύ τους. Το ξέραμε μέχρι τώρα, τώρα το βλέπουμε πλήρια αλληλούχηση. Και επίσης βλέπουμε ότι σε πολλές περιπτώσεις, ακόμα και σε προκαριώτες, ακόμα και σε λίγα γωνίδια, δεν ξέρουμε και τη λειτουργία τους. Θέλει δουλειά δηλαδή, ακόμα και σε προκαριώτες να βρούμε τι γίνεται. Εδώ πέρα έχουμε επίσης μια άλλη εικόνα που πάλι μας δείχνει τι δουλειά κάνουν αυτά τα διαφορετικά τα γωνίδια. Υπάρχουν διαφορετικά χρωματάκια, που τουλάχιστον για αυτά που ξέρουμε τι κάνουν, αν εξαιρέσουμε αυτά που δεν ξέρουμε τι κάνουν καθόλου, που είναι άγνωστοι στη λειτουργία τους και υπάρχουν διάφορα εδώ, εδώ, εδώ, μπορούμε να κατηγοριοποιήσουμε τις λειτουργίες αυτών των γωνιδίων με διάφορες ομάδες. Μπορούν να συμμετέχουν σε βιοσύνθεση αμυνοξέων, σε ενδιάμεσο μεταβολισμό, στην αντιγραφή του DNA, στη μεταγραφή, στη μετάφραση. Άρα, λοιπόν, κάνουμε χρωματιστούς χάρτες, όπου μπορούμε πολύ εύκολα να δούμε τη λειτουργία του κάθε γωνιδίου. Και αυτό είναι κατηγορίες, όπως Gene Ontology, για τα οποία θα μάθετε στη βιοπληροφορική πώς το ψάχνουμε αυτό στο επόμενο εξάμινο. Και είναι σημαντικό αυτό, να μπορείς να κατηγοροποιήσεις τα γωνίδια και να ξέρεις τι είναι αυτό το οποίο δουλεύει περισσότερο αυτός ο οργανισμός. Τι γωνίδια είναι αυτά τα οποία είναι πιο σημαντικά σε κάθε ένα οργανισμό. Το αμυκόπλασμα, για το οποίο θα ασχοληθούμε πάρα πολύ, όπως είπαμε, είναι το πιο ενδιαφέρον γιατί. Γιατί έχει τα ελάχιστα γωνίδια με τα οποία μπορεί να επιβιώσει ένας οργανισμός. Γιατί μας ενδιαφέρει αυτό. Για σκεφτείτε. Τι μπορεί να μας ενδιαφέρει αυτό και πώς μπορούμε να το χρησιμοποιήσουμε. Και μετά θα βρούμε τα γωνίδια που είναι απαραίτητα για τη ζωή. Και μετά θα ξέρουμε ποια είναι τα αντίστοιχα σε άλλους οργανισμούς. Και τι άλλο μπορούμε να το κάνουμε αυτό. Εδώ θέλω φαντασία και θέλω επιχειρηματικό μυαλό. Να δω ποιος έχει και το ένα και το άλλο, αλλά μόνο έτσι γίνεται. Ναι. Τι να βελτιώσουμε με τη λειτουργία τους. Όχι, δεν μ' αρκεί. Εγώ θέλω πιο περισσότερο. Κάτι παραπάνω θέλω να κάνω. Ναι. Βιοτεχνολογία, καλά το πάμε, εισαγωγεί σε άλλους οργανισμούς. Ποιο γωνιδίων και γιατί σε άλλους οργανισμούς. Πιο περισσότερο φαντασία θέλω. Καλά το πάμε, περισσότερο φαντασία. Επιχειρηματικότητα θέλω. Θέλω να σκεφτείτε κάτι με το οποίο να βγάλετε χρήματα. Όχι μόνο η έρευνα, καλά αυτά που σας λέω. Ωραία είναι και τα γωνίδια, αλλά το θέμα είναι μπορούμε να βγάλουμε χρήματα από αυτό το οποίο κάνουμε. Δεν έχουμε μπει σε αυτή τη λογική, ούτε κι εγώ είμαι αυτής της λογικής. Προσπαθούμε με πολύ μεγάλη δυσκολία. Εσείς