Δομική γονιδιωματική (2) / Διάλεξη 5 / Στόχοι Μελέτης, DNA – Ο φορέας της γενετικής πληροφορίας, Προβλήματα στην αλληλούχιση και μέθοδοι αντιμετώπισης τους, Χρωμοσωμικοί, Γενετικοί, Φυσικοί χάρτες και Χάρτες αλληλουχίας (και Ασκήσεις), Νέα μηχανήματα αλληλούχισης, Συναρμολόγηση και αποθήκευση δεδομένων, To μέλλον των αναλύσεων, Εύρεση γονιδίων στις αλληλουχίες γονιδιωμάτων - Τριανταφυλλίδης Αλέξανδρος (ΑΡΙΣΤΟΤΕΛΕΙΟ ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΘΕΣΣΑΛΟΝΙΚΗΣ, 2014)
Στόχοι Μελέτης, DNA – Ο φορέας της γενετικής πληροφορίας, Προβλήματα στην αλληλούχιση και μέθοδοι αντιμετώπισης τους, Χρωμοσωμικοί, Γενετικοί, Φυσικοί χάρτες και Χάρτες αλληλουχίας (και Ασκήσεις), Νέα μηχανήματα αλληλούχισης, Συναρμολόγηση και αποθήκευση δεδομένων, To μέλλον των αναλύσεων, Εύρεση γονιδίων στις αλληλουχίες γονιδιωμάτων: και το πρόγραμμα της προσδοσίας μας είναι αυτό. Είναι ένα πρόγραμμα που δεν έχει σημασία. Είναι ένα πρόγραμμα που δεν έχει σημασία. Είναι ένα πρόγραμμα που δεν έχει σημασία. Είναι ένα πρόγραμμα που δεν έχει σημασία. Είναι ένα πρόγραμμα που δεν έχει σημασία. Σας υπενθυμίζω λίγο ότι είπαμε στο προηγούμενο μάθημα. Συζητήσαμε ακριβώς τα προβλήματα που υπάρχουν, ζητάμε σε αυτές τις παραδόσεις, τα προβλήματα που υπάρχουν όσον αφορά τα γωνιδιώματα και τι λύσεις υπήρχαν. Συζητήσαμε ακριβώς ότι υπάρχουν δύο διαφορετικοί τρόποι προσέγγισης αλληλούχης γωνιδιωμάτων. Αυτή η δύο διαφορετική τρόπη ήταν η ολική γωνιδιωματική και η ραρχημένη προσέγγιση. Δεν θα μπούμε σε λεπτομέρ να σητήσουμε αυτή τη στιγμή ποια είναι η μια και ποια είναι η άλλη, γιατί απλώς θα τα ξαναπούμε και στα επόμενα μαθήματα πιο αναλυτικά. Σας περιθυμίζω τους δύο διαφορετικούς όρους. Τώρα, είπαμε λοιπόν ότι μπαίνουμε τώρα σιγά σιγά να εξηγήσουμε πώς είναι η ραρχημένη προσέγγιση, όπου είπαμε ότι αυτό που χρειάζεται είναι χρωμοσομικοί χάρτες. Χρειαζόμαστε πια για χρωμοσομικού χάρτες μιλάμε, οι οποίοι είναι χάρτες ευρίας κλίμακας. Συζητούσαμε λοιπόν το τι είναι οι γενετικοί χάρτες και οι φυσικοί χάρτες. Η μεγάλη διαφορά είναι ότι οι γενετικοί χάρτες μας δείχνουν τη σχετική θέση κάποιων δικτών, κάποιων γονιδίων με βάση της συχνότητας συνδυασμού και μετριούνται σε σεντιμόργαν, ενώ οι φυσικοί χάρτες μας δείχνουν τις πραγματικές αποστάσεις σε βάση. Έγινε? Το δύσκολο στην όλη υπόθεση βεβαίως, καλημέρα, είναι ότι πια μιλάμε ότι χρειάζεται να κάνουμε χάρτες ευρίας κλίμακας. Δεν μιλάμε για χάρτες οι οποίες είναι για 3-4 διαφορτικά γονίδια, αλλά τι θέλουμε να κάνουμε. Προσπαθούμε να βάλουμε σε σειρά πάρα πολλούς δίκτες επάνω σε όλο το γονιδίωμα. Έχουμε όλα τα χρωμοσώματα και εφόσον έχουμε όλα τα χρωμοσώματα και όλους αυτούς τους δίκτες, η δυσκολία είναι να μπορέσουμε να δούμε το σύνολο των δικτών, το σύνολο των γονιδίων επάνω στον γονιδιώματα. Γιατί το χρειαζόμαστε αυτό. Χρειαζόμαστε να το κάνουμε αυτό, γιατί μετά, αφού τα βάλουμε αυτά σε μια σειρά, θα χρησιμοποιήσουμε αυτή την πληροφορία για να αρχίσουμε σιγά-σιγά να διαβάζουμε λιλουχίες. Και θα δούμε πώς θα γίνει αυτό το πράγμα. Στην ιεραρχημένη προσέγγιση, γιατί αυτή μιλάμε αυτή τη στιγμή, σας υπενθυμίζω, ότι έπρεπε πρώτα απ' όλα να βάλουμε σε μια σειρά τους δίκτες και μετά να διαβάζουμε. Να μην διαβάζουμε τυχαία από εδώ και από εκεί. Άρα λοιπόν, γι' αυτό πρέπει να φτιάξουμε χάρτες. Εσείς όπως είχαμε πει, πέρσι συζητούσταν στη γενετική για γενετικούς χάρτες, για χάρτες τριών σημείων, όπου τι προσπαθούσαν να βρουν, θυμάστε? Προσπαθούσαν να βρουν τον ανασυνδυασμό σε κάποια γονίδια που καθαρίζονταν κάποιους φαινοτύπους. Κάνονται στις ασκήσεις της γενετικής πέρσης, ας πούμε, φαινότοως μπορεί να ήταν ασπρά μάτια ή κίτρινο σώμα ή μαύρο σώμα, κάτι τέτοιο. Και αυτό μετά πώς το δουλεύατε, ή πώς δεν το δουλεύατε, θα βλέπατε κατά πόσο αυτά συγκληρονομούνται ή όχι αυτά τα χαρακτηριστικά. Είναι εύκολο να το κάνουμε αυτό σε ένα ολόκληρο επίπεδο γονιδιώματος. Μπορούμε να δουλέψουμε με τόσους πολλούς δίκτες και να μπορούμε να έχουμε τόσες πολλές πληροφορίες, ώστε πάνω στο χρωμόσομ να έχουμε δεκάδες, εκατοντάδες δίκτες και να ξέρουμε σχετική απόσταση μεταξύ τους με τη βοήθεια με βάση Σεντι Μόργαν. Πώς το πιστεύετε. Δεν είναι εύκολο. Και γιατί δεν είναι εύκολο. Γνωρίζουμε τόσα πολλά διαφορετικά γονίδια, ακόμα και στη δροσόφυλλα που θα μπορούσαμε να έχουμε δεκάδες, εκατοντάδες γονίδια που να ξέρουμε ακριβώς το φαινότυπό τους και μετά να βλέπουμε πόσο συγκληρονομούνται αυτά τα γονίδια στις επόμενες γενιές. Δεν γνωρίζουμε τόσα πολλά γονίδια. Και επίσης ο φαινότυπος δεν καθορίζεται πάντα από ένα μόνο διαφορετικό γονίδιο. Το χρώμα ας πούμε του τριχώματος στα ποντίκια μπορεί να καθορίζεται από 30 διαφορετικά γονίδια. Άρα λοιπόν πώς να ελέγξεις την κληρονόμηση αυτού του φαινοτύπου στην επόμενη F1, F2, F9 και να ξέρεις για ποιο γονίδιο μιλάμε τώρα για να βρεις την κληρονόμησή του. Εντάξει. Άρα λοιπόν υπάρχουν κάποια προβλήματα. Και επίσης ακόμα πιο σημαντικό είναι το ότι εφόσον μιλούσαμε ότι θέλαμε να κάνουμε χάρτες στον άνθρωπο όπου θέλαμε να βάλουμε σε μια σειρά τα διάφορα γονίδια ή τους δίκτες. Θα πούμε σε λίγο τους δίκτες. Βλέπουμε εδώ πέρα πώς είναι οι χάρτες. Είναι το ότι στον άνθρωπο δεν μπορούμε να κάνουμε και ελεγχόμενες διασταυρώσεις. Δεν μπορούμε να πούμε, έλα εσύ με αυτό το χαρακτηριστικό να σε διασταυρώσουμε με αυτή την κοπέλα για να δούμε τα αποτελέσματα. Εντάξει. Άρα λοιπόν έχουμε και ηθικά δηλήματα. Άρα λοιπόν, όπως καταλαβαίνετε, το να προσπαθήσουμε να φτιάξουμε γενετικούς χάρτες, γιατί αυτή τη στιγμή θα στιαστούμε λίγο σε γενετικούς χάρτες, και να δούμε πώς κληρονομούνται αυτά τα χαρακτηριστικά με βάση την κληρονόμηση γονιδίων που μας δίνουν κάποιος συγκεκριμένο φαινότυπο, αυτό είναι δύσκολο. Εξού λοιπόν, και για να μπορέσουμε να κάνουμε χάρτες σύνδυσης ή ψηλής ανάλυσης ευρίας κλίμακας, πάμε να μιλήσουμε με τους γενετικούς δίκτες. Έχετε ακούσει μέχρι τώρα τι είναι οι γενετικοί δίκτες? Έχετε ασχοληθεί με γενετικούς δίκτες, ε? Θυμάστε καθόλου, ναι, όχι, κοιμάμαι, μόνο το τρίτο, το γ. Λοιπόν, γενετικοί δίκτες, γενετικοί δίκτες, ναι, πες, το μικρό σου. Ναι, Γιάννη. Καλά το λες. Είναι γενικά περιοχές οι οποίες, εφόσον είναι δίκτες, είναι σαν να αποτελούν μια συγκεκριμένη διεύθυνση πάνω στο χρωμόσομα. Είναι μοναδικές ακολουθίες πάντα, οι οποίες μπορούν να μας βοηθήσουν να προσανατολιστούμε πάνω στο χρωμόσομα. Να ξέρουν ότι αυτό είναι εδώ, το άλλο είναι εκεί ή οτιδήποτε. Και δεν είναι απαραίτητο να ξέρουμε πάντα και τι φέρνεις πάνω στο χρωμόσομα. Πάντως, μας βοηθάνε λίγο να καταλάβουμε κάποια πράγματα σχετικά με την κληρονόμηση χαρακτηριστικών, σχετικά με διάφορες πληροφορίες μπορούμε να πάρουμε. Τους γενετικούς δίκτες τους δούμε πολλές φορές με διάφορες εφαρμογές. Πάντως, αυτό που πρώτα απ' όλα πρέπει να θυμάστε, είναι ότι οι γενετικοί δίκτες δεν είναι απαραίτητο να είναι γονίδια. Είναι μια οποιαδήποτε περιοχή στο χρωμόσομα, η οποία όμως είναι μοναδική. Είναι πάρα πολύ σημαντικό να είναι μοναδική αυτή η περιοχή. Και η οποία, το άλλο το πολύ χρησιματικό χαρακτηριστικό της είναι ότι παρουσιάζουν πολύ υψηλό πολυμορφισμό. Τι σημαίνει πολυμορφισμός, ότι