| Γονιδιώματα προκαρυωτικών οργανισμών, Μεταγονιδιωματικά προγράμματα, Γονιδιώματα ευκαρυτικών οργανισμών, Συνολική Γονιδιωματική Ανάλυση της Βιοποικιλότητας: Συνεχίζουμε σήμερα σχετικά με τα γονιβιώματα. Στο προηγούμενο μάθημα ασχοληθήκαμε αναλυτικά με προκαριωτικά γονιβιώματα, τα οποία τα μελετάμε με μονομένα. Σήμερα ασχολούμαστε και θα ασχολούμαστε και θα ασχολούμαστε και θα ασχολούμαστε και θα ασχολούμαστε και θα ασχολούμαστε και θα ασχολούμαστε και θα ασχολούμαστε και θα ασχολούμαστε και θα ασχολούμαστε και θα ασχολούμαστε Σήμερα ασχολούμαστε και θα ασχοληθούμε με μεταγωνιδιώματα και με εφικαριωτικά γονιδιώματα. Τι είναι η μεταγωνιδιωματική ή αλλιώς το environmental genomics, το eco genomics, το community genomics. Είναι η μελέτη του γενετικού ή του γονιδιωματικού υλικού που θα το κάνεις κατευθείαν σε περιβαλλοντικά δείγματα. Το έχουμε ξαναπεί κι άλλη φορά στις αρχές των μαθημάτων και είναι μια εντελώς διαφορετική προσέγγιση. Γιατί είναι εντελώς διαφορετική προσέγγιση? Γιατί ακριβώς δεν μας ενδιαφέρει να πάμε στοχευμένα σε ένα συγκεκριμένο γονιδίωμα, σε ένα συγκεκριμένο είδος, αλλά πάμε στο σύνολο των γονιδιωμάτων, στο σύνολο των ειδών που υπάρχουν μέσα σε ένα περιβαλλοντικό δείγμα χωρίς εκ των προτέρων να ξέρουμε τι υπάρχει εκεί πέρα. Και αυτό είναι καταπληκτικό. Γιατί είναι καταπληκτικό? Γιατί δεν κάθεσαι να ψάχνεις. Γιατί στις περισσότερες περιπτώσεις δεν ξέρεις τι υπάρχει. Με μεταγωνιδιωματικές προσεγγίσεις, σας συνδέω και με το μάθημα το προηγούμενο, ανακαλύψαμε για παράδειγμα ότι ακόμα και στο έντερό μας, στο σώμα μας επάνω μπορεί να υπάρχουν αρχαία. Που αρχαία νομίζουμε ότι υπάρχουν μόνο σε ακραία περιβάλλοντα. Βέβαια και ο άνθρωπος είναι ακραίο περιβάλλοντα ως όρος, αλλά τέλος πάντων. Και γιατί το κάνουμε αυτό λοιπόν, ακριβώς επειδή δεν είναι δυνατό να ξέρουμε και να μπορέσουμε να καταφέρουμε να καλλιεργούμε μικροοργανισμούς, υπάρχουν, το μεγαλύτερο ποσό των μικροοργανισμών, δεν έχουμε τον τρόπο να το καλλιεργήσουμε μέσα σε ένα εργαστήριο. Άρα λοιπόν εφόσον δεν έχουμε τον τρόπο να το καλλιεργήσουμε, δεν μπορούσαμε στο παρελθόν να μπορέσουμε να έχουμε μεγάλη ποσότητα από DNA από αυτό το νογανισμό για να μπορούμε μετά να δουλέψουμε αυτό το νογανισμό με μονομένα, να δούμε το γωνιδίωμα του και το καθεξής. Άρα λοιπόν αυτό είναι το μεγάλο το πλεονέκτημα των μεταγωνιδηματικών προσεγγίσεων. Και τι περιβάλλοντα μπορεί να θέλουμε να δουλέψουμε, μπορεί να είναι φυσικό περιβάλλον, μπορεί να είναι σε σχέση με κάποιον ξενιστή όπως ας πούμε ο άνθρωπος σε περισσότερες περιπτώσεις και θα δούμε ότι βεβαίως αυτό το κομμάτι της πίτας όλο και μεγαλώνει χάρη στο microbe on project και επίσης εδώ πέρα μπορεί να είναι περιβάλλοντα, τα οποία προκύπτουν μέσα από τη βιομηχανία και τι παράδειγμα μπορούμε να δώσουμε σε αυτό. Μπορούμε να θέλουμε να δουλέψουμε με βιομηχανική λάσπη. Τι είναι αυτό το οποίο παράγεται ως αποτέλεσμα διαφόρων βιομηχανικών διαργασιών, πώς μπορούμε να δούμε εκεί πέρα τι συμβαίνει, πώς μπορούμε να το επεξεργαστούμε, πώς μπορούμε να το βιαποκοδομίσουμε, άρα λοιπόν μπορούμε να πάρουμε πληροφορίες σε τέτοιες περιπτώσεις. Από τις πρώτες δουλειές οι οποίες γίνανε, περίπου πολύ γρήγορα με το που ήρθε και το πρώτο ανθρώπινο γονιδί μου αρχίσαν να κάνουν κάποιες πρώτες-πρώτες προσεγγίσεις, έτσι λοιπόν κάποιοι ερευνητές το 2002 πήραν θαλασσινό νερό όλο και όλο, στη κοιτονιά τους ας πούμε, και βάζοντας 200 λίτρα θαλασσινού νερού μπορείς να αποδείξουν ότι υπάρχουν 5.000 διαφορετικοί. Πώς την κάνουν αυτή τη δουλειά, τι χρειάζεται να κάνεις, για να σκεφτείτε το εσείς τι χρειάζεται να κάνεις για να κάνεις με τέτοια δουλειά για να συλλέξεις το DNA σου σε τέτοιες περιπτώσεις. Είναι κάτι δύσκολο, είναι κάτι εύκολο, κάτι απλό είναι, τι θέλει να κάνουμε με τέτοια περίπτωση. Πώς θα το πάρουμε το DNA, τι θα χρειάζεται να κάνουμε, πήραμε 200 λίτρα θαλασσινού νερού και αρχίσαμε να ψάχνουμε ιούς εκεί πέρα ξεχωριστά, τι έγινε δηλαδή, απλό είναι. Τι χρειάζεται να κάνουμε, πώς θα την κάνεις από μόνης, από μόνης θα κάνεις, αλλά τι χρειάζεται, ναι Κατερίνα. Αφιδάτωση, αφιδάτωση δεν είναι σωστή λέξη, αλλιώς θα το έλεγα εγώ. Αφιδάτωση από νερό, όχι, ούτε αφιδάτωση θα πάρεις το νερό, κάπως αλλιώς μια απλή λέξη θέλω. Ναι, Μιχάλης, Χρύστη, Μιχάλης, ναι. Όχι, άλλο, Λαδίμηρος είσαι εσύ, ναι. Καλλιέργεια δεν μπορούμε να κάνουμε, απλό είναι. Ναι, Αγγέλα, Ατζάντζε, Ελισάβη. Δεν σε ακούω. Θεοκέντριση δεν θα πέσουν ή, κάτι πιο απλό θέλω από θεοκέντριση. Ναι, φιλτράρισμα. Παίρνεις το νερό, το περνάς από φίλτρα, αλλά με πάρα πολύ μικρούς πόρους, ή ανάλογα, θα το δούμε σε λίγο, πώς ακριβώς το κάνουμε αυτό εδώ πέρα, ή με διαφορετικούς πόρους και με βάζεις αυτούς τους πόρους, παίρνεις διαφορετικούς οργανισμούς και έτσι μπορείς να πάρεις πληροφορίες. Το 2004, και θα δούμε λίγο ακριβώς τι έγινε με αυτό, αναλύθηκε και δείγμα από τη θάλασσα των σαργασών και βρήκαμε 2000 διαφορετικά είδη και 148 νέα βακτήρια. Όλα αυτά, και εδώ θέλω λίγο να καταλήξουμε, να ξεκινήσουμε καταλήγοντας, πες ό,τι όπως θέλετε, βασίζοντας σε τι, πώς τα καταφέραμε να έχουμε αποτελέσματα στις μεταγωνιδηματικές προσεγγίσεις. Τι χρειάζεται, λέει, εδώ πέρα οι νέες τεχνολογίες σύγκρουση και ανάλυση δεδομέων επιτρέπουν ακόμα πιο εντυπωσιακές ανακαλύψεις. Και από κάτω τι λέει τρεις φορές. Βιοπληροφορική, βιοπληροφορική και ραφέλη θα μπορούσε να το πει αυτό το πράγμα. Βιοπληροφορική, βιοπληροφορική, βιοπληροφορική. Ποιο είναι το μυστικό στο να μπορέσουν να δουλέψουν όλες αυτές οι προσεγγίσεις. Σκεφτείτε ότι έχουμε 2000 διαφορετικά είδη. 2000 διαφορετικά είδη τι σημαίνει. Ότι παίρνεις ένα δείγμα μέσα από το οποίο το φιλτράρεις με κάποιο τρόπο απομονώνεις DNA εκεί μέσα έχεις DNA από βακτήρια τα οποία είναι σε κατοντάδες χιλιάδες αντίγραφα το κάθε κύτταρο. Έχεις και 2000 διαφορετικά βακτήρια από αυτά και όλα αυτά τι τα έχεις. Όλα μαζί ένα DNA. Είναι σαν να έχεις αυτό που λέμε 2000 διαφορετικά πάζλ. Αυτά τα 2000 διαφορετικά πάζλ πολλές φορές τα έχεις και σε χιλιάδες αντίγραφα το καθένα από αυτά. Όλα αυτά τα κομματάκια από αυτό το πάζλ γιατί μιλάμε πάντα ότι κόβεις το DNA σε μικρά κομματάκια τα αναμυγνείς και εσύ πρέπει να τα ξανασυναρμολογήσεις. Πώς θα το καταφέρεις αυτό το πράγμα αν δεν είσαι καλή βιοπληροφορική. Και άμα δεν έχεις και καλά μηχανήματα πρέπει να σου παράγουν πάρα πολλά δεδομένα. Το καταλαβαίνετε. Έχεις τα μηχανήματα τα οποία θα σου παράγουν γρήγορα δεδομένα και φθινά και ταυτόχρονα έχεις τη βιοπληροφορική που θα σου συναρμολογήσει τα κομματάκια. Και δεν είναι πάντα εύκολο να γίνει αυτό. Ναι μεν όταν έχουμε ένα βακτυριακό γωνιδίωμα σκεφτείτε ότι εκεί πέρα δεν έχεις επαναλαμβανόμενο DNA άρα λοιπόν μπορείς να το συναρμολογήσεις χωρίς πολλά πολλά προβλήματα. Αλλά όταν έχεις δύο χιλιάδες διαφορετικά είδη τα οποία κάποια βακτύρια μην ξεχνάτε ότι είναι και στενά συγγενικά μεταξύ τους. Πώς θα τα συναρμολογήσεις εκεί πέρα, πώς θα ξέρεις ότι αυτό το κομματάκι του γωνιδιώματος αντιστοιχεί στο ένα το είδος και αντιστοιχεί στο άλλο το είδος. Το ξέρεις δεν το ξέρεις. Τι πιστεύετε. Δεν το ξέρεις. Είναι εύκολο να το βρεις. Όχι πάντα. Παίρνουμε πάντα καλά αποτελέσματα. Όχι. Μην περιμένετε