ακόμα περισσότερο ζείτε σε έναν κόσμο, πρέπει να πουλήσετε το επάγγελμά σας. Άρα λοιπόν, γιατί σας ενδιαφέρει να ξέρετε τα ελάχιστα γωνίδια, τα οποία είναι σημαντικά για τη ζωή. Που αλλού θα μπορέσετε να τα χρησιμοποιήσετε, ποιον οργανισμό θα μπορέσετε να τα χρησιμοποιήσετε. Άσ' τον άνθρωπο. Κάποιος, δόξα στον Θεό, με λίγα γωνίδια δεν ζει, θέλει πάρα πολλά γωνίδια. Κάνεις λάθος. Στη βιοτεχνολογία δεν σε ενδιαφέρει μόνο ο άνθρωπος αυτός και καθ' αυτός, στην βιοετρική σε ενδιαφέρει ο άνθρωπος αυτός και καθ' αυτός. Στη βιοτεχνολογία μπορεί να σε ενδιαφέρει κάτι άλλο, ναι. Άλλο θέλω να μου πείτε. Αφήστε και τα φυτά. Λέγεται, φαντασία θέλω. Θέλω να μου χρησιμοποιήσετε κάτι το οποίο να το πουλήσετε, ναι. Start-up επιχείρηση. Να δημιουργήσεις έναν καινούριο οργανισμό, απ' το τίποτα. Να πεις, θέλω ένα οργανισμό, χρειάζομαι αυτά τα γωνίδια σίγουρα για να μπορεί να επιβιώσει αυτός ο οργανισμός και μετά εκεί πέρα θα προσθέσω και ότι άλλο θέλω. Λέγεται αυτό, σαν κλάδος της γενετικής γωνιδιωματικής, synthetic genomics. Θα σηθήσουμε κάποια στιγμή, όταν φτάσουμε στις εφαρμογές, πώς μπορούμε να το κάνουμε αυτό το πράγμα και τι έχουν κάνει με βάση τη λογική σε αυτό το γωνιδίωμα. Πώς πια έχουμε φτάσει στην κατάσταση να κατασκευάσουμε γωνιδιώματα, ξεκινώντας απ' αυτό το οργανισμό. Ποιόματα θα τα πούμε. Κρατήστε το, δηλαδή το synthetic genomics είναι από τους πιο αναπτυσσόμενους κλάδους αυτή τη στιγμή στη γενετική. Γιατί ακριβώς φτιάχνεις, υποτιθετικά, ό,τι θέλεις. Έγινε. Εδώ μπορεί να έχουμε 500 γωνίδια, αλλά και αυτά είναι όλα απαραίτητα. Τι πιστεύετε. Δεν είναι όλα απαραίτητα. Άρα τι χρειάζεται. Θα δούμε και στη διάρκεια των μαθημάτων τι κάνανε για να δούμε ποια είναι απαραίτητα και ποια δεν είναι απαραίτητα. Ένας άλλος οργανισμός που είχε ενδιαφέρον, για έναν άλλο λόγο, ήταν το ένα από τα βακτήρια που προκαλούνε χολέρα. Προκαλούνε πολύ μεγάλα προβλήματα επίσης και στα ψάρια αυτοί οι οργανισμοί. Ήταν η πρώτη φορά που βρήκαν προκαρυωτικό οργανισμό με δύο χρωμοσώματα. Εμείς συνήθως ξέρουμε, προκαρυώτες, ένα χρωμόσωμα έχουν όλο και όλο. Έλα μου ντε που υπάρχουν και προκαρυώτες με δύο χρωμόσωματα. Και έλα μου ντε ότι όταν κάνεις και εξέλιξη και μελέτη φιλογέννησης είδανε ότι κατά πάσα πιθανότητα το ένα από αυτά τα χρωμόσώματα προήλθε από κάποιο πλασμίδιο. Και μετά όταν το ανακαλύψουν αυτό το πράγμα, βρήκαν ότι και σε άλλους προκαρυώτες τα πλασμίδια τελικά, σε κάποιες περιπτώσεις γίναν αυτά καθαρτά χρωμωσώματα μόνιμα μέσα στους προκαρυώτες. Και μετά φτάνουμε