έχουμε πολλά λιλόμορφα. Το χρειαζόμαστε αυτό γιατί εφόσον θέλουμε να δούμε την κληρονόμηση, να δούμε την συγκληρονόμηση, κάποιο δίκτυ με κάποιο άλλο δίκτυ και να κάνουμε γενετικούς χάρτες, πρέπει να έχουμε πολλά λιλόμορφα. Άμα είναι μονομορφικός αυτός ο δίκτης, τι πληροφορία να μας δώσει ένας μονομορφικός δίκτης. Και όπως τα γονίδια έχουν κάποιον φαινότυπο που τον βλέπουμε με βάση άσπρο μάτι, ας πούμε κίτρινο σώμα στη ροσόφυλλα, έτσι και οι γενετικοί δίκτες έχουν κάποιο φαινότυπο, αλλά έχουν κάποιο μωριακό φαινότυπο. Δεν είναι ο φαινότυπος ότι κάτι κάνω, κάποιο σήμα ή οτιδήποτε τέτοιο, αλλά είναι ακριβώς η αλληλουχία DNA, τον DNA αυτό καθαυτό, το οποίο θα το μετρήσουμε με κάποιο τρόπο τι φαινότυπο έχει. Θα εξηγήσουμε ακριβώς τι σημαίνει αυτό το πράγμα. Το χαρακτηριστικό των γενετικών δικτών είναι ότι υπάρχουν πάρα πάρα πολλοί τέτοιοι δίκτες επάνω στα χρωμοσώματα. Δεν το πιστεύαμε ότι υπήρχαν τόσοι πολλοί πολυμορφισμούς και η αλληλουχία των γονιδιώματων μας βοήθησε να καταλάβουμε πόσους πολυμορφισμούς υπάρχει μέσα στα γονιδιώματα. Εδώ πέρα θα κάνω μια μικρή παρένθεση, θα δω λίγο πόσο θυμάστε. Δεν ξέρω αν έχετε συζητήσει κάποιες στιγμές με τον κ. Αμπατζόπουλος στην εξέλιξη σχετικά με το βάρος του πολυμορφισμού, το γενετικό φορτίο του πολυμορφισμού, ότι για ουδέτερες θεωρίες ή επιλεκτικές θεωρίες εξέλιξης κατά πόσο μπορούμε να αντέχει ένας οργανισμός πάρα πολύ πολυμορφισμό και διάφορα ελαττωματικά αλληλώματα. Θα τα έχετε συζητήσει αυτά καθόλου ή όχι. Θα τα αφήσουμε κάποια άλλη στιγμή να το συζητήσουμε, ίσως πιο αργά στα μαθήματα θα το συζητήσουμε αυτό. Τέλος πάντων, άρα λοιπόν οι γενετικοί δείκτες είναι περιοχές μοναδικές επάνω στα χρωμασώματα και τις χρησιμοποιούμε σε πάρα πολλές περιπτώσεις για να πάρουμε μια ιδέα επίσης το πόσο πολυμορφικό είναι ένα άτομο σε σχέση με κάποιο άλλο και επίσης για να κάνουμε και διάφορους γενετικούς χάρτες που θα δούμε τώρα πώς γίνεται όλο αυτό. Οι πιο χαρακτηριστικοί δείκτες που θα αναφέρουμε εδώ πέρα, υπάρχουν και άλλοι, τους οποίους αναφέρουμε κάποια άλλη στιγμή στα μαθήματα, πολύ πιο μετά, είναι το μικροδορυφορικό DNA και τα SNPs. Το μικροδορυφορικό DNA το ξέρετε, τα SNPs τα ξέρετε, ακουστά τα έχετε, που μπορεί να το έχετε ακούσει το ένα ή το άλλο, πέστε μου το πιο χαρακτηριστικό SNP που ξέρετε. Όλοι ξέρετε ένα SNP, όλοι σας, όλοι βιολόγοι και εμείς από το σχολείο το ξέρετε αυτό το συγκεκριμένο το SNP. Ποιο? Η νετική ανθρώπου, θα άνοιγε να το ξέρετε όλοι για τον άνθρωπο θα έχει να κάνει. Ποιο είναι το πιο χαρακτηριστικό SNP που ξέρετε. Τι είναι το SNP, άντε να το πάρουμε απλά απλά. SNP όπως λέει εκεί πέρα Single Nucleotide Polymorphism, απλός νουκλωτιδικός πολυμορφισμός, απλή μετάλλαξη να το πω εγώ, ναι. Το μικρό σου, ναι άντε. Μπράβο, ναι. Ποιο είναι το πιο χαρακτηριστική μετάλλαξη που ξέρετε. Βρε πανοκυταρική ανεμία, υπάρχει κάποιος που δεν ξέρει αυτή τη μετάλλαξη. Αυτό είναι ένα SNP. Δεν σημαίνει ότι το κάθε SNP προκαλεί κάποια ασθένεια ας πούμε, εντάξει. Μπορεί και να είναι και ένας απλός πολυμορφισμός, ο οποίος απλώς σε μια θέση είναι α, στην ίδια θέση σε ένα άλλο άτομο είναι θυμήνη. Ή στο ένα χρωμόσωμα του ενός ατόμου είναι αδενήνη, στο άλλο ομόλογο χρωμόσωμα είναι θυμήνη. Εντάξει. Ποια είναι τα δύο διαφορετικά λόγω που έχουμε εδώ πέρα, η αδενήνη και η θυμήνη. Το μικροδορυφορικό DNA που το ξέρετε, το ξέρετε, το έχετε ακούσει επίσης. Ποια είναι η πιο χαρακτηριστική εφαρμογή του μικροδορυφορικού DNA που ξέρετε. Που επίσης την ξέρετε, ναι. Όχι, προχωρημένο αυτό. Κάτι πιο απλό θέλω. Το έχει ακούσει και η μαμά σας και η μπαμπά σας και η γιαγιά σας ίσως όχι ως μικροδορυφορικό DNA, αλλά ως εφαρμογή το έχει ακούσει. Ακόμα και η γιαγιά σας το έχει ακούσει πια, στο start. Τεστ πατρότητας. Εντάξει. Ακούτε συνεχώς για τεστ πατρότητας. Ποια είναι το παιδί, δεν ξέρω. Τώρα πια δεν κάνουνε τεστ πατρότητας με τη βοήθεια ομάδων αίματος που κάνανε παλιά. Κάνουμε τη βοήθεια μικροδορυφορικού DNA. Θα δούμε ακριβώς τι είναι το μικροδορυφορικό DNA. Το μικροδορυφορικό DNA είναι στα αγγλικά Microsatellite DNA ή αλλιώς Simple Sequence Repeats. Απλές επαναλήψεις και να δούμε λίγο πιο αναλυτικά τι είναι το ένα και τι είναι το άλλο. Ναι, πες το. Θα δούμε πολλά άλλα, πες. Ναι, μια συνώνυμη μετάλλεξη. Όταν έχουμε μια μετάλλεξη που προκαλεί το ίδιο ομινοξυνέ. Δεν μας ενδιαφέρει ο μωριακός φαινότυπος που λέμε ότι έχει μωριακό φαινότυπο. Ποιος είναι ο μωριακός φαινότυπος σε ένα SNP? Δεν καθόμαστε να κοιτάξουμε άμα θα αλλάξει το ομινοξυνέ, αλλά ποιος είναι ο μωριακός φαινότυπος. Η κατάσταση αδενύνει, θυμίνει. Αυτός είναι ο μωριακός φαινότυπος. Από εκεί και πέρα τι σημαίνει αυτό ότι θα συμβεί δεν μας ενδιαφέρει. Καμιά άλλη ερώτηση? Λοιπόν, τι είναι το αγαπημένο μικροδορυφορικό DNA? Το μικροδορυφορικό DNA είναι πολλαπλές επαναλήψεις όπου το μοτίβο της επαναλήψης είναι από δύο ως έξι νουκλοτίδια. Για παράδειγμα, AG, AG, AG, AG. Τι είναι αυτό? Είναι το μοτίβο AG, το οποίο σε συγκεκριμένη περίπτωση έχει επαναληφθεί μία, δύο, τρεις, τέσσερις φορές. Το μοτίβο μας είναι αυτό, από δύο μέχρι έξι νουκλοτίδια, το οποίο επαναλαμβάνεται από τέσσερις μέχρι πενήντα φορές. Εδώ έχουμε τέσσερις φορές επαναλήψεις στο AG. Θα μπορούσε να είναι AG, AG, AG, AG, AG, AG, AG, AG, AG. Πώς είναι αυτό το 8, 9 επαναλήψεις είπα, έγινε. Εδώ έχω ένα άλλο μοτίβο επαναλήψης. Τι μοτίβο επαναλήψης έχω εδώ πέρα? Το GCA. Άρα ένα τρινουκλοτίδιο το οποίο επαναλαμβάνεται από μία, δύο, τρεις, τέσσερις φορές πάλι έχουμε εδώ πέρα. Άλλος γενετικός τόπος, άλλος γενετικός δίκτης είναι αυτός, άλλος είναι αυτός. Εδώ έχουμε το μοτίβο το AG, εδώ έχουμε το μοτίβο το GCA. Το χαρακτηριστικό βεβαίως σε όλη αυτή την περίπτωση είναι ότι έχουμε πολλά αλληλόμορφα. Τα οποία είναι τα αλληλόμορφα, πώς μετριούνται, ποια είναι η φύση του μωριακού φαινοτύπου, ποια είναι η φύση του αλληλόμορφου, πώς διαφέρει το ένα αλληλόμορφο από το άλλο με βάση τι? Με βάση τον αριθμό των επαναλήψεων. Άρα λοιπόν, αυτός είναι ένας γενετικός τόπος που σε μια περίπτωση μπορεί στο ένα χρωμόστιμο να έχουμε τέσσερις φορές επαναλήψη στο AG, σε ένα άλλο χρωμόστιμο μπορεί να έχουμε πέντε φορές επαναλήψη, σε κάποια άλλα άτομα να έχουμε δέκα ή δώδεκα φορές επαναλήψη. Άρα το αλληλόμορφο σε αυτή την περίπτωση, ο μωριακός φαινότυπος ποιος είναι, πέστε το όμως κι εσείς, ο αριθμός των επαναλήψεων. Άρα λοιπόν, εδώ πέρα το πώς δημιουργούνται τα αλληλόμορφα στον μικροδροφορικό, δεν μας ενδιαφέρει, δεν είναι του παρόντος, είναι λεπτομέρεια, πάντως κατά την αντικραφή DNA γίνονται λάθη, οπότε δεν μπορεί να αποστεθούν, να χαθούν κάποιες επαναλήψεις, οπότε τελικά δημιουργούνται αυτά τα αλληλόμορφα. Και αυτό λέει εδώ πέρα, ο μωριακός φαινότυπος καθορίζεται με βάση του αριθμού των επαναλήψεων. Μικροδροφορικό είναι πάλι πολύ συχνά και το έχουμε βρει σε αφθονία έναν τόπο ανά δύο, μέχρι 30.000 βάσεις ή και πολύ λιγότερο. Τα SNPs είναι απλή νυκλοτιδική πολυμοφισμή, είναι απλές με τα λέξεις σημείου. Τα SNPs τα ξέραμε, πανοκηταρική ανεμία τα ξέρουμε εδώ και καιρό και χρόνια ας πούμε ότι υπάρχει. Δεν το ονομάζαμε SNP, το λέγαμε μετάλλαξη. Σιγά