ποτέ στη γωνιδιωματική. Αυτό θέλω να μπει καλά στο μυαλό σας. Ότι αυτό που παίρνετε μετά το αποτέλεσμα ενός NGS διαβάσματος μιας NGS αλληλούχησης, next generation sequencing αλληλούχησης, είναι κάτι τέλειο. Το τέλειο να το βγάλετε από το μυαλό σας. Δεν υπάρχει περίπτωση να πάρετε κάτι το οποίο θα είναι απόλυτα άψιγο χωρίς λάθη. Θα το δούμε και στον ανθρώπινο γωνιδίό μου που το έχουμε ξαναπεί. Απλώς, ό,τι έχουμε καταφέρει και αυτά που έστω που καταφέρουμε αυτή τη στιγμή βασίζεται στις βιοπληροφορικές ανακαλύψεις. Βασίζεται στο γεγονός ότι κάποιοι κάνουν καλά scripts για να μπορέσεις να συνομολογήσετε δεδομένως. Εντάξει. Καταλάβατε. Θα το ξαναπω και άλλες φορές. Λοιπόν, ο αγαπημένος μας Μέντερ λοιπόν κατάλαβε ότι εδώ υπάρχει πολύ πληροφορία και τι έκανε λοιπόν. Πήγε και δημοσίευσε και μια εργασία στο Science βεβαίως που θα πάω σε μια περιοχή η οποία είναι ενδιαφέρουσα. Έχει πολύ μυστήριο η θάλασσα τους εργασών. Άρα λοιπόν παρήγαγε πάνω από ένα δισεκατομμύριο βάση δεδομένα και μπόρεσε να βρει ποικιλότητα και αυθονία οργανισμών. Μπόρεσε να ταυτοποιήσει ήδη τι έκανε εδώ πέρα. Βλέπετε ότι υπάρχουν οι διάφορες τάξεις οικογένειας από διάφορα βακτήρια και τι έχει κάνει. Με βάση τη γονιδιωματική προσέγγιση που έκανε μπόρεσε και συναμολόγησε γονιδιώματα και τι βρήκε, βρήκε και αυθονία γονιδιωμάτων. Μπόρεσε να ταυτοποιήσει το κάθε γονιδίωμα σε ποια οικογένεια τάξη μπορούσε να ανήκει. Βλέπετε εδώ πέρα διάφορες και σχετική αυθονία μπορέσε να βάλει. Άρα λοιπόν ταυτοποίησε τα διαφορετικά είδη. Πώς θα ταυτοποίησε τα διαφορετικά είδη. Δεν έκανε πάντα ολόκληρη αλληλούχηση αλλά βασίστηκε ίσως και σε κάποιες περιπτώσεις σε κάποιες συγκεκριμένα γονίδια στο οποίο έχει κάποιες πληροφορίες ώστε να μπορέσει να βρει τελικά ποια είδη είναι. Τι χρειάζεται μια τέτοια προσέγγιση. Σκεφτείτε γενετική ταυτοποίηση γιατί και αυτό γενετική ταυτοποίηση αυτό που λέγαμε και στα εργαστήρια χρειάζεται κάποιο γονίδιο δίκτη που να υπάρχει βάση δεδομένων γιατί αυτό χρειαζόμαστε να μπορούμε να πούμε αυτό το γονίδιο έχει αυτή την αλληλουχία αυτή η αλληλουχία με βάση την βάση δεδομένων μ' αντιστοιχεί στα κενομπακτήρια άρα είναι κενομπακτήριο το συγκεκριμένο και σκεφτείτε ότι αυτό πρέπει να το κάνει σε εντάξει και ταυτόχρονα μπόρεσε όχι μόνο τα γονίδια τα γονιδιώματα να αλληλουχήσει αλλά τα αυτοποίησε και εκατομμύρια νέα γονίδια αλληλουχίες οι οποίες μέχρι τώρα δεν τις είχε βρει ποτέ κανείς και μπόρεσε να τις διαβάσει και να βρει ότι είναι γονίδια βρήκε ότι είναι γονίδια διοπληροφορικά το προσέγγισε και είπε ότι είναι γονίδια δεν σημαίνει ότι ξέρει και τι κάνουν όλα αυτά τα 1,2 εκατομμύρια γονίδια τώρα βρισκόμαστε εδώ στο 2004 10 χρόνια πέρασταν από τότε τι μπορέσε να κάνει για παράδειγμα εδώ πέρα πήρα ας πούμε αλληλουχίες που μοιάζανε με ροδοψίνες που είναι πολύ σημαντικές για πάρα πολλά βακτήρια βλέπετε εδώ πέρα ότι έκανε ένα φιλογενετικό δέντρο πόσο θα έχει καμιά χίλια διαφορετικά αλληλουχίες αυτό το δέντρο βλέπετε ότι χρησιμοποίησε βάση δεδομένων από διάφορα καλλιεργούμενα σπίσεις είδη που είχε και επίσης από άλλα περιβαλλοντικά ανδείγματα στο οποία υπήρχανε δεδομένα από αλληλουχίες από ροδοψίνες και όλα αυτά τα κοκκινάκια είναι αλληλουχίες που ανακάλυψε αυτός μόνο και με το μάτι βλέπετε πόσες διαφορετικές ροδοψίνες μπόρεσαν να ανακαλύψει στη θάλασσα τους εργασών και τι μας ενδιαφέρει εμάς αυτό το πράγμα τι μας ενδιαφέρει να βρούμε γονίδια Αυτό είναι ωραία βιολογική έρευνα μας αρέσει εμάς να είμαστε ερευνητές δεν θα σου φέρει χρήματα αυτό το πράγμα όμως σκεφτείτε και λίγο με εφαρμογή τι με ενδιαφέρει εμένα γιατί θέλω να το κάνω αυτό το πράγμα κάποιοι από εμάς θα είμαστε ερευνητές και θα ανακαλύπτουμε νέα πράγματα οι περισσότεροι από εσάς όμως πρέπει να αποδείξετε ότι αυτό που κάνετε έχει σημασία για την κοινωνία όχι μόνο για τον εαυτό σας εμείς οι ερευνητές εμείς το πανεπιστήμιο πολλές φορές λίγο να μην τη χρησιμοποιήσω τη λέξη είναι κακιά λέξη μπορεί να χανόμαστε λίγο στην χαρά της ανακάλυψης πολύ ικανοποιητικό αλλά και πάρα πολύ εγωιστικό ορες ώρες γιατί εγώ ικανοποιούμαι το γεγονός ότι ανακάλυψε αυτό το γονιδιάκι και βρήκα αυτή την εξέλιξη αυτού του γονιδίου για τη μάνα σας, τη γιαγιά σας, τον γείτονα και τα λοιπά δεν σημαίνει τίποτα αυτό το πράγμα και αυτό βεβαίως δεν θα σας κάνει και εσάς να βγάλετε και χρήματα από αυτό τι σας ενδιαφέρει λοιπόν Ναι, ποιος, πες Ραφαήλ, δεν δε με ενδιαφέρουν οροδοψήνες αυτές καθαυτές, γενικά σκέφτεσαι του περιβάλλον, πες το λίγο καλύτερα Ναι, εμείς τώρα ψάχνουμε το γονίδιο, όμως δεν ψάχνουμε τα ενδιετήματα, άρα τι θέλουμε, συνδύασε λίγο το γονίδιο με το περιβάλλον Θα ρωτήσουμε κάποιον άλλο Πες Ιρακλή Και το πείτε τι θα το κάνουμε, θέλω να το πουλήσεις αυτό το πράγμα Τι θα πουλήσεις από το φρενότυπο, πως θα πας σε κάποιον και θα πεις ότι ορίστε σου ανακάλυψα κάτι που έχει σημασία Τι ιδιότητες θα έχουν σημασία, τι θα πρέπει να κάνεις δηλαδή Μπορεί να το σκέφτεστε, πείτε το, δεν είναι κάτι, θέλετε γονίδια, τι Αν τα συγκεκριμένα γονίδια υπάρχουν και στον άνθρωπο, μπορεί να συμμετοχηθούμε και να δούμε έναν χαρακτηριστικό του, έναν χαρακτηριστικό του ποιος είναι και να το χρησιμοποιήσουμε επί εαυτού ή κατά τον Ωραία μπορούμε να βρούμε γονίδια που υπάρχουν και στον άνθρωπο και να δούμε την λειτουργία αυτών των γονιδίων σε πιο απλούς οργανισμούς για να μπορέσουμε να καταλάβουμε γενικά τι γίνεται Τι άλλο όμως Κάποιες από αυτά τα γονίδια μπορεί σε αυτούς τους τελευταίους μικροοργανισμούς να τα καθιστούν ανθεκτικά, επομένως αν κάποιος από αυτούς τους οργανισμούς δίνει βλαβερό για τον άνθρωπο σε οποιοδήποτε οργανισμό, με το να ξέρω εγώ αυτό το γονιδίωμα μπορώ να το χρησιμοποιήσω εναντίον του ή του ρετμίου Να βρω γονίδια τα οποία είναι βλαβερά, ανθεκτικά οτιδήποτε στον άνθρωπο και κάτι πιο τρανταχτό ίσως, ναι Να βρούμε γονίδια που παράγουν ουσίες μπορεί να κάνουν πράγματα και θάματα Γονίδια τα οποία να παράγουν φως Γονίδια τα οποία να είναι ανθεκτικά τα συγκεκριμένα βακτήρια σε πολύ χαμηλή θερμοκρασία, σε πάρα πολύ υψηλή πίεση Να γίνουμε ικανοί εμείς ή δεν ξέρω κάποια άλλα οργανισμοί να ζήσουμε σε περιβάλλοντα που μέχρι τώρα δεν έχουμε καταφέρει να το κάνουμε Είτε εμείς είτε το γατάκι ας πούμε, το σκυλάκι που θέλουν, να πετάει το σκυλάκι, δεν ξέρω τι άλλο να σας πω δηλαδή Αλλά μόνο άμα βρεις τι υπάρχει, υπάρχουνε πάρα πολλές περιπτώσεις γονιδίων τα οποία ανακαλύψαμε και μετά πήγανε σε βιομηχανική εφαρμογή Τώρα, να δούμε τι άλλο έχει κάνει ο Venter από τότε Α, παρένθεση, χθες είδα αυτό στην καθημερινή, Google Genomics με 25$ το χρόνο μπορείτε να έχετε το γονιδείο μας στο διαδίκτυο Και να μπορείτε εκεί πέρα να ψάχνετε ό,τι θέλετε, εσείς ή ο γιατρός σας ή εσείς ως γενετική συμβουλευτική επιρρεσία στο μέλλον Και να λέτε στον οποιοδήποτε ότι αυτό είναι καλό, αυτό δεν είναι καλό και το καταξής Τη βοηθητική προσέγγιση του πράγματος ας μην την πιάσουμε Το άμα θέλουμε να το ξέρουμε ή όχι το τι έχει το DNA μας, εμείς και τα παιδιά μας και τα λοιπά, ας μην το πιάσουμε Αλλά να και η Google ας πούμε, που υπήρχε εδώ και καιρό και βλέπετε ας πούμε pricing Σου λέει ότι με ένα δολάριο θα μπορείς να κάνεις την Genomics Quarry όλο και όλο