στην Εσαιρήχεια Κολάη, που είναι οργανισμός μοντέλο πάνω στον οποίο ξεκινήσαμε την πρώτη δουλειά για να μπορέσουμε να βρούμε πληροφορίες γι' αγωνιδιώματα προκαρυωτικών οργανισμών. Ένα γιατί το δουλέψανε, γιατί βεβαίως όπως ξέρετε υπήρχε πολλή πληροφορία. Το είχαν δουλέψει πάρα πολύ καιρό στο παρελθόν και είχαν πολλές πληροφορίες. Και τι βρήκανε? Βρήκανε βεβαίως ότι είναι επακηταρισμένο το αγωνιδίωμα. Το 90% του κωδικοποιεί για αγωνίδια. Τι άλλο βρήκανε? Ότι υπάρχει πολύ συχνή οριζόντια μεταφορά αγωνιδίων. Δηλαδή, τι κάνουν οι προκαρυώτες, μεταφέρουν αγωνίδια το ένα μέσα στο άλλο, με διάφορους τρόπους. Και ότι υπάρχουν και περιοχές οι οποίες δεν έχουν παρόλα αυτά λειτουργία. Υπάρχουν περιοχές μεσογωνιδιακές, λίγες επαναλαμβανόμενες. Και οι επαναλαμβανόμενες είναι περιοχές οι οποίες μας δημιουργούν προβλήματα ακόμα και στις προκαρυώτες. Και θα δούμε και μετά πόσο μπορούμε να το χρησιμοποιήσουμε και τι προβλήματα μπορούν να μας δημιουργήσει. Δεν είναι μόνο οι ευκαριώτες οι οποίοι έχουν επαναλαμβανόμενο DNA. Και στους προκαρυώτες βρίσκουμε. Όχι τόσο πολύ, αλλά βρίσκουμε. Και αυτό μας δημιουργεί πρόβλημα όταν κάνουμε whole genome sequencing. Θα δούμε τα καινούργια μηχανήματα πως τελικά το ξεφεύγουμε αυτό, το ξεπερνάμε αυτό το πρόβλημα. Και επίσης υπάρχουν και διάφορα ψεύδο γωνίδια ή και περιοχές οι οποίες δεν ξέρουμε ακριβώς τι κάνουν. Βλέπετε εδώ πέρα πως είναι οργανωμένο το γωνιδίωμα τους συγκεκριμένους στελέχους. Από τότε κάνανε και άλλα τέτοια στελέχη. Με χαρακτηριστικό παράδειγμα, στη Γερμανία ποιο ήταν ένας στέλεχος του Εικολάη που προκαλούσε θανάτσια από αγγουρά και δεν θυμάμαι τι πριν από 2-3 χρόνια. Και εκεί κάνανε κάποια στιγμή ανάλυση και ήταν η πρώτη φορά που χρησιμοποιήθηκε ένα μηχάνημα λούχησης καινούργιο για να βγάλει πάρα πολύ γρήγορα μέσα σε μια μέρα το γωνιδίωμα αυτό που παλιά χρειάστηκε πάρα πολύ σχερός για να γίνει. Πάντως και εδώ πέρα έχουμε περιπτώσεις όπου έχουμε πρωτεΐνες οι οποίες δεν είναι γνωστές, άρα δουλειά υπάρχει για να κάνουμε. Το πιο ενδιαφέρον και σε αυτό λίγο στηριζόμαστε είναι η ενζυμική ποικιλότητα που υπάρχει μέσα στα γωνίδια της Εικολάη. Είναι η πρώτη φορά που όταν καθίσαμε και με βιοπληροφορικές μεθόδους, σας υπενθυμίσω και σας ξαναφέρνω στο χθεσινό το μάθημα που λέγαμε πώς ανακαλύπτεις γωνίδια με βιοπληροφορικές μεθόδους. Πώς λοιπόν καθίσανε και ελέγξανε όλο το γωνιδίωμα της Εικολάη και ψάξανε πρώτα απ' όλα που έχουμε γωνίδια και μετά προσπαθήσαμε να βρούμε τι γωνίδια είναι αυτά. Πιο πριν σας έδειξα