σιγά αυτό μας βοήθησε η αλληλούχηση των ανατογωνιδιωμάτων. Τόσο περισσότερα γονιδιώματα αρχίσαμε και διαβάζαμε, re-sequencing γονιδιώματα, 1000 Genomes Project που κάνανε αλληλούχηση σε 1000 διαφορετικά γονιδιώματα, τόσο και περισσότερους τέτοιους μονονυκλοτιδικούς πολυμορφισμούς βρίσκαμε. Δηλαδή όταν συγκρίνεις χρωμοσώματα, το ίδιο χρωμόσωμα σε 1000 άτομα, αρχίζουμε και βλέπουμε ότι υπάρχουν πολλοί τέτοιοι πολυμορφισμοί μεταξύ διαφορετικών ανθρώπων. Τα άτομα, η ίδια θέση επάνω στα χρωμοσώματα, διαφορετικοί πολυμορφισμοί. Τώρα, για πείτε μου λίγο, και είναι σημαντικό αυτό, ποιος είναι ο μέγιστος αριθμός αλληλωμόρφων που μπορούμε να έχουμε σε μια συγκεκριμένη θέση σε ένα SNP. Ποια είναι τα διαφορετικά αλληλωμόρφα που μπορούμε να πάρουμε σε μια θέση σε ένα SNP. Ναι, τέσσερα είναι. Αδενίνη, Θυμίνη, Κιτοσίνη, Γουαννίνη. Δεν μπορεί να υπάρχει κάτι άλλο. Ποιος είναι ο μέγιστος αριθμός αλληλωμόρφων που μπορούμε να έχουμε σε ένα μικροδορυφορικό τόπο. Ποιος είναι ο μέγιστος αριθμός αλληλωμόρφων, πες Άννα. Ναι, είπαμε το 4 με 5, μπορεί να πάει και παραπάνω ας πούμε. Άρα, όσος ο αριθμός των επαναλήψεων. Δηλαδή δεν υπάρχει ταβάνι στο μέγιστο αριθμό αλληλωμόρφων στο μικροδορυφορικό DNA. Μπορεί να είναι δύο επαναλήψεις, πέντε, δέκα, πενήντα συνήθως, αλλά μπορούμε να βρούμε και περισσότερες. Μπορούμε να βρούμε και εξήντα και οτιδήποτε. Άρα, στα SNP έχουμε ένα ταβάνι, το πολύ τέσσερα, και συνήθως τα SNP είναι διαλληλικά. Έχουν δύο ολληλόμορφα. Σπάνια θα βρούμε θέση επάνω στο γονιδίωμα που μπορεί να έχει τρία διαφορετικά νυκλή. Δηλαδή σε εμένα να έχω αδενίνη θυμίνη και σε κάποιον άλλο να έχω κυτοσύνη γουανίνη ας πούμε. Παρένθεση και πολύ σημαντικό. Όταν μιλάω για κυτοσύνη γουανίνη αδενίνη μιλάω πάντα για το ίδιο strand, για τον ίδιο κλώνο του χρωμοσώματος. Μην μπερδευτείτε από το δίκλωνο DNA και πω αδενίνη από τη μια πλευρά και θυμίνη από την άλλη, στο συμπληρωματικό κλώνο. Μιλάμε για τα διαφορετικά χρωμοσώματα πάντα τον ίδιο κλώνο. Το καταλάβατε αυτό. Θα το κάνουμε και σε λίγο και άσκηση γιατί όλος περιέργος και δυστυχώς για εμένα δεν σας είναι τόσο ξεκάθαρο η μεταλλάξη, οι πολυμορφισμοί, τα αλληλόμορφα και τι σημαίνει αυτό το πράγμα. Εντάξει, θα το δούμε λίγο στην πράξη τι σημαίνει αυτό. Άρα, μικροδροηφορικό DNA μέχρι το αριθμό σε αλληλόμορφων δεν υπάρχει. Είναι τόσα επαναλήψεις που θα βρούμε, αντίστοιχα μπορούμε να βρούμε και διαφορετικά αλληλόμορφα. Ενώ στα SNP ο μέγιστος είναι τέσσερα διαφορετικά αλληλόμορφα, αλλά συνήθως είναι δύο. Και γιατί συμβαίνει αυτό. Η πιθανότητα να αλλάξει μια περιοχή στο DNA σε κάποια άλλη, να γίνει μετάλλαξη σημείου, είναι πάρα πάρα πολύ χαμηλή στη διάρκεια των γενιών σε ένα είδος. Άρα λοιπόν, εφόσον είναι πάρα πολύ χαμηλή να έχουμε μια μετάλληξη από αδενήνη σε θυμήνη, δέκα στιγμίων ογδόη, ας πούμε, κάπου τόσο είναι, η πιθανότητα η ίδια θέση να μεταλλαχθεί σε κάποιο άλλο νουκλωτίδιο, είναι δέκα στιγμίων ογδόη, επί δέκα στιγμίων ογδόη, άρα λοιπόν είναι ακόμα πιο χαμηλή η πιθανότητα. Γι' αυτό συνήθως βρίσκουμε σπάνια τρία διαφορετικά νουκλωτίδια στην ίδια θέση. Έγινε? Γι' αυτό μιλάμε ότι τα SNP είναι διαλήλικα συνήθως. Πες μου. Ούτε εγώ σε ακούω, ναι. Για ομόλογο χρωμοσώματα. Ναι. Πάντα μιλάμε την ίδια θέση μεταξύ διαφορετικών ατόμων. Τώρα, η συχνότητα βλέπετε ότι ενώ στο μικροδορυφορικό DNA η αυθονία τους είναι ένα ανα χιλιάδες βάσεις, βλέπετε ότι τα SNP είναι ένα ανα μερικές εκατοντάδες βάσεις. Άρα βλέπουμε μια ισορροπία. Τα SNP είναι όχι τόσο πολυμορφικά, αλλά πολύ πιο άφθονα. Το μικροδορυφορικό DNA είναι πολύ πολυμορφικό, αλλά λιγότερο άφθονο. Εντάξει. Άρα λοιπόν μπορείς να επιλέξεις, και δεν θα πούμε αυτή τη στιγμή την επεξήγηση, μπορείς να επιλέξεις είτε κάποιους τόπους μικροδορυφορικούς, οι οποίοι θα έχουν πολύ περισσότερο πολυμορφισμό και επομένως θα μπορείς να πάρεις και περισσότερη πληροφορία. Θα μείνουμε σε αυτό, δεν θα εξηγήσουμε ακριβώς αυτή τη στιγμή τι σημαίνει. Ή θα το δούμε με παράδειγμα. Θα ασχοληθούμε με SNP που έχουν λιγότερη πληροφορία, επειδή έχουν λιγότερα λιλόμορφα, αλλά είναι πολύ πιο άφθονα. Οι γενοτύπεις θα το δούμε σε λίγο τι σημαίνει αυτό. Λοιπόν, βλέπετε εδώ πέρα μικροδορυφορικός τόπος, πολλές επαναλήψεις. Ποιος θέλει να μας πει ποιο είναι αυτό το αλληλόμορφο, πώς ονομάζουμε αυτό το αλληλόμορφο. Τα αλληλόμορφα, όπως είπαμε στο μικροδορυφορικό DNA, ονομάζονται ομοριακώς στους φαινότυπους, καθορίζεται από τον αριθμό των επαναλήψεων. Άρα τι αλληλόμορφα έχουμε εδώ πέρα? Έξι. Αλληλόμορφα έξι. Ένα, δύο, τρία, τέσσερα, πέντε, έξι. Τι αλληλόμορφα έχουμε εδώ πέρα? Οχτώ. Ένα, δύο, τρεις, τέσσερα, πέντε, έξι, εφτά, οχτώ επαναλήψεις. Θα μπορούσαμε να πούμε ίσως, λέμε τώρα, ότι αυτά είναι τα δύο ομόλογα χρωμοσώματα σε ένα άτομο. Άρα τι γενότυπο έχει αυτό το άτομο? Ετερόζυγο είναι. Και τι γενότυπο έχει? Έξι, οχτώ. Εντάξει. Ο γενότυπος είναι η ένωση των δύο διαφορετικών αλληλόμορφων. Το ένα αλληλόμορφο είναι έξι, το άλλο αλληλόμορφο είναι οχτώ. Άρα αυτό το άτομο έχει γενότυπο έξι-οχτώ. Και άμα θέλουμε να είμαστε εντολώς σωστοί, CA6-CA8. Έγινε. Εδώ πέρα έχουμε ένα SNP. Που τι γενότυπο έχει αυτό το άτομο, άμα θεωρούσουμε ότι είναι αυτά τα δύο διαφορετικά ομόλογα χρωμοσώματα. Το ένα το αλληλόμορφο ποιο είναι εδώ πέρα? Σι. Το άλλο το αλληλόμορφο ποιο είναι εδώ πέρα? Ποιος είναι ο γενότυπος? CA. Εντάξει. Άρα εντελώς ότι με διαφορετικό τρόπο προσεγγίζουμε το μικροδορυφορικό DNA και με άλλο διαφορετικό τρόπο προσεγγίζουμε τα SNPs. Λοιπόν, τώρα για το μικροδορυφορικό DNA, το γεγονός ότι υπάρχουν αυτές τις διαφορές στις βάσεις, πολύ μικρές αλλά υπάρχουν, είναι ακριβώς ο λόγος για τον οποίο γίνονται αυτά τα λάθη κατά την αντιγραφή και έτσι προκαλεί το πολυμορφισμό στο μικροδορυφορικό DNA. Ακριβώς, κατά τη διάρκεια τέτοιων περιπτώσεων, μπορούν να γίνουν λάθη και να χάσουμε σύμπλιν ένα, δύο, τρία, τέσσερα, πέντε μοτίβα. Εντάξει. Δεν δημιουργεί το σοβαρό πρόβλημα. Γιατί σκέψτε ότι αυτό είναι το μικροδορυφορικό DNA. Υπάρχουν και άλλες πολυεπαναλαμβανόμενο DNA που μιλάμε για κομμάτια δεκάδων, εκατοντάδων, χιλιάδων βάσεων που επαναλαμβάνονται, όπως είπαμε και στα προηγούμενα μαθήματα, αυτούσια, ξανά και ξανά μέσα στα χρωμοσώματα. Εκεί είναι ακόμα μεγαλύτερα τα προβλήματα και εκεί μπορεί να δημιουργηθούν διάφορες άνυσσες διασκελισμί και να χάσουμε κομμάτια ολόκληρα από το χρωμόσωμα. Τώρα, τα SNPs σιγά σιγά μας ενέφεραν και όλο περισσότερο και θα δούμε ότι έχουν πάρα πάρα πολλές εφαρμογές τα SNPs. Θα τα ακούσετε και στη γενετική ανθρώπη που θα δούμε και εδώ πέρα τι πληροφορίες μπορούμε να πάρουμε. Οπότε προσπαθήσανε με διάφορους τρόπους οι εταιρείες να κάνουν μηχανήματα που παράγουν αυτόματα τέτοιους γενοτύπους. Βλέπετε εδώ πέρα η σελέρα ας πούμε του Greg Venter τότε, πριν από 10 χρόνια και είχε βρει τρία εκατομμύρια μοναδικά SNPs επάνω στον ανθρώπινο γονιδίωμα. Εδώ υπάρχει ένα άλλο μηχάνημα, Snippit Technology και γενικά υπάρχουνε του κόσμου τα διαφορετικά τα μηχανήματα τα οποία μπορούνε ανάλογα να γενοτυπήσουνε, να βρουνε το γενότυπο σε διάφορα SNPs. Το θέμα μας είναι σε κάθε περίπτωση άμα θέλουμε να δουλέψουμε σε λίγα