Εντάξει, δηλαδή να και ακόμα, επειδή μιλούσαμε για Cloud Facilities στο προηγούμενο μάθημα, ή στο πρώτο, πριν από την προηγούμενη εβδομάδα Χθες στην καθημερινή το έλεγε αυτό το πράγμα, έτσι για να τα βλέπουμε και αυτά Τώρα, κι άλλο μας έχει κάνει ο καλός μας ο Vendor Ο Vendor λοιπόν έχει τον Sorcerer 2, ο οποίος έχει κάνει ταξίδι σε όλο τον κόσμο Υπήρχε και ο Sorcerer 1 που έκανε νωρίτερα ταξίδι σε όλο τον κόσμο Για να δούμε πού πήγε ο Sorcerer 2 Το 1 πήγε σε όλη αυτή την περιοχή με το μπλε Και ο Sorcerer 2 πήγε και στην Ελλάδα Το 2010 πριν από 4 χρόνια αυτή την εποχή, Οκτώβριο-Νοένδριο, κυκλοφορούσε στα ελληνικά τα νησιά Και όχι μόνο, πού μπόρεσε και πήρε δείγματα σε συνεργασία ευτυχώς με το Ελκεθέ με τον Ελληνικό Κέντρο Θαλάσσινων Ερευνών Βλέπετε ότι και στη Θεσσαλονίκη στο θρημαϊκό κόλπο πήρε του κόσμου τα δείγματα Και ας πούμε στη Σαντορίνη πήγε και βεβαίως λέει από κάτω πόσο ωραία είναι στην Σαντορίνη Και σε περιοχές όπως κοντά στη Μαύρα πρέπει να είναι στην Κόκκινη Παραλία στη Σαντορίνη που έχει πάρα πολύ σίδηρο εκεί πέρα Και βλέπετε λοιπόν το Hellenic Center for Marine Research Και εδώ πέρα βεβαίως σε πολλές περιπτώσεις συνεργάστηκαν και Έλληνες ερευνητές ή Ελληνικά fans υπήρχαν σε κάθε περίπτωση για να φανείται ότι αυτή η δουλειά υποστηρίζεται από Έλληνες κρίσους οι οποίοι θέλουν να υποστηρίξουν την έρευνα Τι σημαίνει αυτό βασικά για σας? Εγώ δεν το ψέξα παραπάνω, αλλά το θέμα είναι ότι σίγουρα υπάρχουν του κόσμου τα δεδομένα Δεν έχουνε βγει ακόμα εργασίας από όλη αυτή τη δουλειά που έχουνε κάνει Έχουνε πάει σε όλο τον κόσμο, Ατλαντικό, Ελληνικό, Ανταρκτική, Μεσόγειο, Θερμαϊκό κόλπο και έχουνε πάρει δείγματα Κάποια, εδώ πέρα το λέει, κάθε πότε παίρνουνε δείγματα Take 200 to 4 litres water samples approximately every 200 miles λέει Βεβαίως αυτό είναι κυρίως όταν πηγαίνουμε έτσι, όταν πας σε συγκεκριμένα περιβάλλοντα Ακόμα και στη Μαύρη θάλασσα ή μέσα εδώ πέρα στη Βόρεια θάλασσα, τότε παίρνουν περισσότερα δείγματα Filter it, filtro, φιλτράρισμα, through progressively smaller filters To capture the various sized organisms and then freeze the filters for shipment back to the lab of Venter, εντάξει, στο San Diego Where the sequencing and analysis is done Άρα αυτό δεν είναι δύσκολο, αυτό είναι αυτό που έκανε ο Venter, θα δούμε τώρα τι κάνει και κάποιοι άλλοι Το θέμα είναι ότι βλέπετε ότι και στο blog που έχουνε για όλα αυτά δεν έχουνε βγάλει κάτι Δηλαδή η τελευταία φορά ήταν το 2010 που τελειώνανε το ταξίδι τους και από εκεί και πέρα δεν έχει Πήγαινε και στον Αμαζόνιο προφανώς, ok Άρα λοιπόν ξεκινήσανε κάτι άλλο και πάλι δεν λένε πολλά πράγματα Αλλά αποτελέζοντα ερευνητικά δεν υπάρχουνε Μπορείτε όμως εσείς να πείτε ότι θέλετε να κάνετε πρακτική στην Αμερική Δεν ξέρω ακόμα μπορείτε να κάνετε πρακτική στην Αμερική, αλλά μπορείτε να κάνετε καπολλού πρακτική Να δούμε λοιπόν τι άλλο μπορείτε να κάνετε Το θέμα είναι ότι υπάρχουνε δυνατότητες για εσάς αυτή τη στιγμή, αν το ψάξετε Να κάνετε αναλύση δεδομένων σε μεταπτυχιακό, διδακτορικό, δεν ξέρω τι Σε δεδομένα που υπάρχουνε Σκεφτείτε ότι αυτοί έχουν πάρει αυτή τη στιγμή πόσα εκατοντάδες χιλιάδες δείγματα έχουν πάρει Πόση ποσότητα πληροφορίας θα παράγουν όλοι αυτοί Ποιος θα αναλύσει αυτή την πληροφορία Δηλαδή να φάνε και κότους από πληροφορία έχετε άμα θέλετε Αυτό που λέω διδακτορικά στο μέλλον δεν θα γίνονται Αυτό που λέγαμε βάσει μόνο το να καθείς στο μπάγκο να κάνω το PCR μου και wow είμαι καταπληκτικός ερευνητής Τα διδακτορικά θα γίνονται κάτω μπροστά στον υπολογιστή και αναλύω δεδομένα Δυο πληροφορικοί, δυο πληροφορικοί, δυο πληροφορικοί Λοιπόν είπαμε λοιπόν για τον Venter και τι κάνει Και εδώ έχουμε και κάτι άλλο και θα δούμε ακριβώς εδώ είναι πιο ενδιαφέρον Βλέπετε ότι και κάποιοι άλλοι κάνανε κάτι αντίστοιχο το 2009 μέχρι το 2012 Εκεί πήρανε 27-30.000 δείγματα ας πούμε από 154 τοποθεσίες και μέσα στη Μεσόγειο Αλλά αυτοί κάνανε και κάτι παραπάνω, να δούμε τι κάτι παραπάνω κάνανε Τι βρίσκεται, τι ζωή βρίσκεται κάτω από την επιφάνεια Δεν έχει μόνο γενετιστές όμως, έχει μικροβιολόγους, έχει οικενογράφους, έχει πάρα πολύ κόσμο Έχει άτομα που κάνουν μικροσκοπία Η μεγάλη διαφορά αυτού του προγράμματος σε σχέση με το πρόγραμμα του Venter είναι ότι δεν έπαιρνε μόνο δείγματα φιλτραρισμένα Αλλά έπαιρνε και δείγματα ζωντανά, τα οποία πρέπει να τα πάρεις να τα δεις στο μικροσκόπιο και επίσης να τα βγάλεις και του κόσμου τις φωτογραφίες Το πρόβλημα της μεταγωνιδηματικής προσέγγισης ποιο είναι Ότι ταυτοποιείς ήδη, μάλλον ταυτοποιείς γωνιδιώματα, δεν ταυτοποιείς ήδη Γιατί το γωνιδίωμα πρέπει να το σχίξεις σε έναν οργανισμό, όταν το έχεις φιλτράρι δεν ξέρεις εκεί πέρα τι έχεις Απλώς παίρνεις αλληλουχίες DNA και λες οκ βρήκα αυτό και αυτό και αυτό και αυτό που μάλλον είναι διαφορετικοί οργανισμοί Αλλά δεν μπορείς να σχετίσεις το γωνιδίωμα με τον οργανισμό αυτόν καθ' αυτόν Γιατί τον έχεις φιλτράρι, τον έχεις καταστρέψει, έχεις πάρει το DNA του και τέλειωσε. Αυτοί όμως πέρανε και δείγματα και έχουν πάρει και φωτογραφίες τρελές Και μάλιστα αυτό είναι δουλειά της Γαλλίας. Έχεις ξεκινήσει από τη Γαλλία και κάποια στιγμή θα ακούσει ότι ένας από τους βασικούς συντελεστές της όλης διαδικασίας Ήταν ο αδερφός αυτής που έχει τα ρούχα τα Agnes B, κάτι τέτοιο. Άρα λοιπόν έχει χρήματα και πολλά από εκεί πέρα Και το που ήταν τώρα αυτό που ήθελα να σας δείξω που ήταν πάρα πολύ ωραίο Όχι δεν μπορώ να το βρω. Ας πούμε λέει εδώ πέρα ότι άμα θέλετε θελοντικά να βοηθήσετε μπορείτε να μπείτε σε μια διαδικασία Να σας κάνουν κάπως ένα online επεξήγηση και να κάνετε μόνοι σας να σας δώσουν πληροφορίες και φωτογραφίες από ζωοπλακτικούς οργανισμούς Και να προσπαθείτε να ταυτοποιήσετε. Δηλαδή όπως σας λέω είναι τόσα πολλά τα δεδομένα, τόση πολλές φωτογραφίες Που για να μπορέσει ένας άνθρωπος να το κάνει αυτό το πράγμα, όχι. Λέει θέλετε να κάνετε κάτι τέτοιο, θέλετε να μπείτε σε μια διαδικασία να ταυτοποιείτε εσείς μορφολογικά Ώστε μετά να ξέρουν τι μπορεί να υπάρχει στους κόσμους, τις χιλιάδες, εκατοντάδες, εκατομμύρια φωτογραφίες που έχουν Για να μπορέσουμε να συσκετήσουν το γονιδείωμα με τη μορφολογία. Άμα θέλει δηλαδή κάποιος από εσάς να το ψάξει, να δει πως μπορεί να το κάνει Τόσο λέω και στην κυρία Μιχαλούδη που ασχολείται πάρα πολύ με ζωοπλακτών, οπότε σας το λέω σαν ιδέα άμα θέλετε να δουλέψετε Αλλά μπορείτε να επαναλαμβάνω να πάτε να δείτε ποιος δουλεύει από το EMBL και ο οποίος στο EMBL έχει του κόσμου αυτή τη στιγμή τα δεδομένα Και να πείτε ή θέλετε να κάνετε πρακτική στο εξωτερικό ή δουλειά στο εξωτερικό και να δουλέψετε με αυτά τα δεδομένα Άμα σας αρέσει η ταυτοποίηση της βιοπικιλότητας. Πώς όπως σας έχετε το μάθημα της βιοπικιλότητας Άρα λοιπόν να ένας τρόπος να δουλέψετε με αυτά Λοιπόν παρακάτω τώρα πάμε. Τι άλλο μπορούμε να κάνουμε Αυτά βεβαίως όπως είδαμε ήταν περιβαλλοντικά αδείγματα αυτά καθαυτά Από κει και πέρα όμως όπως αρχίσανε να παράγονται δεδομένα με NGS διδικασίας Αρχίζουν και βλέπετε ότι φτάνουμε και σε όλο περισσότερο δεδομένα αυτό που λέμε μια αύξηση των δεδομένων Και τι είναι βεβαίως αυτό που οδηγεί όλη αυτή την αύξηση των δεδομένων ο άνθρωπος Δείτε για παράδειγμα συγγνώμη