στο προηγούμενο σλάιν, ότι το ένα τρίτο είναι άγνωστα. Για τα υπόλοιπα όμως μπορούσαμε να πάρουμε πληροφορίες για τη δουλειά τους. Και το βασικό που είδαμε στην Εικολάη είναι ότι έχει πάρα πολύ ενζυμική ποικιλότητα. Άρα λοιπόν, εξαιτίας των διαφορετικών ενζύμων που έχει, που έχει πολλά τέτοια διαφορετικά ενζύμα, η Εικολάη, και όχι μόνο αυτό το βακτήριο προφανώς, έχει μεταβολική προσαρμοστικότητα. Άρα μπορεί να μεγαλώσει τόσο σε αερόβιες όσο και σε εναερόβιες συνθήκες, χρησιμοποιώντας διαφορετικά μονοπάτια. Και ανάλογα με τις ανάγκες, ανάλογα με το υπόστρωμα, θα ενεργοποιήσει ένα διαφορετικό μονοπάτι. Επίσης, σε πολλές περιπτώσεις μπορείς και να κάνεις διαφορετικές, ανάλογα, εξοποιείς διαφορετικά ενζύματα και για την ίδια την αντίδραση. Αυτό αμέσως που μπορεί να σε οδηγήσει. Σας φέρνω πάλι σε αυτό που λέγαμε στο μάθημα, ότι όλοι μας έχουμε κάποιες μεταλλάξεις και όλοι μας είμαστε δυσλειτουργικοί σε κάποια μονοπατάκια μας. Αλλά παρόλα αυτά, γενικά φαινόμαστε να είμαστε λειτουργικοί, άσχετα τι συμβαίνει μέσα μας. Γιατί συμβαίνει αυτό? Γιατί προφανώς και σε εμάς, όπως και στην Νικολάη, υπάρχουν διαφορετικά μονοπατάκια που μπορεί τελικά να πάρεις το ίδιο αποτέλεσμα. Ίσως όχι τόσο καλά, αλλά και εδώ πέρα υπάρχει πλήδος ενζύμου για μια αντίδραση, με διάφορους τρόπους θα φτάσει το τελικό αποτέλεσμα. Τώρα, το ίδιο καλά θα φτάσει από το κάθε μονοπάτι, μάλλον όχι, αλλά παρόλα αυτά υπάρχει αυτή η δυνατότητα για προσαρμογή ανάλογα με το τι υπάρχει. Άρα λοιπόν, έχουμε τη δυνατότητα να προσαρμοστούμε σε διαφορετικές συνθήκες, φαίνεται αυτό από τη Νικολάη, και αυτό τουλάχιστον εμένα με εντυπωσιάζει. Μου αρέσει να το βλέπω σε κάποια άλλα είδη και προσπαθώ να καταλάβω πού μπορώ να το χρησιμοποιήσω σε οποιοδήποτε άλλο βιοτεχνολογική εφαρμογή. Άρα λοιπόν, και αυτό σας το λέω τώρα και θα το ξαναδούμε και αργότερα, όταν μιλήσουμε για συγκριτική γωνιδιωματική, ήδη φαινόταν με τα πρώτα-πρώτα γωνιδιώματα, το σητήσαμε, ότι υπήρχαν και πολλές περιπτώσεις οριζόντιας μεταφοράς γωνιδίων. Άρα δεν είναι τα βακτήρια ή οι ευκαριώτες, τα αρχαία. Βλέπετε ότι υπάρχουν και πάρα πολλές οριζόντιες ενώσεις και μέσα στα διάφορα τα είδη. Υπάρχουν πολλές οριζόντιες μεταφορές γωνιδίων. Η μεταφορά των γωνιδίων δεν γίνεται μόνο κατά κόρυφα, δεν γίνεται μόνο από τον πρόγωνο στον απόγωνο. Σε πολλές περιπτώσεις είχαμε και οριζόντιες μεταφορές των γωνιδίων. Και φτάνουμε σε ένα πιο πολύπλοκο δίκτυο ζωής, από το tree of life, από το δέντρο της ζωής, πάμε στο web of life, πάμε στο δίκτυο της