ή σε πολλά SNPs. Υπάρχουν μηχανήματα που εστιάζουν να βρουνε σε ένα, δύο, τρία, δέκα SNPs ή να ψάξουμε καμιά πεντακοσαριά SNPs. Υπάρχουν μηχανήματα που σου δίνουνε σε εκατοντάδες SNP γενοτύπους ή ποια μιλάμε για μηχανήματα τα οποία ταυτόχρονα παράλληλα γενοτυπούνε εκατοντάδες, χιλιάδες SNP. Ανάλογα εδώ πέρα πάντα αποφασίζουμε το τι θέλουμε να κάνουμε και τι να διαβάσουμε ανάλογα με το σκοπό μας. Πολύ απλά. Το πιο απλό, όπως είπαμε, SNP που θέλουμε να δούμε είναι της τρυπανοκηταρικής αναιμίας. Εκεί πέρα θα θέλουμε κάτι το οποίο θα μας γενοτυπήσει ένα SNP όλο και όλο. Δεν θέλουμε να δουλέψουμε πάρα πολλά, αλλά μπορεί να θέλουμε να δουλέψουμε να ψάξουμε ανάλυσης σύνδεσης στο πώς κάποια ασθένεια συσχετίζεται οπουδήποτε πάνω στο χρωμόσωμα. Εκεί δεν ξέρουμε που ψάχνουμε. Εκεί πρέπει να κάνουμε, σας το αναφέρω για πρώτη φορά και θα το δούμε πολλές φορές σαν όρο, genome-wide association analysis, GWAS λέγεται αυτό το πράγμα. Τι σημαίνει genome-wide association analysis? Σε ολόκληρο το γονιδίωμα, genome-wide, ανάλυση συσχέτισης, δηλαδή να ψάξεις κατά πόσο ο φενότυπος της ασθένειας ή οποιοδήποτε άλλο πράγμα που ψάχνουμε συσχετίζεται με το μοριακό φενότυπο, το γενότυπο ενός κάποιου SNP. Και τι χρειάζεται να κάνουμε εδώ πέρα. Ίσως το έχετε συζητήσει λίγο στη γενετική ανθρώπου, αλλά δεν σας έχει σίγουρα, δεν σας έχει γίνει ακόμα ξεκάθαρο μέσα στο μυαλό σας. Και θα κάνουμε και μια άσκηση αμέσως πιο μετά, σήμερα ελπίζω θα προλάβουμε, για να δούμε ακριβώς τι σημαίνει αυτό ότι κάνω ανάλυση σύνδεσης. Επανέρχομαι γιατί πολλή πληροφορία σας έδωσα. Ψάχνουμε να δούμε μια ασθένεια και θέλουμε να δούμε πόσο ο μοριακός φενότυπος ένα SNP συσχετίζεται με το φενότυπο της ασθένειας. Τι πρέπει να κάνουμε. Πρέπει να σκανάρουμε ολόκληρο το γονιδίωμα και να βρούμε σε οικογένειες οι οποίες φέρουν αυτό το φενότυπο, καρκίνωμα στου ή οτιδήποτε τέλος πάντων, υπάρχει κάπου κάποιο νουκλεωτήδιο, το οποίο σε κάποια συγκεκριμένη θέση του χρωμασώματος, όταν έχει ένα άτομο αυτό το νουκλεωτήδιο και όλη οικογένεια εμφανίζει αυτό το φενότυπο, ενώ άμα δεν το έχεις αυτό, τότε δεν εμφανίζει αυτό το φενότυπο. Το καταλαβαίνετε? Αυτό θες να ψάξεις, αλλά δεν ξέρεις ποιος είναι αυτός ομωριακός σου φενότυπος, έχεις μόνο το φενότυπο της ασθένειας και ψάχνεις τυχαία, στα τυφλά, στο γονιδίωμα, με τέτοια μηχανήματα για να δεις κατά πόσο σχεδόν μπορείς να βρεις κάτι τέτοιο. Το ψηλοκαταλάβατε? Θα το δούμε και στην πράξη με άσκηση. Πολλοί. Δεν σήμερα θα βγάλει πάντα αποτελέσματα, αλλά πάντως ό,τι καλύτερο έχουμε αυτή τη στιγμή. Αυτό είναι όταν ψάχνεις τα τυφλά να βρεις τι γίνεται. Μπορείς σε κάποιες περιπτώσεις να ξέρεις, ας πούμε, ότι υπάρχουν κάποιοι συγκεκριμένοι γονίδια που σχετίζονται με την ασθένεια. Στην κυστική ίνωση ξέρεις τη ΔΕΛΤΑ F508, τη μετάάλαξη η οποία σχετίζεται στις περισσότερες περιπτώσεις με αυτή την ασθένεια, αλλά υπάρχουν και πάρα πολλές άλλες μεταλάξεις σημιακές, οι οποίες σχετίζονται με την ασθένεια στην κυστική ίνωση. Δεν θα καθίσεις να ψάχνεις σε όλο το γονιδίωμα τι γίνεται, αλλά θα ψάξεις το ΔΕΛΤΑ F508 και μερικά ακόμα SNP και μερικές άλλες μεταλάξεις σε ένα συγκεκριμένο γονίδιο. Εδώ πέρα μιλάμε για σηριακές προσεγγίσεις όπου δεν ψάχνεις τυχαία, αλλά κάποιες συγκεκριμένες SNP. Έγινε? Άρα ανάλογα αποφασίζεις και κάνεις. Πολύ πληροφορία, δεν πειράζει μαθαίνετε. Λοιπόν, τώρα λίγο να δούμε έτσι να σας μείνει σαν εικόνα χωρίς πολύ πολύ περισσότερο, τι σας δίνουν αυτά τα μηχανήματα τα οποία σου δίνουν οι γενοτύπους, πώς φαίνονται αυτοί οι γενότυποι. Δηλαδή, για να ξεφύγετε λίγο από αυτό που ξέρετε δεν είναι η θυμήνη οτιδήποτε, τα αυτόματα μηχανήματα γενοτύπησης θα σου δώσουν μια εικόνα το τι γενοτύπους παίρνεις. Και βλέπετε εδώ πέρα λέει εδώ πέρα ότι αυτό είναι ένα παράδειγμα ενός καλού αποτελέσματος σε γενοτύπηση σε ένα SNP σε πολλά άτομα και εδώ είναι ένα κακό αποτέλεσμα για ένα SNP σε πολλά άτομα. Κάθε κουκίδα είναι το αποτέλεσμα της γενοτύπησης. Βλέπετε εδώ πέρα το τι έχουμε. Μια ομάδα κουκκιδών πράσινο, ένα κίτρινο μια ομάδα και μπλε. Τι είναι αυτά, είναι διαφορετικά άτομα, άλλα είναι ομόζυγα για το ένα αλληλόμορφο, άλλα είναι ομόζυγα για το άλλο αλληλόμορφο και άλλα είναι τερόζυγα από αυτό και από αυτό το αλληλόμορφο. Πώς γίνεται εδώ πέρα, ο τρόπος γενοτύπησης σου δίνει χρώμα και ανάλογα μπορείς να καταλάβεις τι ήταν αυτό το άτομο. Εδώ πέρα βλέπετε ότι δεν είναι ξεκάθαρες οι ομάδες. Είναι μπερδεμένα όλα. Άρα ένα άτομο που σου δίνει εδώ πέρα ένα σήμα δεν μπορείς να ξέρεις. Είναι ομόζυγο, είναι τερόζυγο, τι είναι. Άρα αυτό είναι κακό, δεν δούλεψε καλά η γενοτύπηση ενώ εδώ πέρα είμαστε κανοπημένοι. Απλώς να το έχετε σαν εικόνα πως φαινούνται κάποιες φορές αυτές οι αυτόμετρες γενοτυπήσεις. Λοιπόν, για να μπείτε λίγο εσείς λίγο να δούμε τι καταλάβατε, αφήνουμε λίγο τη θεωρία αυτή εδώ πέρα και πάμε λίγο σε αυτό. Να κάνουμε λίγο μια σκησούλα για να δούμε λίγο τι είναι το μικροδορυφορικό DNA, τι είναι το SNP, τι είναι γενότυπο στο ένα, τι είναι γενότυπο στο άλλο και ποια είναι οι διαφορές του ενός από το άλλο, εντάξει. Τι σας λέω, θέλω το γενότυπο τριών ατόμων, τρία διαφορετικά άτομα, σε δύο μικροδορυφορικούς τόπους SSR και σε δύο τόπους SNP. Τα άτομα αυτά σας λέω πρέπει να έχουν διαφορετικούς γενοτύπους. Δεν θέλω τα διαφορετικά άτομα να έχουν το ίδιο γενότυπο. Και μετά αφού το κάνετε αυτό, αφού βάλετε ας πούμε εδώ πέρα σε αυτό το πίνακα, το κάθε άτομο το γενότυπο του σε ένα SNP, σε άλλο SNP, σε ένα μικροδορυφορικό τόπο και σε άλλο μικροδορυφορικό τόπο, μετά να μου βρείτε τα αλληλόγουφα που έχετε παρατηρήσει. Και στο τέλος και μια ερώτηση, μετά θα δούμε την ερώτηση. Τι θέλω από σας δηλαδή. Κάθε τόπος, επαναλαμβάνω, είναι μια συγκεκριμένη θέση. Διαφορετικός τόπος σημαίνει διαφορετική θέση και διαφορετικό ίσως μοτίβο επανάληψη, αν μιλάμε για μικροδορυφορικό άτομο. Μιλάω για γενότυπο σε έναν άνθρωπο. Τι σημαίνει γενότυπος, σημαίνει ότι θέλω και τα δύο τα αλληλόγουφα από τα μόλκα χρωμοσώματα. Οπότε θέλω να σκεφτείτε και να βάλετε. Ερώτηση. Όπως είπαμε συγκεκριμένη θέση επάνω στα χρωμοσώματα. Λέω GA, GA, GA, GA, GA. Αυτό από μόνο του μου δίνει μια πληροφορία του πού είναι αυτή η θέση επάνω στα χρωμοσώματα. Επαναλήψεις GA, GA, GA, υπάρχουν σε πολλές περιοχές στα χρωμοσώματα. Τι είναι αυτό που καθορίζει τη συγκεκριμένη θέση του κάθε γενετικού δίκτη. Ο δίκτης αυτός καθ' αυτός ή κάτι άλλο. Για σκεφτείτε και πείτε μου, ακούστε με να το ξαναρωτήσω λίγο, να σας πω. Μιλάμε γενετικούς δίκτες και είπαμε ότι είναι στη συγκεκριμένη θέση επάνω στα χρωμοσώματα. Τι είναι αυτό που καθορίζει όμως αυτή τη θέση, που θα με βοηθήσει εμένα να βρω αυτή τη θέση αυτού του δίκτη πάνω στο χρωμόσωμα. Ο δίκτης αυτός καθ' αυτός, το A, το T, αν μιλάμε για SNIP, ή το GA, GA, GA, GA, αν μιλάμε για μικροδροφορικό τόπο, ή κάτι άλλο είναι αυτό που θα με βοηθήσει να βρω αυτή τη θέση πάνω στο χρωμόσωμα. Για σκεφτείτε λίγο και μου απαντάτε. Ναι, πες το μικρό σου, πες τη μη. Ο υποθερηθμός επαναλήψεων δεν είναι. Γιατί άμα μπορεί κάποιος να έχει σε επαναλήψη GA, GA, GA δέκα φορές και στην αρχή του χρωμοσώματος τρία και στο τέλος