με διαφορετικά χρωματάκια κόκκινο μαύρο για τα ζώα και πράσινο για το περιβάλλον Αν και δεν φαίνεται πολύ καλά ξεκάθαρα η διαφορά με το πράσινο και το μαύρο Αλλά παρόλα αυτά από κει που ήμασταν σε τάξεις μεγέθους ΜΜΜ Σιγά σιγά από το 2009 πάμε σε τάξεις μεγέθους ΓΜ Και με το Human Macrobium Project που έχουμε Whole Genome Sequencing μιλάμε για τάξεις δεδομένων τεραμπέζης Άρα λοιπόν όλα και περισσότερη πληροφορία παίρνουμε Και τι πληροφορίες μπορούμε να πάρουμε Εργασία που δημοσιεύτηκε το 2014 που τι κάνανε Ξεχνάμε λίγο το απλό αυτό που είχαμε δει στην αρχή των μαθημάτων Ότι ταυτοποιούμε μόνο τα μικρόβελ που υπάρχουν στο ένα έντερο ενός ανθρώπου που το είχαμε πει και το είχαν σχετίσει με διαφορετικές ασθένειες Ας πούμε ότι άλλο είναι η μικροβιακή κοινότητα στο έντερο ενός φυσιολογικού ανθρώπου Άλλος έναν άνθρωπο που έχει Crohn's Disease Άλλος έναν άνθρωπο που έχει Inflammable Bowel Syndrome κάτι τέτοιο Τι ήτανε εδώ πέρα τι κάνανε Πήρανε διαφορετικούς ανθρώπους ή και ίδιους ανθρώπους που τους βάζανε να τρώνε μόνο φυτά ή μόνο κρέας Και τι βρήκανε ότι πάρα πολύ γρήγορα αλλάζει η μικροβιακή σύσταση στο έντερο του ανθρώπου εντελώς ώστε να μπορέσει πολύ γρήγορα να αλλάξει ο τρόπος αποικοδόμησης και αυτών των συντατικών που υπάρχουν μέσα στο έντερο Και άρα λοιπόν αυτό που έχει περισσότερο σημασία βλέπετε Ότι στις περισσότερες περιπτώσεις άλλη γενικά είναι η ομαδοποίηση της μικροβιακής σύστασης όταν τρώμε ζώα και άλλη όταν τρώμε φυτά Και αυτό αλλάζει πάρα πολύ γρήγορα Με τη βοήθεια των μικροβίων που τα βρίσκουμε όλα αυτά τα μικρόβια Ξαφνικά αλλάζει όλα αυτά τα μικρόβια Τι γίνεται εκεί πέρα Ή μπορεί να είναι μικρόβια που είναι σε πάρα πάρα πολύ χαμηλή αυθονία όταν τρώμε φυτά Και ξαφνικά όταν αλλάζει εντολώς η σύσταση μέσα στο έντερο μας παίρνουν τα πάνω τους και αυξάνονται πολύ πιο γρήγορα Αυτό είναι μια εργασία Μια άλλη εργασία τι μας λέει Από πού είσαι από την Αφρική άλλα τα μικρόβια σε σένα Από πού είσαι από Αμερική άλλα τα μικρόβια στο δικό σου το έντερο Τι κάνανε εδώ πέρα Ταυτοποιήσανε τη συσχέτιση της καταγωγής του ανθρώπου σε διάφορους αδείγματα από ανθρώπους Είτε ας πούμε από Ευρώπη είτε από Ασία Αμερική ή Λατινική Αμερική Βλέπετε εδώ πέρα για παράδειγμα Σε δύο διαφορετικές ιστούς Ο ένας ο ιστος ήταν το έντερο και ο άλλος ο ιστος ήταν σε μήτρες Και τι κάνουν Με χρωματάκια το βλέπουμε αυτό το πράγμα Το ότι για παράδειγμα η σύσταση σε άτομα τα οποία είναι Αφροαμερικάνοι γενικά Στη μήτρα γυναικών είναι εντελώς διαφορετική Άσον αφορά τους τύπους βακτηρίων ή οτιδήποτε άλλο Σε σχέση με έναν άνθρωπο ο οποίος είναι Α απλό ομάδα Είναι Λατινό Αμερικάνος Άλλα τα χρωματάκια εδώ πέρα Άλλα τα χρωματάκια εδώ πέρα είναι άλλοι υποτύποι των βακτηρίων με βάση στις οικογένειες το καταλαβαίνετε Και αντίστοιχα το ίδιο μπορούμε να δούμε και στο έντερο Δηλαδή τι σου λέει η απλό ομάδα που σου δείχνει από πού κατάγεσαι Και η ταξινόμηση του μικροβιώματος υπάρχει έχουν μια συγκεκριμένη δομή Τώρα αυτό γίνεται λόγω των βακτηρίων που ζουν εκεί πέρα Σε κάθε περιοχή λόγω του γεγονότου τους Επειδή έχω εγώ αυτό το συγκεκριμένο DNA υπόστρωμα Είναι και πιο εύκολο να ζήσουν και διαφορετικά βακτήρια Προφανώς και τα δύο είναι Εντάξει Και πηγαίνοντας σε αυτή τη διαδικασία σε αυτές τις μελέτες Μπορούμε να δούμε του κόσμου τις άλλες μελέτες Δεν θα μπω τώρα σε περισσότερες λεπτομέρειες Αλλά τέσσερις πρόσφατες εργασίες Λένε ότι συγκρίνανε Ανθρώπους και χιμπατζίδες και μοιάζει γενικά η μικροβιακή κοινότητα Στο έντερό τους Επίσης εδώ ψάχνουμε να βρούμε Την ταυτοποίηση της Πικηλότητας που μπορεί να υπάρχει σε διαφορετικούς ανθρώπους Με βάση το μικροβίωμά τους Πώς αλλάζει το μικροβίωμα στο έντερο Όταν παθαίνουμε κύρωση του ύπατος Και μια εντελώς διαφορετική εργασία Καθίσανε και μελετήσανε βεβαίως και τα μικρόβια Πάνω στο δέρμα μας Και εκεί πέρα βρίσκουν ότι ανάλογα με την περιοχή Είναι εδώ, είναι εδώ, είναι εδώ Είναι διαφορετικά τα μικροοργανισμοί που ζουν εκεί πέρα Και μπορεί να το αυτοποιήσουν Άρα δεν είναι παντού το ίδιο το δέρμα μας Ναι μεν το κύτταρο είναι το ίδιο Αλλά παρόλα αυτά Όλα αυτά τα μικροοργανισμοί που ζουν είναι διαφορετικοί Και γιατί να πάμε να μιλήσουμε μόνο για το τώρα Δεν πάμε και στο παρελθόν Δείτε τι γινότανε στην Αρκτική Όσον αφορά τη βιοπικιλότητα Τα τελευταία 50.000 χρόνια Ταυτοποίηση των φυτών Όχι των μικροβίων Τα οποία υπήρχαν εδώ και 50.000 χρόνια Στην Αρκτική Εκεί υποτίθεται ότι δεν έχουμε χαμηλή ποικιλότητα Γιατί στην Αρκτική δεν μπορούν να ζήσουν πάρα πολλά φυτά Και γενικά και οργανισμοί Αλλά τι βρίσκουνε Τελικά βρήκαν ότι ζούσαν αρκετά φυτά Και μάλιστα τι μπορούν να τα αυτοποιούν Κάνοντας ανάλυση NGS Ότι ναι, LGM σημαίνει Last Glacial Maximum Δηλαδή τελευταία παγετωνική περίοδος Βλέπετε ότι με τις αναλύσεις που κάνουν Είχαμε περισσότερα είδη πριν την τελευταία παγετωνική περίοδο Μετά έχουμε μία πτώση της βιοπικιλότητας Και μετά ξεκινούν και αυξάνονται τα είδη Ο μέσος όρος είναι αυτός, αυτός και αυτός Άρα λοιπόν ξεαρχίζει να παίρνει πάνω της βιοπικιλότητας Μετά την τελευταία παγετωνική περίοδο Βλέπετε εδώ πέρα τι ήδη βρήκανε Υπάρχουνε κάποια κοινά 20, 20, 20 Αντέξανε σε όλη τη διάρκεια αυτών των 50.000 χρόνων Κάποια 60 είδη υπήρχανε πριν την τελευταία παγετωνική περίοδο Και τώρα έχουν εξαφανιστεί Κάποια έχουν εμφανιστεί μετά την παγετωνική περίοδο Και άμα θέλεις επίσης πήρανε και μπορέσαν και βρήκανε Κάποια μεγάλα φυτοφάγα ζώα Μαμούθ, ρινόκυρους, δεν ξέρω τι τέλος πάντων εδώ πέρα Βρήκανε να πάρουνε και δείγμα από αυτά τα μαμούθ Τα κατεψυγμένα από το έντερο Ταυτοποιήσανε τη διετά τους όσον αφορά το τι φυτά υπάρχουνε Και βρήκανε λοιπόν τι τρώγανε όλα αυτά τα ζώα Πριν από 20, 30, 40, 50 χιλιάδες χρόνια Εμένα με εντυπωσιάζει να μπορείς να δεις τι γινότανε πριν από 30, 40 χιλιάδες χρόνια Κι είναι που λέω ότι το DNA λέει πάντα την αλήθεια Μπορώ να σου πω και λίγα ψεματάκια Γιατί μπορείς να ταυτοποιήσεις πάρα πολύ καλά το τι έχεις Αλλά πάνω στα βασικά πράγματα θα σας τα πει Και ζούμε σε αυτή την κατάσταση, σε αυτή την εποχή Που μπορείς να κάνεις θάματα και πράγματα με αυτό Εντάξει Εργασίες μπορείτε να δείτε εδώ πέρα ποια ήταν η συγκεκριμένη εργασία Και εκεί που καταλήγουμε βεβαίως είναι Ότι θέλουμε να πάρουμε και άλλα και άλλα και άλλα δεδομένα Άρα λοιπόν θέλουμε να βρούμε ακόμα περισσότερες πληροφορίες Με τη φιλογενετική ποικιλότητα στα μικρόβαια Γιατί στα μικρόβαια ξέρουμε τα λιγότερα Τα μεγάλα τα είδη τα σπονδυλωτάκια τα λοιπά Πάνω κάτω τα ξέρουμε Τα πουλιά τα ξέρουμε Αυτό που δεν ξέρουμε την τύφλο μας ακόμα είναι στα βακτήρια Άρα λοιπόν υπάρχουν μεγάλα προγράμματα Το GENOMIC ENCYCLOPEDIA OF BACTERIA INDARCHEA Που σκοπός του είναι για παράδειγμα Το Welcome Trust προσπαθεί να ταυτοποιήσει τα γονιδιώματα από 3000 διαφορετικά βακτυριακά είδη Τι είδη μπορεί να είναι αυτά και όχι μόνο είδη και στελέχη Γιατί υπάρχουν του κόσμου τα βακτήρια Πέρα από τα βασικά που τα έχουμε τελειώσει Τα οποία υπάρχουν σαν type strains Σαν τυπικά στελέχη Στου κόσμου τα εργαστήρια όλο τον κόσμο Με τα οποία δουλεύουν οι ερευνητές Θέλουμε να ξέρουμε τα γονιδιώματα τους Θέλουμε να μπορέσουμε να συσχετίσουμε το γενότυπο με το φαινότυπο Ποιο είναι το άλλο το