ζωής, όπου όλα είναι λίγο πιο πολύπλοκα. Και εκεί είναι τη δυσκολία να μπορέσεις να το αναλύσεις όλο αυτό το πράγμα. Και εκεί είναι που η γωνιδιωματική σου δίνει αυτή τη δυνατότητα να σου δώσει απαντήσεις και να δει ολόκληρο το δίκτυο. Όχι με τον απλό τον τρόπο «ε, δουλέψαμε ένα γωνίδιο, είδαμε μια εξέλιξη και αυτή είναι». Όχι. Η εξέλιξη είναι ένα πολύ πολύπλοκο φαινόμενο, που παλιά το λέγαμε ότι είναι απλό, γιατί δεν μπορούσαμε έτσι καλύτερα να το καταλάβουμε, και όλο και περισσότερο μπορούμε να μπούμε και περισσότερο στο βάθος. Άλλο καταπληκτικό αποτέλεσμα. Μιλήσαμε για βακτήρια και για ευκαιριώτες, αλλά ξαφνικά... Εντάξει, υπάρχουν και οι. Λέγαμε τι σημασία μπορεί να έχουν, δεν έχουν και κανένα μεγάλο μέγεθος. Λοιπόν, δείτε εδώ πέρα ότι έχουν ανακαλυφθεί... πρώτα απ' όλα ανακαλύφθηκε ο Mimivirus με μια εργασία στο Science του 2004, μετά ανακαλύφθηκε ο Megavirus και μετά ανακαλύφθηκε ο Pandoravirus. Τι είναι αυτή η ίη? Η ίη που τα γονιδιώματά τους, Mimivirus, Megavirus, Pandoravirus, έχουν μεγέθη εκατομμυρίων βάσεων. Και όχι μόνο έχουν εκατομμύρια βάσεις, αλλά έχουν και χιλιάδες γονίδια. Εμείς τι ξέρουμε για τους ίους μέχρι τώρα. Το μόνο που ξέραμε ήταν να έχουν μερικά γονίδια, 6-7 γονίδια, τα οποία είναι σημαντικά για να μπορέσει να επιβιώσει ο ιός και να μπορέσει να πολλαπλασιαστεί. Ναι, αλλά, να τα, η ίη, που σου πείσουν ότι δεν είχαμε ανακαλύψει ποτέ, και τώρα με τη βοήθεια των γονιδιωμάτων το ανακαλύπτουμε. Και μπορούμε να δούμε και εδώ πέρα τι έγινε με την εξέλιξη. Και υπάρχουν και ερευνητές, οι οποίοι υποστηρίζουν, δεν συμφωνούν όλοι μαζί τους όμως σε αυτό το πράγμα, το ότι συγκεκριμένη η πολύ μεγάλη ίη, η πυρινοκηταροπλασματική μεγάλη DNA, η nucleosetoplasmatic large DNA virus, ίσως, πολύ λένε άλλα πράγματα, με βάση στις δικές τους μελέτες που έχουν κάνει την εξέλιξη στη φιλογέννηση, ίσως να είναι ένα εντελώς διαφορετικό επίπεδο ζωής. Δηλαδή, ότι πρέπει να προσθέσουμε στα αρχαιοβακτήρια και στους ευκαριώτες και αυτούς τους ιούς, που φαίνεται να είναι κάτι εντελώς διαφορετικό. Α, εμένα με εντυπωσιάζει αυτό το πράγμα. Δηλαδή, είναι κάτι εντελώς διαφορετικό από ό,τι ξέραμε μέχρι τώρα. Βέβαια πάλι, σας λέω, ότι αυτό έγινε με κάποιες συγκεκριμένες φιλογενετικές μεθόδους και υπάρχουν κάποιοι άλλοι ερευνητές που λένε ότι δεν ισχύει αυτό το πράγμα. Εντάξει. Να δούμε τι ωραία είναι. Νομίζω ότι εδώ θα σταματήσουμε, γιατί μετά από, στο επόμενο μάθημα θα μιλήσουμε για τα μεταγωνιδιώματα και τι πληροφορίες μπορούμε να πάρουμε. Καμιά ερώτηση.