του χρωμοσώματος δέκα. Αυτό δεν σε βοηθάει να βρεις ποια είναι αυτή η θέση. Ναι, το μικρό σου, Κατερίνα. Πριν και μετά. Η αλληλουχία πριν και μετά από την επανάληψη από το μικροδροφορικό τόπο, ή η αλληλουχία πριν και μετά από το SNP, είναι αυτή η μοναδική αλληλουχία η οποία θα μου δώσει τη διέθυνση αυτού του τόπου πάνω στον χρωμοσώματο. Άρα, οι μοναδικές αλληλουχίες πριν και μετά από αυτούς τους γενετικούς δείκτες καθορίζουν τη θέση τους. Το GAGAGA από μόνο του μπορεί να μου δώσει το γενότυπο, αλλά όχι τη θέση πάνω στον χρωμόσωμα. Εδώ βέβαια δεν σας ζητάω τη θέση, σας ζητάω μόνο το γενότυπο. Αλλά είναι σημαντικό να το ξέρετε. Και θα το δούμε και ακριβώς τι σημαίνει αυτό και όλας στην πράξη. Εντάξει, κάνουμε αυτή την παρένθεση και τώρα θέλω να μου γράψετε γενοτύπους για τους δύο τόπους SNP και για τους δύο τόπους SSR. Ο τόπος SSR από τι καθορίζεται ως τόπος από το μοτίβο της επανάληψης. Διαφορετικός τόπος μπορεί να έχει, με προσέχετε, διαφορετικό μοτίβο επανάληψης. Διαφορετικός τόπος μπορεί να έχει και το ίδιο μοτίβο επανάληψης, αλλά πώς θα το καταλάβω ότι είναι διαφορετικός τόπος από τις διαφορετικές αλληλουχίες αριστερά και δεξιά. Καθίστε, αρχίστε, σημειώνετε απαντήσεις και φωνάξτε με να δω λίγο και μετά κάποιος θαραλέος θα ανέβει λίγο να γράψει εδώ πέρα, στον πίνακα. Θέλω και τις ιδέες σας λοιπόν για γενοτύπους. Ο γενότυπος επαναλαμβάνω ότι είναι, μιλάμε για διπλοειδή άτομα, άρα θέλω δύο αλληλόμορφα σε κάθε περίπτωση. Και αφού σας βάλω να γράψετε τα δύο αλληλόμορφα, μετά θέλω να μου γράψετε και τα αλληλόμορφα. Αυτό για μένα είναι εύκολο, είναι μια εύκολη άσκηση. Για εσάς το έχω παρατηρήσει, δεν είναι εύκολη άσκηση και είναι γιατί στο μυαλό σας ακόμα δεν έχετε ξεκαθαρίσει τι σημαίνει πολυμορφισμός, τι σημαίνει γενότυπος και όλα αυτά. Μπορείτε να κάνετε ασκήσεις στη γενετική όπου έχετε αλληλόμορφα, αλλά δεν έχετε σκεφτεί το ανάποδο δηλαδή, πώς βάζω εγώ τα αλληλόμορφα. Είναι η πρώτη φορά που σας ζητάνε από μόνοι σας να γράψετε αλληλόμορφα και γενοτύπους. Μέχρι τώρα σας τα δίναν αυτά, σας δίναν γενοτύπους ας πούμε. Τώρα κάνετε το αντίστροφο από το τι έχετε κάνει μέχρι τώρα και έτσι μαθαίνετε. Όποιος πιστεύεται ότι έχει αποτέλεσμα, με φωνάζει να το δω. Κάποια στιγμή σε εξετάσεις και βάλει αυτή την άσκηση για πρώτη φορά χωρίς να την έχω συζητήσει στη θεωρία, γιατί πρέπει να είναι εύκολη και έπεσε κλάμα. Τρία άτομα γενοτύπους σε τέσσερις τόπους. Από εκεί ξεκινάτε. Πρώτα απ' όλα θέλω να μου συμπληρώσετε αυτό το πίνακα μετά αυτά. Άρα ξεκινήσετε από εδώ πέρα. Τρία άτομα διαφορετικοί γενότυποι στους διάφορους τέσσερις τόπους. Βεβαίως, ο διαφορετικός γενότυπος αναφέρεται πάντα στον κάθε τόπο ξεχωριστά. Και βέβαια, ο ένας τόπος από τον άλλο τόπο θα έχει διαφορετικό γενότυπο έτσι κι αλλιώς. Τα άτομά σας είναι διπλοειδή. Επαναλαμβάνω. Εδώ βλέπω έναν μοναλόμορφο. Επανελαμβάνω, μην μπερδεύεστε άλλο ομόλογο χρωμόσομα άρρωσιν πληρωματικός κλώνος και σε αυτό μπερδεύεστε. Ενώ σας υποτίθεται ότι σας είναι εύκολο, έχετε δουλέψει πολλές φορές με ασκήσεις με αλληλόμορφα, αλλά επαναλαμβάνω, είναι η πρώτη φορά που σας ζητάνε εσείς να δώσετε τα αλληλόμορφα και τους γενοτύπους. Μέχρι τώρα σας δίναν γενοτύπους και σας έλεγαν ποια είναι η κλειονόμηση στην Ε1 και στην Ε2 γενιά. Θα ήθελα εσείς να γράψετε τους γενοτύπους. Γράψουμε και τα άλλα όμως. Καλά το πας. Έχεις χώρο. Γράψε εδώ πέρα πολλούς γενοτύπους σε μορφή αλληλόμορφα. Γράψε, ας πούμε, CG3, CG4, ας πούμε, έτσι. Διπλωειδείς. Ακεί που μπερδεύεστε σε δύο επίπεδα. Μπερδεύεστε. Στο γενοστό σας λέω ότι είναι διπλωειδεί τα άτομα. Άρα θέλω δύο αλληλόμορφα σε κάθε άτομο. Εντάξει. Και επίσης μην μπλέκετε το συμπληρωματικό κλώνο. Μην βάλετε καθόλου συμπληρωματικό κλώνο. Εκεί θα χαθείτε επίσης. Πάρτε μια αλληλουχία που είναι η μια από τις δύο του συμπληρωματικού κλώνου. Μην μου γράψετε την άλλη. Και γράψτε μετά την ίδια αλληλουχία με άλλο αλληλόμορφο στον ίδιο τόπο. Είπαμε δεν θέλουμε τρία αλληλόμορφα. Θέλουμε δύο αλληλόμορφα. Θέλω να κανονίσετε τα τρία μας τα άτομα να έχουν διαφορετικό γεννότυπο με δύο αλληλόμορφα. Πώς γίνεται αυτό? Για σκεφτείτε. Θέλω τρία άτομα να έχουν διαφορετικό γεννότυπο στον ίδιο τόπο, έχοντας όλο και όλο δύο αλληλόμορφα. Πώς γίνεται αυτό, Ραφαήλ? Ομοζηγότης προς το διαφορετικό αλληλόμορφο και τεροζηγότης τα δύο αλληλόμορφα. Εντάξει. Αυτός είναι ο τρόπος για να έχουν πάντα το διαφορετικό γεννότυπο. Επίτευτα στα βάζω αυτό. Λοιπόν, ποιος θέλει να σηκωθεί? Κάνε το πινακάκι εκεί πέρα, τέλος πάντων, όπως βολεύεσαι. Θα μιλάς εσύ. Δώσε χώρο. Έχεις χώρο. Να έχεις. Ξεκινάει από το SNIP1. Εντάξει, πρώτα αυτό και μετά συνεχίζουμε με τα άλλα. Τυχαία αλληλουχία, γράψε. Αυτό είναι η αλληλουχία στο ένα χρωμόσμο από τα δύο. Άρα αυτό είναι το SNIP μας, άψογα. Άρα λοιπόν, στο άλλο το ομόλογο χρωμόσωμα έχουμε ένα άλλο νουκλωτίδιο A αντί για C. Τι γεννότυπο έχει αυτό το άτομο δηλαδή? CA. Κράψε τα άλλα δύο άτομα τώρα. Το ένα το άτομο θα είναι ομόζυγος προς το C. Αυτός είναι ομοριακός φαινότυπος ή ο γεννότυπος δηλαδή. Εντάξει, το βλέπετε όλοι. Υπάρχει κάποιος που δεν το καταλαβαίνει αυτό? Δεν είναι ανάγκη να γράφουμε την αλληλουχία. Όχι, δεν είναι ανάγκη να γράφουμε την αλληλουχία, απλώς έτσι μου δείχνεται ότι το καταλαβαίνετε ακόμα καλύτερα. Αυτό, πες Κατερίνα. Όχι, μπορείς να βάλεις αδενίνη θυμίνη, αλλά ακριβώς γι' αυτό το λόγο είπα ότι θέλω να μου βάλετε και την αλληλουχία ολόκληρη, γιατί το αδενίνη θυμίνη μπορεί σε κάποιον από εσάς να μην το έχετε καταλάβει και να μου έχετε βάλει ακριβώς τα συμπληρωματικά. Στους δύο συμπληρωματικούς κλόνους. Ενώ αν μου βάλεις την αλληλουχία θα φανεί ότι μιλάμε για τον ίδιο κλόνο στα ομόλογα χρωμοσόματο και όχι για συμπληρωματικούς κλόνους. Και βέβαια υπάρχουν και πολλά SNIP που να αναδενύνει το ένα και θυμίνει το άλλο, αλλά απλώς είναι, εδώ πέρα ας πούμε θυμίνει και εδώ πέρα δεν είναι. Και φαίνεται ότι δεν είναι συμπληρωματικό αυτό, απλώς είναι τα δύο διαφορετικά ομόλογα χρωμοσόματο. Άλλη ερώτηση. Άλλο SNIP σημαίνει άλλη διεύθυνση στον χρωμόσομα, άρα άλλη αλληλουχία. Ξέρεις τι θέλω, θέλω πάλι να μου βάλεις σαν SNIP το C και το A. Άλλη αλληλουχία. Λίγο να τελειώσουμε και... Ωραία. Ωραία. Άλλη αλληλουχία, ετερώζω και αυτό το άτομο AC. Αλλά είναι άλλη αλληλουχία, λοιπόν μιλάμε για άλλο SNIP. Όμως για το C. Εντάξει. Ερώτηση, ποιος θέλει να κάνει ερώτηση. Ναι, το μικρό σου. Ηρήνη. Οποιονδήποτε. Εγώ επίτηδες το έκανα έτσι, ναι. Επίτηδες, αλλά οποιονδήποτε. Θα μπορούσε να είναι εκεί πέρα G, C. Θα μπορούσε να είναι οτιδήποτε. Απλώς επίτηδες το A. Και τυχαία πάλι... Πώς είπα το μικρό σου. Ο Δημήτρης. Έτυχε το άτομο 2 να έχει γενότυπο CC και στο ένα SNIP, CC και στο άλλο SNIP. ΑΙΑΙΣΤΟ. Θα μπορούσε να είναι εδώ πέρα A. ΑΙΑΙΣΤΟ. Εντάξει, καλό θα ήταν να το γράφατε λίγο διαφορετικά. Δεν θα μου ήταν ξεκάθαρο το ότι καταλάβατε ότι μιλάμε για διαφορετικό SNIP. Αυτό. Θα το προτιμούσα να βάζετε διαφορετικές βάσεις. Εντάξει, σε μη τέτοια περίπτωση. Εδώ θένεται χαρακτηριστικό ότι μιλάμε για διαφορετικό SNIP. Άλλη ερώτηση. Να κάνουμε και τους μικροδροηφορικούς τόπους. Βάλε το μοτίβο της επανάληψης άμα