μεγάλο το πρόβλημα που υπάρχουν στα βακτύρια Όταν λέμε ότι έχουμε ένα βακτυριακό είδος Δεν είναι τόσο ξεκάθαρο εκεί πέρα το τι βιοπικιλότητα υπάρχει μέσα στο είδος Υπάρχουν πάρα πολλά βακτυριακά είδη Τα οποία έχουν διαφορετικά στελέχη Θα το δείτε και στον έρθει αυτή η ώρα Που μπορεί να υπάρχουν και διαφορές μεταξύ στελεχών του ίδιου είδους μέχρι και κατά 15-20% Όσον αφορά τη βιοπικιλότητα, τη γενετική απόκληση των στελεχών του υποτιθέμενου ίδιου είδους 20% διαφοροποίησης σε πίπεδο DNA είναι περισσότεροι από ότι έχει ο άνθρωπος το ποντίκι Αλλά παρόλα αυτά, τα συγκεκριμένα τα βακτύρια ποιο δεν ξέρουμε μέχρι τώρα Τα βλέπαμε ίδια μορφολογικά, τα θεωρούσαμε ότι είναι το ίδιο είδος Αλλά αυτά ήταν διαφορετικά στελέχη Ναι, αλλά είναι, δεν είναι, μήπως πρέπει να τα πούμε διαφορετικά, μήπως δεν πρέπει να τα λέμε το ίδιο είδος Αλλά πρέπει να τα δούμε κάπως διαφορετικά, πώς θα το δούμε αυτό το πράγμα Κάνοντας τα αυτοποίηση των γονιδιωμάτων Και μετά αυτό που είπαμε, θα βρούμε και του κόσμου τις αλληλουχίες Και οι αλληλουχίες σε αυτά τα γονίδια μπορούν να έχουν βιομηχανικό ενδιαφέρον Τελειώσαμε με τα μικρόβια Μια τελευταία γεννήκευση, ας πούμε, έτσι για να τα συμπληρώσουμε για να θυμόμαστε πέντε πράγματα Είναι ότι γενικά στα μικρόβια έχουμε λίγες περιοχές οι οποίες είναι μικροδικοποιούσες Σε πάρα πολλές περιπτώσεις έχουμε μοναδικά γονίδια και εκείνοι που μας ενδιαφέρουν να δούμε τι κάνουν αυτά τα γονίδια Σε ακόμα περισσότερες περιπτώσεις δεν ξέρουμε την δίφλα μας σχετικά με αυτά τα γονίδια Μπορεί να είναι λίγα, αλλά τα λειτουργία ταυτοποιημένη δεν έχουμε Αυτό που επίσης θα το δείτε και εσείς όταν κάνετε εργασίες Πολύ συχνά βλέπουμε ότι τα γονίδια δεν κληρονομούνται μόνο κατά κόρυφα Και οριζόντια, με διάφορους τρόπους, διάφορα μικρόβια έχουν πάρει γονίδια από άλλα μικρόβια Και τα έχουν χρησιμοποιήσει Αυτό που είπαμε μόλις τώρα ότι μπορεί να φτάσουμε ως και 22% διαφορές μέσα στο υποτιθέμενο ίδιο είδος Και αυτό είναι προς διερεύνηση, κατά πόσο τελικά μπορούμε να τα λέμε ότι είναι το ίδιο είδος όλα αυτά Ότι τα οργανώνονται τα γονίδια σε οπερόνια, σας υπενθύμιζω ότι μικροβιολογία Λέει στο τέλος ότι πάνω κάτω στα μικρόβια υπάρχει μια αντιστοιχία ένα γονίδιο να χίλιας βάσεις Αυτό είναι μια απλή γενική ευσύωση, όσον αφορά τα μικροβιακά γονιδιώματα Που βεβαίως εδώ είμαστε για να βρίσκουμε εξαιρέσεις σε αυτούς τους κανόνες Προχωράμε λοιπόν Ας δούμε λίγο σε συγκεντρωτικά αυτό που λέγαμε και στην αρχή των μαθημάτων Ποια είναι η αντιστοιχία όσον αφορά το μέγεθος του γονιδιώματος και τον αριθμό των γονιδίων των πρωτεϊνικών Κατά πόσο το μέγεθος μετράει λοιπόν Άρα λοιπόν βλέπουμε ότι στους ιούς και στους προκαριώτες υπάρχει μια γραμμική σχέση Καθώς αυξάνεται το γονιδίωμα αυξάνεται και ο αριθμός των γονιδίων Αλλά μετά στους ευκαιριώτες τσούκου Μπορεί να μην πάμε σε εντελώς πολύ μεγάλα γονιδιώματα Αλλά παρόλα αυτά αρχίζουμε και φτάνουμε σε ένα πλατό όσον αφορά τα πρωτεϊνικά γονίδια τα οποία μπορεί να υπάρχουν Συνεχίζουμε το μάθημα και ξεκινάμε με τα ευκαιριωτικά γονιδιώματα Βλέπουμε εδώ πέρα τη λίστα αυτή όπως ακριβώς για τα προκαριωτικά γονιδιώματα Αυτό σας ενδιαφέρει γιατί για να κάνετε και εσείς την εργασία σας κάπως έτσι θα ξεκινήσετε Άρα λοιπόν τώρα όμως θα πάμε να δούμε τα ευκαιριωτικά γονιδιώματα Αυτό θέλαμε λοιπόν ας φορτώσει Να δούμε τι γίνεται στα ευκαιριωτικά γονιδιώματα Βεβαίως που περιμένουμε δεν είναι πολύ λιγότερα Τι μπορούμε να δούμε εδώ πέρα Ενώ ας πούμε στους προκαριώτες υπάρχουν 29.000 Που έχουν αυξηθεί σε σχέση με πριν από δύο εβδομάδες που το κοιτούσαμε Ευκαιριώτες λέει 1741 γονιδιώματα που υπάρχουν Και τώρα άμα θελήσουμε να δούμε τι γίνεται όσον αφορά Ποια είναι πραγματικά ολοκληρωμένα γονιδιώματα Ξεπατήσουμε αυτά που είναι μόνο κόντιξ Ξεπατήσουμε αυτό που είναι το σκάφολ, που είναι η ενώτερη ερεχημένη δομή των κόντιξ Όταν τα πολλά κόντιξ τα βάζεις τα ενώνεις κάνεις σκάφολ Όταν τα σκάφολ τα ενώσεις θα φτάσεις σε επίπεδο χρωμοσώματος Να δούμε λοιπόν πόσα υπάρχουν γονιδιώματα που υπάρχουν χρωμοσώματα σε επίπεδο χρωμοσωμάτων 229, να δούμε πόσα υπάρχουν complete εντελώς 20 Κοιτάξτε λίγο τι γίνεται Δεν θα βρετε ανθρώπινο γονιδίωμα εδώ πέρα Είναι 20 γονιδιώματα, αλλά το ανθρώπινο γονιδίωμα δεν είναι εντελώς complete σύμφωνα με αυτή την κατηγοριοποίηση Γιατί υπάρχουν ακόμα μικρά κενά, θα το δούμε όταν έρθει η ώρα του Και θα δείτε ότι εντελώς complete που λέμε όλα είναι σχεδόν από κατώτερο τους οργανισμούς Μύκηται εσύ πρώτηστα με εξαίρεση αυτά τα δύο τα φυτά Και επίσης αυτό που θα δείτε είναι ότι και το μέγεθος όλων αυτών των γονιδιωμάτων είναι σχετικά μικρό Δεν είναι κανένα, είναι σε εκατομμύρια βάσεις, 30 εκατομμύρια βάσεις, δεν είναι δηλαδή και μεγάλα Ούτε κάνει ένα χρωμόσμο που λέει ο λόγος ενός του ανθρώπου Προφανώς αυτά είναι complete γιατί είναι πολύ πιο μικρά, άρα μπορείς να τις ανομολογήσουν και καλά Να δούμε λίγο επίσης τι πληροφορίες μπορείτε να πάρτε Μέγεθος, GC content, πόσα χρωμοσώματα, τι οργανίδια μπορεί να υπάρχουν εδώ πέρα Πότε κατατέθηκε, άμα κάναμε και κάποια τροποποίηση κάποια στιγμή σε αυτό το γονιδίωμα Πόσο αριθμό γονιδίων έχουνε, πόσα από αυτά είναι πρωτοενικά γονίδια Αν επίσης είναι ενωμένα σε κάποια σκάφος για να μπορούμε να τα δούμε και καλύτερα Και τώρα εδώ πέρα αυτό που ήθελα να δω είναι, ας τα δούμε όλα μαζί Να δούμε για παράδειγμα ποιο είναι το μεγαλύτερο ευκαιρωτικό γονιδίωμα που είναι κατατεθυμένο εδώ πέρα Πώς μπορούμε να το κάνουμε αυτό, πάμε λίγο να μπορούμε να τα δούμε όλα Κάνεις μετά μια ταξινόμηση με βάση αυτό, να δούμε πού θα φτάσουμε, τι θα μας βγάλει Αυτό είναι τα μικρότερα, πάμε στα μεγαλύτερα Αυτό είναι, που άμα το θυμάμαι καλά το έχω βάλει κι εγώ, να δούμε εδώ πέρα τι έχω βάλει Ένα είδος, ένα είδος ερυθροελάτης είναι Τώρα εγώ το είχα ταυτοποιημένο σαν άμπιες Ενώ εδώ πέρα το αντίστοιχο γονιδίωμα το οποίο υπάρχει είναι διαφορετικό, το προφανώς είναι περίπου το ίδιο Είναι πάντως ένα είδος ερυθροελάτης, το οποίο έχει, σκεφτείτε ότι ο άνθρωπος έχει τρία δισεκατομμύρια ζευγιβάσεων Αυτό ενώ αυτό έχει 20 δισεκατομμύρια ζευγιβάσεων Εντάξει, άρα πολύ μεγαλύτερο, αλλά περιμένουμε να έχει περισσότερα γονίδια Όχι, υπάρχουν περίπου ο ίδιος αριθμός γονιδίων Αυτός τώρα ο αριθμός των γονιδίων που βλέπετε εδώ πέρα, επαναλαμβάνω, είναι λίγο, μην το πάρετε και της μετρητής Θα δούμε κάποια στιγμή ακριβώς τι μιλάμε γιατί σε αυτά τα γονίδια αρχίζουν και μπαίνουν διάφορες κατηγορίες γονιδίων Θα το εξηγήσουμε όταν έρθει η ώρα Αλλά πάντως πάντα μιλάμε 20 με 25 με 28.000 γονίδια, δεν φτάνουν τα 100.000 γονίδια που λέγαμε παλιά Το μέρος των γονιδιωμάτων βλέπετε ότι είναι από μερικά εκατομμύρια ζευγιβάσεων μέχρι τα τρία δισεκατομμύρια ή και κάποια παραπάνω σε σχέση με τους αυκαριώτες Εδώ πέρα, βέβαια, έχουμε πολύ παραλαμβανόμενο DNA. Αυτό είναι ένα καινούργιο πρόσωπο γονιδίωμα Πώς το βλέπουμε αυτό στην πράξη Πώς φαίνεται αυτό λοιπόν όσον αφορά τι είναι οργάνες του γονιδιώματος Είναι σημαντικό λίγο να το έχουμε λίγο στο μυαλό μας το πώς το γανώνει το γονιδιώματο. Βλέπετε στην ίδια περιοχή του γονιδιωμάτων πως στην ίδια περιοχή υπάρχει εντελώς διαφορετική οργάνωση Εδώ ας πούμε σε σχέση με ένα γονίδιο βλέπουμε μια