θέλεις και πόσες φορές το έχεις το μοτίβο της επανάληψης. Ωραία, μοτίβο επανάληψη CA, συνήθως το γράφουμε, όχι 6CA, γράφουμε CA6. Και μέχρι σε παρένθεση το CA. Ωραία. Το άλλο αλληλόμορφο. Ωραία. Άρα το άτομο αυτό είναι τερόζυγο 6-8. Να τελειώσει πρωτοδημήτης και μετά το σηρήταμε. Ναι. Τα μπορούσε να γράψει για παράδειγμα CA6T, που μου δείχνει ότι η μοναδική αλληλουχία αριστερά και δεξιά είναι αυτή, μοναδική. Εδώ παίρνει ο αριθμός των επαναλήψεων και να γράψει επίσης το άλλο το αλληλόμορφο CAT. Εντάξει, αυτό ρωτούσες. Αυτό. Θα πάει λίγο πιο κάτω, ναι. Έτσι γίνεται. Είναι αυτό που ρώτησε και ο Δημήτρης κάποια στιγμή, το τι γίνεται σε τέτοιες περιπτώσεις όσον αφορά το τέργεσμα των ομόλων χρωμοσομάτων, δεν υπάρχουν κάποια κομμάτια τα οποία μένουν χωρίς τέργεσμα. Ναι, αυτό ακριβώς γίνεται. Ναι. Ναι. CA6 ή 6, δεν τέλειωσε ακόμα. Να, ό,τι θέλει μπορεί να κάνει εδώ πέρα ο Δημήτρης. Όχι, όχι, όχι, όχι. Άλλο άτομο. Δώσε πράγμα. Εντάξει, ωραία. Λίγο περίμενε, τελειώσουμε λίγο. Λίγο περίμενε στον άλλο τόπο. Άλλος τόπος, ναι. Και μετά θα το συζητήσουμε. Άλλο μοτίβο επανάληψε, επέλεξε. Πάρε είναι το νυκλωτίδιο, ωραία. Ωραία. 12 φορές. Οι πληθυσμοί έχουν πολύ πολυμορφισμό, αυτό έχω να πω. Και δεν φαίνεται εδώ πέρα. Όχι ότι είναι λάθος. Όχι, τυχαίο είναι. Στοχαστικό είναι. Ωραία. Δώσε άλλα λιλόμορφα εδώ πέρα, θέλω. Άλλα. Άλλα λιλόμορφα, το μοτίβο είναι πάντα το ίδιο. Ναι. Ναι. Ωραία. Άψογος. Πες. Ευχαριστούμε. Ναι, αλλά και όχι. Δηλαδή, εδώ πέρα είναι πιο ξεκάθαρο. Εγώ καταλαβαίνω ότι είναι διαφορετικός τόπος, αν μου χρησιμοποιείς διαφορετικό μοτίβο επανάληψης. Αν μου βάζεις, έχω δει κατά καιρούς διάφορα τα μάτια μου, αν μου βάζεις και εδώ πέρα CA-CA, ας πούμε. Για το ίδιο, ναι. Ξυπακούεται. Τι θες να ρωτήσεις, δεν καταλαβαίνω τι θες να ρωτήσεις. Δηλαδή, αυτό που είπατε πριν, ότι μπορεί μια ηλικία να είναι, ξέρω, στην αρχή. Ναι. Αν το γράφουμε και δεν καταλαβαίνουμε αν είναι στην αρχή. Ναι, κατάλαβα. Λες ότι πώς ξέρεις εσύ, ότι όταν το γράψεις έτσι θα φαίνεται ότι πάντα μιλάμε τον ίδιο τόπο. Εντάξει, θεωρώ ότι συγκεκριμένη άσκηση έτσι θα είναι. Δεν νομίζω να μου εννοείς CA, ας πούμε, να είσαι ένα χρωμόσομα και CA μετά στο άλλο το χρωμόσομα. Ναι, το μικρό σου. Πες Ιρακλή. Ο ετεροζηγότης 6-8. Αυτός ο ετεροζηγότης, εδώ πέρα, 6-8, ναι. Έχει κάποια διαφορά με τον ετεροζηγότη 8-1. Όχι, δεν έχει καμιά διαφορά. Το 6-8 με το 8-6 δεν έχει. Σε αυτό που θέλουμε να κάνουμε, νομίζω δεν έχει καμιά διαφορά. Μπορεί σε κάποιες αναλύσεις σύνδεσης να έχει σημασία, αλλά εδώ πέρα δεν έχει καμία σημασία, άμα είναι που το κάθε αλληλόμορφο. Για εμάς δεν έχουμε θέμα, πάντως. Άλλη ερώτηση. Το καταλάβατε, ναι, το μικρό σου. Μάνθα. Όταν αναφερόμαστε, ας πούμε, δηλαδή το 6-8-1, όταν αναφερόμαστε στο ίδιο κεστατήρι πριν κάτω, δεν είναι γιατί όταν πρέπει το επαναλογωμένο μοτίβο να είναι ίδιο κεστατήρι πριν κάτω. Αλλιώς δεν είναι ο ίδιος τόπος. Αν δεν βάλεις το ίδιο μοτίβο, τότε σίγουρα έχεις κάνει λάθος. Πρέπει να είναι το ίδιο μοτίβο, γιατί μιλάμε για έναν τόπο, συγκεκριμένη θέση, οπότε ο τόπος αυτό σημαίνει ότι έχει αυτό το μοτίβο επανάληψης. Άμα εδώ έχατε βάλει διαφορετικό μοτίβο, λάθος. Αν μου βάλετε εδώ και εδώ το ίδιο μοτίβο, θα πρέπει να μου δείξετε ότι έχει διαφορετικές αλληλουχίες σε αριστερά και δεξιά για να καταλάβω τι είναι διαφορετικός τόπος. Σας άρεσε αυτή η άσκηση, βοηθάει πάρα πολύ να καταλάβετε τι σημαίνει πολυμορφισμός, αλληλόμορφα, διπλοειδή άτομα και να μην μπερδεύεστε με συμπληρωματικούς κλόνους. Επειδή πρώτη φορά συνειδητοποίησα ότι μπερδεύεστε σε σχέση με το μονομορφικό και το πολυμορφικό. Εδώ πέρα δεν υπάρχει πολυμορφισμός μέσα στο άτομο, γιατί αυτό είναι ομόσγιο. Αλλά αυτό μας ενδιαφέρει ότι είναι πολυμορφικός ο πληθυσμός. Ο πληθυσμός αποτελεί από διαφορετικά αλληλόμορφα. Έχουμε δύο διαφορετικά αλληλόμορφα. Ποιος θα μου πει με βάση αυτά ποια είναι τα αλληλόμορφα του τόπου του SNP του 1. Γιατί εδώ πέρα ζητάω μετά να σημειώσουμε τα αλληλόμορφα που παρατηρούμε. Άρα στον τόπο 1, ποια είναι τα αλληλόμορφά μας. Εδώ, ποια είναι τα αλληλόμορφά μας. Ναι, το μικρό σου. Θεανό. Ναι. Συμφωνείτε. Είπε η Θεανό. Τα αλληλόμορφα μας είναι το CA, το CC και το AA. Συμφωνείτε. Δεν συμφωνούνε. Πες Ηρακλή. Είναι το DACPA. Ναι. Και το CAA. Δηλαδή το C και το A. Αυτά είναι, δεν έχει κάτι άλλο. C και A. Αυτά είναι τα αλληλόμορφά σου. Αυτό που μου είπες, μου είπες πάλι γενοτύπους. Έγινε. Δύο είναι τα αλληλόμορφα. Το C και το A. Στον τόπο 2, ποια είναι τα αλληλόμορφά μας. Ναι, το C και το A. Τώρα, άμα τα δεις έτσι, θα πεις τι τα ίδια αλληλόμορφα. Δεν είναι τα ίδια αλληλόμορφα. Γιατί εδώ πέρα κανονικά, άμα θέλαμε να το πούμε σωστά, θα ήταν το GAA, CTA και εδώ πέρα το όλο που είναι το GCTCA, ας πούμε. Άρα είναι τελώς διαφορετικά. Άμα το δεις μόνο έτσι, θα πεις, μα είναι τα ίδια. Αλλά δεν είναι τα ίδια. Μιλάμε για εντελώς διαφορετικές περιοχές πάνω στον χρωμόσομα. Ok, πες Δημήτρη, τι. Στο περιοχή μας ενδιαφέρον είναι μόνο δύο νοικιωτήδια. Δηλαδή το G βάζουμε με δεξιά και αριστερά ένα φταίρας. Το πρώτο είναι μεγαλύτερος. Πρόσεχε να γράψω εγώ μόνο αυτός. Ναι, εγώ λέω μόνο αυτά τα νοικιωτήδια, όντως, γιατί αυτά έχουμε γράψει. Αλλά εξυπακούεται ότι στην πραγματικότητα μιλάμε για ένα χρωμόσομα που σημαίνει ότι υπάρχουν εκατοντάδες, χιλιάδες, εκατομμύρια νοικιωτήδια, αριστερά και δεξιά. Και αυτό είναι, και σκεφτείτε ότι άμα θέλουμε να το παιδέψουμε, να σας παιδέψω λίγο ακόμα, μ' αρέσει, είναι το τι. Και όταν πάμε και λίγο πιο κάτω, θα βρούμε και ξανά κι άλλο SNP λίγο πιο κάτω. Και εκεί πέρα μπορείτε υποθετικά να θεωρήσουμε ότι αυτά τα δύο SNP είναι στο ίδιο χρωμόσομα. Εντάξει. Άρα λοιπόν, συνεχίζαμε νοικιωτήδιο, νοικιωτήδιο, νοικιωτήδιο και φτάναμε εδώ πέρα. Εδώ πέρα, για πρώτη φορά, σας εισάγω την έννοια απλότυπος. Και τι σημαίνει ο απλότυπος. Ο απλότυπος είναι η σύνδεση διαφορετικών, αλληλομόρφων διαφορετικών τόπων. Γιατί, ενώ πιο πριν με ερωτήσατε, έχει διαφορά άμα το πω ας πούμε 6-8 ή 8-6, ή έχει διαφορά άμα το πω 6-8 ή 8-6, σας λέω, ανεξάρτητα το καθένα δεν έχει σημασία. Αλλά τι έχει σημασία. Άμα το πάρεις σαν χρωμόσωμα, ότι αυτό είναι μια συνεχόμενη λουχεία, εδώ καταλαβαίνεις ότι το ένα το ομόλογο χρωμόσωμα είναι CA, ενώ το άλλο το ομόλογο χρωμόσωμα είναι AC. Ενώ σε ένα άλλο άτομο, μπορεί να ήταν ο απλότυπος να ήτανε CC εδώ πέρα και AA εδώ πέρα. Τι έχουμε εδώ πέρα, δηλαδή ανασυνδυασμό μεταξύ των δύο περιοχών. Πέρα μόνο είχαμε ένα συνδυασμό και δημιουργείται ο απλότυπος τότε. Ο συνδυασμός διαφορετικών αλληλομόρφων σε διαφορετικούς γενετικούς τόπους. Πολύ πληροφορίες σήμερα. Ξεχάστε το, άμα το καταλάβατε θα το δούμε και άλλες φορές. Αυτό έχει σημασία σε άλλα πράγματα. Απλώς επειδή το είπε ο Δημήτρης, γι' αυτό. Λοιπόν, ξεχάστε τους απλότυπους, ερχόμαστε στα αλληλόμορφα πάλι. Ποια είναι τα αλληλόμορφα στον τόπο SSR? Ναι. Πες, Ραφαίλη, ναι. Παίρνασαν το CA6, τώρα το CA8, τώρα το CA9. OK, 6, 8, 9. CA6, CA8, CA9. Ποια είναι τα αλληλόμορφα στον τόπο SSR2? Ναι. 12, 25, 18 και 30. Και εδώ πέρα θα μπορούσαμε άνετα να έχουμε και αλληλόμορφα. Που δεν προλάβουμε να βάλουμε σε αυτά τα τρία τα άτομα, αλλά να κάνουμε κι άλλα. Να είχαμε και αλληλόμορφα 50, 45, 3, 5 και ούτω καθεξής. Και το ίδιο και εδώ πέρα. Γιατί μιλάμε για ρυθμό επαναλήψεων. Ενώ εδώ πέρα γιατί μιλάμε για νοικλοτήδια. Ναι, πες, ρώτα, τι. Άρα στα SSR η ομοζυγωτή είναι όντως πιο σπάνια. Στα SSR η ομοζυγωτή είναι όντως πιο σπάνια. Θα προτιμούσατε να το γράψετε για παράδειγμα στα S&P μόνο C και A ή για παράδειγμα G, A, C, D, A, K, G, A, K. Ας καταλάβω ότι το καταλάβατε και εμένα δεν έχει σημασία. Εγώ θέλω να ξέρω ότι το καταλάβατε. Δεν με ενδιαφέρεται ότι θα γράψετε. Εγώ είμαι σίγουρος ότι εσύ το έχεις καταλάβει. Δεν με ενδιαφέρεται τι θα γράψεις. Κατάλαβε το εσύ και γράψε μου ό,τι θέλεις. Γράψε μου όμως να είναι σωστό. Απλά, εσύ δεν θέλεις, ξεχωρίσουμε και το να είναι και το δύο στόπους. Ναι, αλλά έτσι κι αλλιώς, ήδη μου το έχεις δείξει επάνω. Αν μου το γράψεις έτσι, φαίνεται ότι μιλάμε για δύο διαφορετικούς στόπους. Δηλαδή, φαίνεται αυτό το πράγμα. Κατάλαβε το καταλαβαίνετε. Ναι, αυτό το είδα σε κάποιους από εσάς. Κάποιοι από εσάς βάλετε κι άλλο αλληλόμορφο εδώ πέρα. Ας πούμε υποθετικά, εδώ πέρα πες το τι είναι G. Οπότε μετά θα λέγαμε ότι έχουμε και το G εδώ πέρα. Απλώς, τι σας είπα στην προηγούμενη ώρα. Το ότι η μετάλλαξη ας πούμε από C σε A κάποια στιγμή στο παρελθόν, σε κάποιο πρόγονο, είναι της τάξης του 10 στιγμήων 8 η πιθανότητα. Και η μετάλλαξη μετά από το A στο G είναι άλλο 10 στιγμήων 8 η. Άρα είναι πολύ πολύ πολύ σπάνιο. Σπάνια θα βρούμε τρεις νουκλοτιδικά SNIP. Γι' αυτό δεν θα το έπρεπε να είναι εντελώς σωστό. Εντάξει. Το γεγονός είναι το ότι είναι σπάνιο να βρεις τέτοια SNIP. Στην ίδια θέση πάνω στο γωνιδί μου να δεις τρία διαφορετικά νουκλοτίδια. Είναι σπάνιο να γίνουν πολλές μεταλλάξεις στην ίδια θέση. Μέσα στο ίδιο είδος. Άρα λοιπόν... Για να το βάλουμε έτσι να το αφήσουμε έτσι. Που υπάρχει υψηλότερος πολυμορφισμός σε τόπου SNIP ή σε τόπου SSR? Τι σημαίνει υψηλότερος πολυμορφισμός? Περισσότερα αλληλόμορφα. Εδώ έχουμε δύο αλληλόμορφα, εδώ έχουμε δύο αλληλόμορφα, εδώ έχουμε τρία αλληλόμορφα. Εδώ επίτηδες έβαλα του κόσμου τα αλληλόμορφα. Έγινε? Άμα θελήσετε κάτι να το ρωτήσετε μετά έχουμε χρόνο. Το σητάμε ξανά αυτή την άσκηση. Αλλά για μένα αυτή είναι η σημασία αυτής της άσκησης. Σας βοηθάει να οπτικοποιήσετε στον εγκέφαλό σας τι σημαίνει αλληλόμορφα, τι σημαίνει γενότυπος, τι σημαίνει διαφορετικά αλληλόμορφα σε διαφορετικές θέσεις το χρωμόσομα και τι σημαίνει επίσης και διπλοειδές άτομο. Δηλαδή πολλοί από εσάς κάνετε λάθος. Το έχω δει πολλές φορές, δεν είναι μόνο ένας ή δύο. Δεν έχετε ξεκαθαρίσει ότι όταν μιλάμε ότι έχω διπλοειδές άτομος σημαίνει ότι έχω δύο αντίγραφα. Το ένα από τον πατέρα, το άλλο από τη μητέρα. Λοιπόν, πρέπει να βάλω δύο τέτοια αντίγραφα. Και αυτά τα αντίγραφα που θα βάλω εδώ πέρα δεν είναι ο συμπληρωματικός κλόνος, αλλά είναι τα δύο αντίγραφα από τα δύο ομόλογα χρωμωσώματος. Εντάξει. Όταν έκανα αυτή την άσκηση, σας την έβαλα στις εξετάσεις και παιδευτήκατε τόσο πολύ, λέω μάλιστα. Για μένα είναι δεδομένο το ότι υφόσον είστε βιολόγοι γενετιστές όσο μπορούμε να πούμε ότι είστε γενετιστές. Και έχετε κάνει το κόσμο της ασκής από το Λύκειο με γενοτύπους, με κληρονόμηση γενοτύπων κτλ. Θα έπρεπε να το ξέρετε, αλλά τελικά ανακαλύπτω ότι δεν το ξέρετε. Ε, δεν το ξέρετε, το μαθαίνετε. Λοιπόν, έχετε ξασκηθεί, έχετε κάνει πάρα πολλές ασκήσεις με γενοτύπους. Πέρσι στη γενετική πόσες ασκήσεις δεν κάνατε που είχατε να κάνετε διασταυρώσεις. Αυτό που κάνετε στη γενετική είναι πιο προχωρημένο. Δηλαδή προσπαθείτε να δείτε την κληρονόμηση αυτών των γενοτύπων στις επόμενες γενιές. Αυτό είναι πιο βασικό, αλλά στα βασικά καμιά φορακολάτη, γι' αυτό είμαστε εδώ για να τα μαθαίνετε και τα βασικά. Έγινε? Λοιπόν, τώρα, όπως είπαμε, και αυτό είναι λίγο έτσι εγκυκλοπεδικό πάλι, δεν είναι τόσο σημαντικό, γιατί έχει μέσα και λίγο γενετική μηχανική, δεν θέλω να σας μπερδέψω, αλλά είπαμε, ας πούμε, ότι αυτό που χαρακτηρίζει τους τόπους, δεν είναι ο τόπος μόνο αυτός καθ' αυτός, είναι και αλληλουχίες αριστερά και δεξιά, οι οποίοι πρέπει να είναι μοναδικές αλληλουχίες. Άρα, λοιπόν, εμείς σκεφτείτε τώρα ποιο είναι το θέμα. Θέλουμε να αλληλουχίσουμε γονιδιώματα. Για να αλληλουχίσουμε γονιδιώματα, θέλουμε να βρούμε γενετικούς δείκτες και να δούμε αυτοί οι γενετικοί δείκτες που βρίσκονται πάνω στα χρωμοσώματα και τη σχετική απόσταση μεταξύ τους. Αυτή την πληροφορία δεν την είχαμε. Μιλάμε για άγνωστα γονιδιώματα, μιλάμε για περιοχές οι οποίες είναι άγνωστες για μας. Άρα, λοιπόν, έπρεπε να βρούμε, να ανοιχνεύσουμε τέτοιες περιοχές. Η διαδικασία όσον αφορά την αλληλούχιση, σκεφτείτε ότι τα SNP τα βρήκαμε τα περισσότερα αφού αλληλουχίσαμε. Δηλαδή, δεν είχαμε πολλά SNP. Η δουλειά που έγινε όσον αφορά τους γενετικούς δείκτες και τους γενετικούς χάρτες βασίστηκε αρχικά σε μικροδορυφορικό DNA. Άρα, λοιπόν, τα SNP ξεχάστετα πρέπει να βρούμε μικροδορυφορικούς τόπους. Μικροδορυφορικούς τόπους, για να βρούμε, δεν έχουμε. Πώς θα βρούμε αυτούς τους μικροδορυφορικούς τόπους επάνω στα χρωμοσώματα. Άρα, λοιπόν, έπρεπε να τους βρούμε αυτούς τους τόπους πάνω στο γονιδίωμα, να τους δώσουμε μια διεύθυνση, να ξέρουν, δηλαδή, πού βρίσκονται, και μετά να αρχίσουμε να βλέπουμε τη συγκληρονόμησή τους, για να φτιάξουμε γενετικούς χάρτες. Για να το κάνουμε αυτό, αυτό που χρειαζότανε, ήταν μια περιοχή στο χρωμόσωμα. CA, CA, CA, CA. Δεν ξέρουμε πού υπάρχει, απλώς είναι κομματάκια μέσα σε κλόνους βιβλιοθήκης. Θα το πω γρήγορα και δεν με ενδιαφέρει τόσο πολύ, απλώς ότι καταλάβετε. Αυτό που χρειάζεται είναι να την ψαρέψουμε αυτή την περιοχή, με έναν ανοιχνευτή, ο οποίος ήταν συμπληρωματικός, δηλαδή έναν GT, GT, GT. Να έχουμε αυτούς τους κλόνους μας στη βιβλιοθήκης, μετά να πάμε να διαβάσουμε αυτές τις αλληλουχίες αριστερά και δεξιά, οπότε να βρούμε τις αλληλουχίες αυτές και μετά να φτιάξουμε PCR αυτές τις αλληλουχίες. Με αυτόν τον τρόπο ψαρεύαμε μικροδροφορικούς τόπους μέσα στα γωνιδιώματα, γιατί θέλαμε να τους ψαρέψουμε, για να βρούμε αυτές τις περιοχές αριστερά και δεξιά, τις μοναδικές, για να μπορούμε να κάνουμε PCR μετά. Το PCR θέλει κινητές μοναδικούς. Μπορεί να βάζαμε PCR με αυτούς τους πράιμερς και να μην παίρναμε ένα PCR προϊόν, να παίρναμε και άλλα. Άρα αυτό τι θα σημαίνει, ότι ναι μεν αυτή είναι αλληλουχία αριστερά και δεξιά αυτού του τόπου, αλλά υπάρχει και κάπου όλου μέσα στο χρωμόσομα τέτοια αλληλουχία. Άρα δεν μου κάνει αυτός ο τόπος, δεν είναι μοναδικός, δεν δουλεύω με αυτόν τον τόπο, πάμε σε άλλους. Χιλιάδες τόποι υπήρχαν, άρα λοιπόν υπήρχε μεγάλη δυνατότητα να πάμε σε άλλους τόπους. Αυτό λίγο για να σας τα λέω αυτά γιατί. Γιατί με αυτόν τον τρόπο επαναλαμβάνω σκοπός μου είναι να καταλαβαίνει την πολυπλοκότητα γονιδιωμάτων και την πολυπλοκότητα της όλης τα δικασίες να βρεις ένα γονιδίωμα με τη βοήθεια γενετικών χαρτών. Τέλος πάντων, εμάς όμως μας ενδιαφέρει αυτό. Είδαμε το αποτέλεσμα, τι σημαίνει γενοτυπώ μικροδορυφορικό τόπο και πώς φαινούν τα διαφορετικά τα αλληλόμορφα ως το μοριακό φαινότυπο, αλλά πώς φτάνουμε σε αυτό. Εδώ είναι. Για να φτάσουμε σε αυτό να βρούμε το γενότυπο, ο πιο απλός τρόπος, ξεχάσετε