περιοχή που έχει να κάνει πού βρίσκεται το γονίδιο τους RNA πολυμεράσεις και αντίστοιχα τι υπάρχει εκεί γύρω σε τέσσερα διαφορετικά είδη Στην Νίκολα υπάρχουν και άλλα 57 γονίδια αριστερά και δεξιά αυτού του γονιδίου Υπάρχουν ελάχιστα δε γονιδιακές αελουχίες και ελάχιστα επαναλαμβανόμενες αελουχίες Στην Ζήμη υπάρχουν 30 γονίδια Στην Δροσόφυλλα Μελανογκάστερ υπάρχουν 9 γονίδια και υπάρχουν και αρκετές διαγονιδιακές αελουχίες Στον άνθρωπο όλο και όλο σε αυτό το γονίδιο τους RNA πολυμεράσεις που έχει μεγαλώσει Υπάρχουν και πολλά εντρόνια, υπάρχουν και όλο και όλο άλλα δύο γονίδια Και πολύ περισσότερες διαγονιδιακές αελουχίες Άλλα βλέπετε πώς αλλάζει οργάνωση του γονιδιώματος Όσο ανεβαίνουμε λοιπόν σε πολυπλοκότητα τόσο πιο αραιά είναι κατανεμημένα τα γονίδια Τόσο υπάρχουν εντρόνια και περισσότερες επαναλαμβανόμενες περιοχές Αυτό είναι όμορφο για να βλέπουμε πώς ακριβώς αλλάζει οργάνωση του γονιδιώματος Από εδώ και πέρα θα δούμε τώρα σε αυτό το μάθημα και μερικά παραδείγματα από εφικτωτικά γονιδιώματα Πάλι μπορεί κάποιες φορές να σας φανεί λίγο βαρετό, πολλές λεπτομέρειες Η σημασία για μένα δεν είναι μόνο λεπτομέρεια Είναι να σας μείνει το πώς είναι οργανωμένη η ζωή Πώς θα δείτε διαφορετική ιερά άρχιση οργάνωσης γονιδιωμάτων Τι καταλαβαίνω από τη σύγκριση των γονιδιωμάτων Και τι πληροφορίες μπορούμε να πάρουμε συναφορά τη λειτουργία της ζωής Άρα λοιπόν μην μείνετε στη λεπτομέρεια Αλλά προσπαθήστε να χρησιμοποιείτε αυτή τη λεπτομέρεια για να ανοίξει το μυαλό σας Να καταλάβετε τη σύγκριση και από τη σύγκριση θα μπορέσει να φτάσει σε συμπεράσματα για τη ζωή Εντάξει Και σε διάφορα σημεία θα βλέπουμε πώς το προσεγγίζουμε το σύστημα για να το καταλάβουμε Ξεκινάμε λοιπόν από τη Ζήμη, ήταν ο πρώτος ευκαιρωτικός οργανισμός που ελουχήθηκε το 1996 Το πρώτο πράγμα που βρήκαμε το οποίο ήταν εξαίρεση και ταυτόχρονα και πολύ ενδιαφέρον Είναι ότι έχει με 16 χρωμοσώματα Αλλά το μέγεθος του λέω εδώ πρέπει να είναι περίπου 12 εκατομμύρια βάσεις Γιατί περίπου 12 εκατομμύρια βάσεις? Γιατί το χρωμόσωμα 12 είχε τόσο πολύ παναλαμβανόμενο DNA Και είχε τόσο μεγάλη διαφορά από άτομο σε άτομο Που σε άλλες περιπτώσεις μπορούν να ήταν 2 εκατομμύρια βάσεις Σε άλλες περιπτώσεις μπορούν να ήταν και τα 3 εκατομμύρια βάσεις Άρα μιλάμε για τόσο πολύ παναλαμβανόμενο DNA που διέφερε μεταξύ διαφορετικών ατόμων Όσο και στο επίπεδο σχεδόν του 10% του νοηκού γονιδιώματος να διαφέρει Στην Ζήμη βρήκαμε περίπου 6.000 γονίδια Που οδηγεί την αφθονία από εκεί που ήταν στο ένα γονίδιο ένα χίλιες βάσεις Να πηγαίνει στο μισό, ένα γονίδιο ένα δύο χιλιάδες βάσεις Αλλά γενικά είναι ένα γονιδίωμα το οποίο είναι συμπαγές Έχει λίγες επαναλαμβανόμενες περιοχές, μικρά εντρόνια Αλλά παρόλα αυτά επίσης παρόλο που είναι ένα αρχαίγονο γονιδίωμα Αν μπορείς να το πεις αυτό Έχεις και το 50% των γονιδίων της Ζήμης να αντιστοιχεί στον άνθρωπο Άρα λοιπόν μας ενδιαφέρει να δουλέψουμε με τη Ζήμη Θα πάρουν πληροφορίες ακόμα και τον άνθρωπο Και βεβαίως αυτό το οποίο βρίσκουμε, το βρίσκουμε και πολλά γονίδια Τα οποία υπάρχουν ομόλογα και σε βακτριακά Άρα είμαστε περίπου στη μέση συνέχεια της ζωής Το πιο ενδιαφέρον είναι αυτό το σύστημα, αυτό το φαινόμενο Το οποίο θα το δούμε πολλές φορές Πολλές φορές βλέπουμε πολλά αντίγραφα από γονίδια τα οποία έχουνε προκύψει Μα αυτό που λέμε whole genome duplication Τι σημαίνει αυτό, δεν έχει να κάνει με τη Ζήμη Έχει να κάνει γενικά με την εξέλιξη των γονιδιωμάτων Τι είναι λοιπόν το whole genome duplication Το λέει και η λέξη Συνολικός διπλασιασμός ολόκληρος του γονιδιώματος Και γιατί γίνεται αυτό Γιατί δημιουργούνται ύλη, δημιουργείται ποσότητα αλληλουχίας Η οποία πολύ εύκολα μπορεί να χρησιμοποιηθεί για την εξέλιξη των οργανισμών Από εκεί που έχεις ένα γονιδίωμα, έχεις έναν διπλασιασμένο γονιδίωμα Έχεις μπόλικο υλικό με το οποίο μπορείς να παίξεις, να γίνει μεταλλάξεις Να διαφορεοποιηθούν γονίδια, να σου δώσουν την ικανότητα Να επικήσεις διαφορετικά περιβάλλοντα Έτσι μπόρεσε η ζωή να εξελιχθεί στον πλανήτη Ακριβώς επειδή υπήρχε περισσότερη ύλη να παίξουν οι οργανισμοί Δεν είναι ο σκοπός τους να γίνει αυτό το πράγμα Αλλά όταν συνέβαινε είχαν καλύτερη προσαρμοστικότητα στο περιβάλλον Και μετά μπορούσαν να επικήσουν και διαφορετικά άλλα περιβάλλοντα Πώς το βλέπουμε αυτό εδώ πέρα Κοιτάξτε το γονιδίωμα της Ζήμης Τα 16 χρωμοσώματά της μοιάζουν μεταξύ τους Κομμάτια κομμάτια των χρωμοσωμάτων Είναι σαν να τα βλέπεις όχι αυτούσια αλλά παρόμοια Και σε κάποιο άλλο χρωμόσωμα Πώς το καταλαβαίνετε εσείς αυτό Τι συμβαίνει εδώ πέρα Σε σχέση με αυτό το συμβάν Ναι, το μικρό σου Ελένη, ναι Πες το καλύτερα τι μετάλλαξη θέλουμε εδώ πέρα Σε τέτοια περίπτωση Δεν είναι μια σημειακή μετάλλαξη Τι είναι Ολόκληρες χρωμοσωματικές ανακατατάξεις Άρα λοιπόν βλέπετε ότι Ξεκινάει πες 8 χρωμοσώματα Αυτά τα 8 χρωμοσώματα γίνονται 16 Μακάρα τόσο απλά τα πράγματα δεν είναι τόσο απλά Αλλά τα 8 γίνονται 16 και μετά τι γίνεται Με την πάρδο των χρόνων Εμείς το κάτω κάτω δεν βλέπουμε τη ζήμη Ή το προγονικό είδος της ζήμης Πως είναι τώρα Δεν το βλέπουμε πως ήταν τότε Όταν έγινε ο διπλασιασμός Το βλέπουμε τώρα Από τότε μέχρι τώρα Έχουν γίνει του κόσμου Χρωμοσωματικές ανακατατάξεις Με αποτέλεσμα να μπορείς να δεις Ακριβώς αυτό το πράγμα Βλέπεις ότι το χρωμόσωμα 4 Κατά κάποιο τρόπο έχει προκύψει από κομμάτια Ένα κομμάτι από το χρωμόσωμα 5 Ένα κομμάτι από το χρωμόσωμα 12 Ένα κομμάτι από το χρωμόσωμα 13 Αλλά εδώ αλλά εκεί πάλι είναι Έγινε? Ναι Αυτό ακριβώς βλέπεις εδώ πέρα Πάντα, ναι Γίνεται χρωμοσωματικός διπλασιασμός Όλων των χρωμοσωμάτων Ολόκληρον ιδιώματος Οπότε υπάρχει πολλή υλή Κι εκεί πέρα άλλο θα διατηρηθεί Κάποια κομμάτια θα χαθούνε κιόλας Και θα δούμε κάποια στιγμή πιο μετά Στα μαθήματα τι πληροφορίζουμε Να πάρουμε γενικά για τα σπονδυλωτά Τι έγιναν κάποιες φορές Και πήραμε πολύ περισσότερο υλικό Λοιπόν για εξέλιξη, ναι Συμπροκαρυώτες, όχι Νομίζω όχι, δεν το έχω δει ποτέ Να υπάρχει σαν φαινόμενο ιδιαίτερα Γιατί σκέψτε ότι εκεί πέρα μιλάμε και για Ένα χρωμόσωμα συνήθως Να το ψάξω Αλλά το θεωρούν ότι είναι ένα βασικό φαινόμενο Το οποίο βοήθησε τους ευκαρυώτες Να εξαπλωθούνε Να το ψάξω Εντάξει Τώρα Κι ένα άλλο πολύ ενδιαφέρον που θέλω να σητηθήσουμε Εδώ πέρα, με αφορμή Τη ζύμη, αυτό σας λέω Τι με αφορμή Κάποια γονιδιόμου θα παίρνουν πληροφορίες Γενικά για το πώς το προσεγγίζουμε Όπως σας είπα Και το σητηθήσαμε πριν από ένα δύο μαθήματα Ένα μεγάλο πρόβλημα Είναι να υπολογίσεις πως αγωνίδια Υπάρχουν στην πραγματικότητα Ο μόνος τρόπος όταν έχεις ένα γονιδίωμα Να δεις αυτά τα γονίδια Είναι βιοπληροφορικά Θυμάστε λίγο είχαμε πει Ένας τρόπος κλασικός ποιος είναι Ποιος είναι ο τρόπος Με τον οποίο μπορούμε να βρούμε Βιοπληροφορικά γονίδια Ο πιο κλασικός τρόπος, ναι Παναγιώτης, ναι Ψάχνουμε να βρούμε Ανοιχτό αναγνωστικό πλαίσιο ORF τι σημαίνει Open Reading Frame Και τώρα τι βλέπεις εδώ πέρα Άμα βάλεις Το γονιδίωμα της ζύμης Αυτά τα εκατομμύρια βάσεις Μέσα σε αυτά τα προγράμματα Τότε και ψάξεις απλώς Ανοιχτά αναγνωστικά πλαίσια Τι γίνεται Άμα ζητήσεις έστω και μικρές Πρωτεΐνες που να έχουν Μέγεθος μέχρι 100 αμυνοξέα Δηλαδή ένα ανοιχτό αναγνωστικό πλαίσιο Πόσων νυκλωτηδίων 300 νυκλωτηδίων Τότε μπορείς να βρεις 260.000 Διαφορετικά ανοιχτά αναγνωστικά πλαίσια Τα οποία σου δημιουργούν τα SM ORF, small ORF Small genes Υπάρχουν τόσα πολλά γονίδια Εδώ είπαμε πριν από λίγο Ότι η ζύμη έχει 6.000 γονίδια όλο και όλο Αλλά άμα το ψάξεις Εντελώς δύο πληροφορικά Τότε Συνειτοποιήσεις ότι υπάρχουν πολλά Ανοιχτά αναγνωστικά πλαίσια Υπάρχουν όμως πραγματικότητα ή δεν υπάρχουν Ποια πέστε μου Ναι, όχι Δεν ξέρω, δεν απαντώ Ποιοι πιστεύετε ότι Υπάρχουν τόσα αναγνωστικά πλαίσια Ποιοι πιστεύουν ότι δεν υπάρχουν Και ποιοι δεν ξέρουν Εγώ θα έλεγα δεν ξέρω Δεν υπάρχει εύκολη απάντηση Σε αυτό το πράγμα Μπορεί να υπάρχουν Μπορεί και να μην υπάρχουν Δύο πληροφορικά το προσεγγίζουμε Αλλά Γενικά Επειδή ακριβώς Τρελαίνεσαι άμα αρχίσεις να ψάχνεις Τέτοιες μικρές πρωτεΐνες Ποιες είναι οι πιο γνωστές Μικρές πρωτεΐνες που ξέρετε Εδώ θέλω φυσιολογία Ποιες πρωτεΐνες συνήθως είναι Μικρές σε μέγεθος Απ' τη φυσιολογία σας Οι στόνες δεν είναι μικρές Επειδή Δεν πετάμε παντού τις στόνες Σε ένα απάντηση όταν μιλάμε για πρωτεΐνες Ποιες πρωτεΐνες είναι μικρές Άρα εμείς οι βιολόγοι Οι πρωτεΐνες δεν τα πάμε καθόλου καλά Οι ορμόνες Οι ορμόνες είναι γενικά μικρές πρωτεΐνες Άρα λοιπόν Γενικά όμως όταν ψάχνεις βιοπληροφορικά Να βρεις Ανοιχτά αναγνωστικά πλαίσια Όλα αυτά τα ανοιχτά αναγνωστικά πλαίσια που είναι Μέχρι 100 αμίνοξέα Δεν τα παίρνουμε υπόψη Γιατί ακριβώς Είναι πάρα πολύ δυνατοί Συνδυασμοί ανοιχτό αναγνωστικό πλαίσιο Μέχρι 300 νυκλωτήδια Αρχή Μεταγραφής Μέχρι 300 νυκλωτήδια τέλος Μεταγραφής Που δεν μπορείς να ξέρεις τελικά αν υπάρχουν ή δεν υπάρχουν Συνήθως όλες αυτές οι απαντήσεις Που λέμε ότι υπάρχουν 6.000 γονίδια 10.000 πρωτεΐνικά γονίδια 15.000 πρωτεΐνικά γονίδια Είναι για γονίδια Για πρωτεΐνικά που οι πρωτεΐνοί Να είναι μεγαλύτεροι από 100 αμίνοξέα Εντάξει Ναι Συνήθως όλες αυτές οι απαντήσεις Είναι για 100 αμίνοξέα ή είναι μικρότερα να υπάρχουν Εντάξει Ξεκάθαρα υπάρχουν Αλλά πώς θα τις βρεις αυτές οι πρωτεΐνες Για να τις βρεις αυτές Τι χρειάζεται Χρειάζεται πρωτεΐνική προσέγγιση πρώτο πόλα Να μπορέσεις να ταυτοποιήσεις Όλες τις πρωτεΐνές που προσφέρουν ο οργανισμός Θέλει πρωτεΐομιξ Και επίσης θέλει και να αρχίσεις Θέλει ένα από αυτά τα γονίδια για πέστε μου ακριβώς γιατί θα το σητήσουμε κάποια στιγμή πώς μπορείς να ταυτοποιήσεις τελικά αν υπάρχουν δεν υπάρχουν αυτά τα γονίδια Θέλει πειράματα Θέλει να πάρεις την κάθε μία άλλη λουχέ και θα το δούμε και τι να κάνεις εκεί πέρα Πώς το λέμε αυτό το να επεμβαίνεις στα γονίδια Πώς το λέμε αυτή την προσέγγιση όταν θέλεις να επεμβαίνεις τα γονίδια και να δεις τελικά τι γίνεται Αλλα ασχολούνται με όλα αυτά πάρα πολύ με πάρα πολύ ωραία δουλειά Ας πούμε ο κύριος Μόσυλος και η κυρία Χατζοπούλ κάνουν τέτοια πειράματα Τι θέλεις να κάνεις σε τέτοια περίπτωση Πώς το λένε αυτό Τη τεχνολογία ναι θέλω κάτι πιο συγκεκριμένο όμως Δύο λέξεις θα πούμε Η μια την ξέρετε την άλλη σου να μην την ξέρετε Το ένα που θέλουμε είναι κατευθυνόμενη μεταλλαξιγέννηση Το έχετε ακούσει ποτέ σαν όρο Άρα κατευθυνόμαστε συγκεκριμένα σε μια συγκεκριμένη βάση την αλλάζουμε Τι προκαλούμε αν αλλάξουμε το αμυνοξύ Τι θα γίνει αν μέσα σε αυτό το γονίδιο που είναι 300 αμυνοξέα Το σπάσουμε, το σπάσουμε όχι δεν το σπάσουμε Βάλουμε ένα στόπ κόντον μέσα σε αυτά τα 100 κλωτήρια Και τελικά πάρουμε ακόμα και μικρότερη πρωτεΐνη Αλλάζει κάτι στο φαινότυπο ή δεν αλλάζει Κατευθυνόμενη μεταλλαξιγέννηση Συγκεκριμένα άμα δημιουργήσουμε ένα στόπ κόντον πώς το λέμε αυτό Τι έχουμε κάνει στο γονίδιο Εδώ θέλω αθλητισμό Γνώση αθλητισμού θέλω εγώ τώρα εδώ πέρα Αν έχουμε δημιουργήσει ένα στόπ κόντον μέσα σε ένα γονίδιο Οπότε πια δεν παράγεται αυτή η πρωτεΐνη Τι το έχουμε κάνει το γονίδιο Αθλητικό όρο θέλω Νόκαουτ Θα το ακούσουμε πάρα πολλές φορές και θα το δούμε και όλες ότι υπάρχουν τέτοιες προσεγγίσεις Το νόκαουτ είναι ένας συγκεκριμένος τρόπος που προσεγγίζεις την κατευθυνόμενη μεταλλαξυγέννηση Νόκαουτ είναι κατευθυνόμενη μεταλλαξυγέννηση Η κατευθυνόμενη μεταλλαξυγέννηση δεν είναι νόκαουτ γιατί δεν είναι απαραίτητο μόνο που πας νόκαουτ στο γονίδιο Μπορεί να θες να αλλάξεις κάποιες πρωτεΐνες Ναι κάποια αμυνοξέα να αλλάξει κάπως τη δομή της πρωτεΐνης και να δεις αν κάτι γίνεται Άρα λοιπόν Αυτό λίγο σασμένει όσον αφορά την αβεβαιότητα στον υπολογισμό των Open Reading Frames Έγινε? Και μπορούμε ακριβώς τώρα, αρχίζουμε και βάζουμε πια τις πρωτεΐνες και τα γονιδία με βάση στη λειτουργία τους Άρα λοιπόν αυτά τα πιθανά όρφη, τι δουλειά κάνουνε Σ' άλλες περιπτώσεις ξέρουμε τι κάνουνε Σ' άλλες περιπτώσεις ψαχνόμαστε ακόμα Υπάρχουν κάποιες ομολογίες σε κάποια άλλα είδη Δεν τα έχουμε βρει άλλες φορές αλλά ξέρουμε ότι είναι γονίδια Δεν ξέρουμε καθόλου ότι υπάρχουν ή δεν υπάρχουν αυτά τα όρφη Προσπαθούμε να καταλάβουμε τι κάνουνε Ναι, κι άμα ξέρουμε τη λειτουργία τους Εγώ θα σας απαντήσω με ερώτηση Ξέρεις εσύ κανένα γονίδιο που να κάνει μόνο μια δουλειά Νομίζω ο κανόνας είναι Ναι, απλώς μπορείς να δεις Θα το δούμε τώρα, περίμενε θα δούμε ακριβώς τι πληροφορίες μπορείς να πάρεις Αυτό ακριβώς θέλω να δούμε Αρχίζουμε λοιπόν και ταυτοποιούμε Αυτό είναι συγκεκριμένη ομαδοποίηση πρωτογενικών γονιδίων Στις οποίες ομαδοποιείς τα γονίδια είτε με βάση το molecular function Μωριακή λειτουργία Είτε με βάση το biological process Τη βιολογική διαδικασία Το ένα είναι πιο ενζυμικό, ποιος είναι ο στόχος που την κάνει Δηλαδή μεταβολισμός, μεταγραφή πρωτογενικής σύνθεσης Το άλλο είναι που συμμετέχει σαν διαδικασία Να επικοινωνούν τα κύταρα Να προστατεύουν τον οργανισμό μέσα από άμυνα Να οργανώνονται καλύτερα τα κύταρα Και όλα αυτά λοιπόν για να μπορέσεις να τα δεις Πλέψε εδώ πέρα, ειδικά για το molecular function Υδρολάσση, τρανσφεράση, protein binding RNA binding, transporter activity Structural molecule activity, transcription regulator activity Αυτό είναι το activity, ποια είναι η λειτουργία Ενώ εδώ πέρα είναι ποια είναι η διαδικασία Βοηθάει στην οργάνωση των οργανιδίων Βοηθάει στο μεταβολισμό του RNA Βοηθάει στη μεταγραφή, στη μετάφερση, εκεί του καθεξής Αυτό είναι ενζυμικά κατά κάποιον τρόπο Δεν είναι όλα ενζυματικά, αν είναι Ενώ αυτό είναι που τελικά συμμετέχει Και υπάρχουν ολόκληρες λίστες Στις βάσεις διαδομένων που ταυτοποιούν Οι γονίδια ανάλογα με το molecular function Και με το biological process Και εκεί πάει η ταυτοποίηση των γονιδίων Το ότι βλέπεις ένα γονίδιο Και μετά πρέπει να το κάνεις annotation, να το κάνεις τεκμηρίως Να δεις ποια είναι η μοριακή του λειτουργία Και σε ποια βιολογική διαδικασία συμμετέχει Δεν χρειάζεται να ξέρεις συγκεκριμένα Ότι συμμετέχεις σε ένα συγκεκριμένο ενζυμικό μονοπάτι Αλλά πάνω κάτω, τι είναι αυτό το γονίδιο Είναι transferase, είναι RNA πολυμεράση Κάτι τέτοιο Πολλά και πολλά γονίδια έχουμε να στείλουμε Ένα συσβάλλον στην αναδοδημική μοιάχονται Αλλά ένα κομμάτι από αυτήν την υποδοχή του μεγάλου Υπάρχει και σε κάτι άλλο Ένα και μισό πάλι Όπως αρχίσετε να διαβάζετε εργασίες γονιδιωματικής Θα δείτε κάτι απίστευτα μονοπατάκια και δίκτυα πρωτεϊνών Δεν ξέρω να σας συγκρήξει ποτέ ο κύριος Κούρος Που ασχολείται κάποιες φορές με αυτά τα πράγματα Αλλά ο τρόπος με τον οποίο προσπαθείς να οπτικοποιείς Ποια είναι την πληροφορία Είναι πραγματικά απίστευτος