λίγο αυτό, ποιος είναι ο πιο απλός τρόπος για να βρω ένα SNP, άμα θέλω να βρω την αλληλουχία ενός SNP, τι χρειάζεται να κάνω, αλληλούχηση. Θα πάρω την αλληλουχία, θα βρω εδώ είναι εσύ, εδώ είναι η. Στο μικροδορυφορικό DNA, ναι, μπορώ να κάνω αλληλούχηση και να βρω ότι σε έναν κλόνο είναι C-A-T-C-A-C-A-C-A και το καθεξής έξι φορές, οχτώ φορές με αλληλούχηση. Αλλά η αλληλούχηση κοστίζει. Άρα λοιπόν θέλαμε να βρούμε έναν τρόπο να γενοτυπούμε εδώ πέρα χωρίς να ξοδεύουμε πολλά χρήματα με αλληλουχία. Και πιο απλός τρόπος για να το καταφέρουμε αυτό ήταν με απλή ηλεκτροφόρηση. Τι σημαίνει με απλή ηλεκτροφόρηση? Σημαίνει ότι έχουμε τον τόπο μας, έχουμε κάνει τη διαδικασία πιο πριν όπου έχουμε βρει primers μοναδικούς για αυτή την περιοχή και κάνουμε PCR. Βλέπετε, οι μοναδικές αλληλουχίες με τις οποίες θα ενισχύσουμε αυτόν τον τόπο. Οι μοναδικές αλληλουχίες είναι αριστερά και δεξιά. Και βλέπουμε εδώ πέρα ότι έχουμε ένα μικροδροφορικό τόπο με 15 αντίγραφα της επανάληψης CA. Κάνουμε PCR. Το PCR το κάνουμε σε πολλά διαφορετικά άτομα. Ανάλογα με τον αριθμό των επαναλήψεων που έχουμε εδώ πέρα θα πάρουμε και PCR προϊόντα διαφορετικού μεγέθους. Αν υπάρχει κάπου 15 επαναλήψεις και κάπου άλλους κάποιο άλλο άτομο υπάρχουν 10 επαναλήψεις, προφανώς το PCR προϊόν με 10 επαναλήψεις θα είναι μικρότερο σε σχέση με αυτό με 15 επαναλήψεις. Άρα σε μια ηλεκτροφόρηση το μικρότερο θα τρέξει πιο γρήγορα, θα πάει πιο κάτω. Το μεγαλύτερο θα πάει πιο πάνω. Άρα, εμείς κάνουμε PCR σε τρία διαφορετικά άτομα και δεν ξέρουμε με την αλληλουχία εδώ πέρα, αλλά τι βλέπουμε το αποτέλεσμα της ηλεκτροφόρησης. Όσο πιο μικρός ο αριθμός των επαναλήψεων τόσο πιο γρήγορα τρέχει. Όσο πιο μεγάλος ο αριθμός των επαναλήψεων τόσο πιο αργά τρέχει. Τι περιμένουμε να βρούμε, πόσες είναι ο μέγιστος αριθμός των ζωνών που μπορούμε να βρούμε ανά άτομο. Δύο. Δύο αντίγραφα, άμα είναι τεωρόζυγο το άτομό μας θα πάρουμε δύο ζώνες, άμα είναι ομόζυγο θα πάρουμε μία ζώνη. Το καταλαβαίνετε? Άρα, βλέπετε εδώ πέρα ότι, άρα, εμείς δεν ξέρουμε αυτό, απλώς κάνουμε PCR, βλέπουμε αυτό και με βάση αυτό καταλαβαίνουμε τελικά πώς είναι οι επαναλήψεις. Κάτι εδώ πέρα μου λείπει και περιμένω να με ρωτήσετε, ναι, αλλά πώς το καταλαβαίνουμε. Ήρθε και μια ερώτηση που άφησε το πώς το καταλαβαίνουμε, ήθελα να ρωτήσω. Υπάρχουν δηλαδή οι δικοί μάρκες πάνω στο κεφριδέν που λέγουν, για παράδειγμα, αριθμό επαναλήψη. Όχι, δεν υπάρχει κάτι τέτοιο. Κάτι χρειαζόμαστε για να καταλάβουμε. Πώς καταλαβαίνετε ότι αυτό είναι 13 επαναλήψεις, 15, 17, 20. Θα βάλουμε απλώς έναν δίκτυ, μια σκάλα μωριακών βαρών και θα το δούμε αυτό το πράγμα. Πώς θα το καταλάβουμε. Τι χρειαζόμαστε για να πούμε με σιγουριά ότι έχουμε 13 επαναλήψεις, 15, 17 και το καταξής. Ναι. Που είναι αυτό που μας βοηθάει. Είμαι δικός αλληλουχής. Βασικά, έχεις ένα δίκιο. Αλλά εξήγησέ μου να δω να λέμε το ίδιο πράγμα. Ένας τρόπος είναι αυτός. Άμα ξέρουμε πώς είναι αυτό το κομμάτι, τι μέγεθος έχει αυτό το κομμάτι, τι μέγεθος έχει αυτό το κομμάτι, τότε βλέποντας και ποιο είναι το μέγεθος του συνολικού PCR προϊόντος, κάνοντας απροσταφερές, μπορείς να καταλάβεις τελικά πώς είναι η επαναλήψη. Είναι ένας τρόπος σωστός. Ο άλλος τρόπος ποιος είναι. Δηλαδή σωστό είναι αυτό. Είναι να έχεις και κάποιο άτομο το οποίο το έχεις κάνει αλληλουχήσει και ξέρεις ποιο είναι το μέγεθος αυτού του ατόμου και συγκρίνοντας όλα σου αυτά τα άτομα με αυτό το άτομο που ξέρεις ότι έχει 15-20 επαναλήψεις, μετά το βρίσκεις. Και έτσι μπορείς. Είτε με το ένα ή το άλλο τρόπο. Ναι. Έτσι μπορούμε να ξέρουμε πώς τα αλληλεκτροφορίσεις είναι όλα αυτά. Γιατί θα αρχίσεις να βλέπεις, να βάζεις ηλεκτροφορίσεις, να βλέπεις πόσες διαφορετικές ζώνες έχεις και θα το δεις. Για να το δούμε για του λόγου το αληθές, πραγματικό αποτέλεσμα. Τι έχουμε εδώ πέρα. Έχουμε τα αποτελέσματα... Λοιπόν, έχουμε τα αποτελέσματα ηλεκτροφόρησης, όπου έχουμε τρεις τόπους SSR. Ένας τόπος εδώ, δύο τόποι εδώ πέρα, τρεις τόποι εδώ πέρα, σε επικτή πολύ ακριλαμίδης. Σε κάθε στήλη έχουμε τα αποτελέσματα από PCR σε ένα άτομο για τρεις διαφορετικούς τόπους, όπου προφανώς οι τρεις διαφορετικοί τόποι έχουν διαφορετικό μέγεθος. Ποιος είναι ο πιο μικρός? Ο κάτω. Ποιος είναι ο πιο μεγάλος? Ο πάνω. Από εδώ πάνω ξεκινάμε και φορτώνουμε. Τρέχει, τρέχει, τρέχει το PCR product. Αυτός ο τόπος στο σύνολο έχει μικρό μέγεθος, τρέχει πιο γρήγορα από όλους. Αυτός ο τόπος έχει ενδιάμεσο μέγεθος και αυτός το μεγαλύτερο μέγεθος. Τώρα τρέχει πιο ψηλά από όλους. Και βλέπετε ότι έχουμε ηλεκτροφορήσει καμιά εκατοσταριά άτομα εδώ πέρα, επί τρεις τόπους έχουμε 300 γενοτύπους αμέσως. Εδώ ας πούμε για παράδειγμα αυτό το άτομο είναι τερόζυγο για αυτό το τόπο. Δύο ζωνούλες. Εδώ είναι το άλλο το άτομο ομόζυγο για ένα άλλο αλληλόμορφο. Δεν μπορούμε να βρουμε πόσο αλληλόμορφο έχουμε. Αρχίζουμε και μετράμε. Έχουμε. Ένα αλληλόμορφο σε αυτή την επιφάνεια. Ένα ακόμα, ένα ακόμα, ένα ακόμα, ένα ακόμα. Ε, τέσσερα αλληλόμορφα. Αυτός είναι ο Λάντερ νομίζω. Άρα έχουμε τέσσερα αλληλόμορφα. Πώς σας φαίνεται εύκολο. Για σκεφτείτε τώρα ότι εδώ πέρα αυτό είναι ηλεκτροφόρηση με ραδιενέργεια. Οπότε δεν μπορούσαμε να βάλουμε πολλά πολλά. Σκεφτείτε ότι κάποια στιγμή έρθαν και τα αυτόματα μηχανήματα, όπου μπορούσαμε να χρησιμοποιήσουμε και χρωστικές, ώστε να έχουμε τόπους του ίδιου μεγέθους, αλλά με διαφορετική χρωστική. Άρα λοιπόν, να μη σε μπερδεύει, να μη θες να δεις μόνο αυτό, αλλά να μπορείς να παίρνεις και διαφορετικά τα ίδια μεγέθη και να τα παίρνεις με διαφορετική χρωστική. Εδώ πέρα θα το δείτε αυτό. Αυτό είναι το αποτέλεσμα. Δείτε εδώ πέρα, όπου έχεις κάνει 16 μικροδροφορικούς τόπους, στους οποίους τους έχεις επισημάνει με 4 διαφορετικές χρωστικές. Δηλαδή, η ομάδα 1 που είναι 4 τόποι του ίδιου μεγέθους, τους έχεις σημάνει με 4 διαφορετικές χρωστικές. Ομάδα 2, ίδιο μέγεθος, 4 διαφορετικές χρωστικές. Άρα λοιπόν, τα ηλεκτροφορείς όλα αυτά τα πράγματα και έχουν μέσα στο ίδιο τζελ, 16 διαφορετικούς τόπους, επί πόσα διαφορετικά άτομα, τρέχα γύρευε. Μπέρδεμα, εύκολο, δύσκολο, ναι, πες. Αυτό είναι, ευθυρίζουν τις ουσίες είναι αυτές. Όταν λέω χρωστικές, ενώ ευθυρίζουν τις ουσίες. Όχι, γιατί άμα έχεις την ίδια αυτορίζουσα, τότε όταν αυτά τα ηλεκτροφορήσεις, δεν θα μπορείς να καταλάβεις ποιο αλληλόμεφο αντιστοιχεί σε ποιον διαφορετικό τόπο. Θα αλληλεπικαλύπτουν τα αλληλόμεφο αρφάσεις. Θα λες, τώρα εγώ γενοτυπώ τον τόπο αυτόν, ή τον τόπο αυτόν, ας πούμε. Πες το ξανά. Όχι, γιατί ο φθορισμός δεν πάει ανάλογο με τον αριθμό των επαναλήψεων. Ο φθορισμός πάει, είναι ο ίδιος, ανεξάρτητα από τον αριθμό των επαναλήψεων. Δες λίγο εδώ πέρα, σε αυτό. Α, δες εδώ πέρα, ας πούμε. Δεν έχει σημασία, έχουμε τρεις διαφορετικούς τόπους και αυτό είναι. Άμα είχαμε και έναν τέταρτο τόπο, που δεν έχουμε βάλει διαφορετικές χρωστικές, ο οποίος είχε το ίδιο μέγεθος με αυτόν, θα έπαιφτε πάλι τα μεγέθια αυτά, τα PCR product εδώ πάνω. Άρα λοιπόν, πώς θα ξέρεις ποιο είναι ο ομοφαντιστικής επίπεδος από τους δύο τους τόπους. Για να κάνεις κάτι τέτοιο, χρειάζεται διαφορετικές φορείες στους χρωστικές. Καμιά ερώτηση? Λοιπόν, αύριο, 9 και 4.