και δύσκολος όλος Όπου σου βάζει κάποιες πρωτεΐνες και σου βάζει δίκτυα και σου μαρκάρει τα δίκτυα Ότι εδώ πέρα είναι αυτές τις πρωτεΐνες που δουλεύουν Κάποιες άλλες πληροφορίες όταν ενεργοποιείς το μεταγράφωμα Ενισχύονται κάποια άλλες βιολογικές διαδικασίες πιο πολύ Οπότε προσπαθείς να σου οπτικοποιείς την πληροφορία Τη χρειάζεται εκεί πέρα για να κάνεις αυτά τα τεράστια σχηματάκια Βιοπληροφορικές και πιο συγκεκριμένα R-γλώσσα. Δηλαδή στην R-γλώσσα είναι καλύτερη για να μπορέσεις να κάνεις ωραίες εικόνες και να δεις τι γίνεται Και να αυτό που σας έλεγα ότι για να μπορέσεις να δουλέψεις και να καταλάβεις τελικά τι κάνουν αυτά τα γονίδια Χρειάζεσαι να κάνεις νοκ-αουτ με τα λάγματα Να καταστρέφεις ένα ένα γονίδιο και να δεις τι συμβαίνει Κατά πόσο ποια από όλες αυτές οι ιδιολογικές διαργασίες θα αναστατωθεί άμα καταστρέψουμε το γονίδιο Δεν θα μπορέσει να γίνεται μετάφραση προειδημών Σε μια τέτοια περίπτωση βέβαια κατά πάντα θα σου πεθάνει η ζήνη Αλλά τέλος πάντων βλέπεις τη διαδικασία που επηρεάζεται Κι ένας άλλος τρόπος με τον οποίο μπορούμε να δουλέψουμε είναι με μικροάρεης Όπου να δούμε πάλι πως επηρεάζεται η λειτουργία και πως συμμετέχουν τα διάφορα γονίδια Θα το δούμε όταν έρθει η ώρα και μιλήσουμε λίγο περισσότερο για μικροάρεης Ποια είναι τα γονίδια και πως συμμετέχουν και πως βλέπουμε τη λειτουργία τους Απλώς να θυμάστε ότι όταν θέλουμε να δουλέψουμε λειτουργία Μπορούμε να κάνουμε νοκ-αουτ ή να δουλέψουμε με μικροάρεης Τώρα, αν δεν μας φτάνει μόνο το ένα το είδος, για όλους τους ευκαριώτες Θα αρχίσετε να βλέπετε και πάρα πολύ συχνά ότι έχουμε ξεφύγει μόνο από το ένα το άτομο Μιλάμε πια για re-sequencing projects re-sequencing δεν σημαίνει ότι παίρνω το ίδιο άτομο και το επαναλληλουχώ Αλλά παίρνω και άλλα άτομα από το ίδιο είδος Κι υπάρχουν πολλά, εσείς που θα κάνετε εργασία Νομίζω για πρώτη φορά, επειδή πια γίνεται αυτό το πράγμα Νομίζω θα σας δώσω και τη δυνατότητα Άμα βρείτε εργασίες, να μου πείτε την ποικιλότητα μέσα σε ένα σύνολο ατόμων ενός ίδιου Να το κάνετε αυτό σε εργασία Πάνε εκείνα τα χρόνια πριν από 5-8 χρόνια Ας πούμε που οι συμφυτητές σας ψάχνουν να βρουν την αλληλουχία του ενός γωνιδιώματος Τώρα μπορούμε να βρούμε άνετα πολλές αλληλουχίες από πολλά άτομα από το ίδιο είδος Άρα να ψάχνουμε ακόμα περισσότερο σε βάθος τι γίνεται Και τι κάνανε λοιπόν, που και αυτό δεν είναι πρόσφατο, αυτό έγινε και πριν από 5-6 χρόνια Πέρα από το ένα γωνιδίωμα της ίμης, τι κάνανε Αλληλουχίσανε και 37 άτομα ακόμα από αυτό το είδος της ίμης Και 27 άτομα από ένα άλλο είδος Τι κάνανε εδώ πέρα, βλέπετε όμως ότι η κάλυψη δεν είναι δεκαπλάσια Που λέμε ότι θέλουμε κάλυψη δεκαπλάσια, είναι μια φορά κάλυψη, τρεις φορές κάλυψη το παραδόξους Γιατί, γιατί δεν κάνανε δεκαπλάσια κάλυψη Αφού λέμε εμείς ότι θέλουμε κατά μέσο όρο να έχουμε διαβάσει δέκα φορές ένα γωνιδίωμα Για να έχουμε αυτή την πληροφορία, να έχουμε σωστή πληροφορία Ναι, εσείς εσύ, όχι και εκεί Ήτανε ήδη γνωστή αλληλουχία Καλά το πας, ήταν η ίδια γνωστή αλληλουχία, άρα... Γιατί δεν ήδη γνωστή αλληλουχία, αυτό είναι το σημαντικό, το έχουμε πίσω και όλος Άρα λοιπόν, την δεκαπλάσια κάλυψη πότε τη χρειαζόμαστε Όταν θέλουμε να ενώσουμε να μην υπάρχουν κενά Ναι, όταν θέλουμε, θέλετε να βοηθήσετε κάποιος άλλος Γιατί θέλουμε δεκαπλάσια κάλυψη συνήθως, ναι Μερόπ Όταν βγαίνουν πολύ μεγάλες διαφορές και πρέπει να τα καταλάβουμε Όχι, δεν είναι διαφορές, δεν έχουν σημασία διαφορές Γιατί την πρώτη φορά που κάνουμε ένα γωνιδίωμα θέλουμε δεκαπλάσια κάλυψη Και όταν κάνουμε κι άλλα άτομα του ίδιου είδους Δεν μας ενδιαφέρει να έχουμε δεκαπλάσια κάλυψη Αυτή είναι η ερώτηση Να γνωρίζουμε μεταλλάξεις που υπάρχουν ήδη Όχι, δεν είναι μεταλλάξεις που υπάρχουν ήδη Αφού σου λέω ότι την πρώτη φορά κάνουμε περισσότερη δουλειά Τις επόμενες φορές κάνουμε λιγότερη δουλειά Α, πιθανώς την πρώτη φορά υπάρχουν περισσότερα λάθη Όχι περισσότερα λάθη, να θέλουμε περισσότερα διαβάσματα Περισσότερα διαβάσματα, ναι Να είμαστε πιο σίγουροι για τις πολυμορφισμούς Ναι, αυτός είναι ένας λόγος που θέλουμε για την πρώτη φορά που θα διαβάσουμε το γωνιδίωμα Το βασικό λόγο δεν μου λέτε, ναι Τον θέλουμε σαν πρότυπο γιατί, για ποιον λόγο το θέλουμε σαν πρότυπο Για ποια διαδικασία, τι θέλουμε να κάνουμε Όχι, τι θέλουμε, ναι Φυσικούς γενετικούς χάρτες μπορεί και να μην φτιάξουμε Έτσι κυρίως για λιλούχηση μιλάμε πια, δεν μιλάμε για φυσικούς γενετικούς χάρτες Εγώ δεν μιλάω εδώ πέρα για φυσικούς γενετικούς χάρτες Μιλάω γιατί μια φορά θέλουμε 10 φορές το γωνιδίωμα να το έχουμε Ενώ την άλλη φορά μας θα βγει και 2 φορές να το έχουμε το γωνιδίωμα Δεν μιλάμε για φυσικούς γενετικούς χάρτες Τι είναι το πρόβλημά μας την πρώτη φορά που προσπαθούμε να φτιάξουμε το γωνιδίωμα ενός είδους Ποιο είναι το πρόβλημα που έχουμε να αντιμετωπίσουμε? Συνολικά είστε επαναλαμβανομένοι ομιλιτές Και αυτό κάπου στο ίδιο πράγμα καταλήγουμε Ποιο είναι το πρόβλημά μας? Να συνερμολογίσουμε το γωνιδίωμα Εκεί είναι το πρόβλημά μας Θέλουμε να συνερμολογίσουμε ένα άγνωστο γωνιδίωμα Όταν το συνερμολογίσουμε την πρώτη φορά, το έχουμε Βάλει σε μια σειρά, ξέρουμε πάνω κάτω που είναι οι διάφορες ολουχίες Άρα μετά, όταν πάμε και διαβάσουμε μια φορά το γωνιδίωμα Ακόμα και κομματάκια κομματάκια να έχουμε Τα οποία από μόνα τους δεν θα μπορούμε να τα συνερμολογίσουμε Τι έχουμε? Έχουμε ένα ικρίωμα πάνω στο οποίο θα πάμε και θα βάλουμε τα κομματάκια μας Το έχουμε πια το γωνιδίωμα Εντάξει? Ναι μεν, έχει δει και ο Ραφαέλη που λέει Ότι με τη μια και με τις τρεις φορές και με τις δυο φορές, μπορεί να μην είμαστε σίγουροι κάποιες φορές Κατά πώς αυτό που βλέπουμε είναι λάθος ή πολυμορφισμός Γιατί θα συγκρίνουμε διαφορετικά αυτού, αλλά παρόλα αυτά Να πάμε και να πούμε ότι σε όλο αυτό το κομμάτι, εδώ έχω, εδώ έχω, εδώ έχω, εδώ έχω Το έχω το ικρίωμα πάνω στο οποίο να βάζεις το για τη συνερμολόγηση Εντάξει? Άρα, αφόσον το είχανε πια το πρώτο το γωνιδίωμα Τι θα μπορούσε να κάνουν και λιγότερο σε βάθος αλληλούχηση Και γιατί κάνανε λοιπόν αυτή τη δουλειά και πήρανε του κόσμου τα δεδομένα Τι θέλα να κάνουνε Γιατί μπαίνει σε μια διαδικασία όπως ισχύουνε αυτά εδώ πέρα για την αλληλούχηση στα γωνιδιώματα της ζήμης Τα ίδια θα σκέφτεστε και θα θέλετε να κάνετε και σε οποιοδήποτε άλλο είδος Τι μπορούμε να δούμε λοιπόν Να συγκρίνουμε τις αλληλουχίες Να συναρμολογήσουμε να δούμε Έχουμε κάνει καλή συναρμολόγηση μέχρι τώρα Ακόμα πιο σημαντικό Πικιλότητα Snips Intel και CNV Τι σημαίνουν αυτά Snips το έχουμε Intel το έχουμε ξαναδει άλλη φορά Όχι το έχετε ακούσει ποτέ Τι μπορεί να σημαίνει Intel Πες Παναγιώτη Πώς το λέμε αυτό στα αγγλικά Insertions, deletions Εντάξει με μια λέξη Intel Δηλαδή χρωμοσοματικές Απόλοιες ή διπλασιασμοί Ή ενθέματα Και αυτό τι είναι Πικιλότητα στον αριθμό των αντιγράφων Τι είπαμε για τη ζήμη Ότι υπήρχαν και ολόκληρα κομμάτια που είχε πάρα πολύ παραλαμβανόμενο DNA Τι είναι αυτό Copy, Number, Variations Copy, Number, Variations Που δεν υπάρχει μόνο στη ζήμη αυτό το πράγμα Και στον άνθρωπο Έχουμε δει Ότι μπορεί σε κάποιες περιπτώσεις Εγώ Να έχω τρία και τέσσερα αντίγραφα Στο DNA μου από κάποια γονίδια Και κάποιος άλλος να έχει τριάντα αντίγραφα Από κάποια γονίδια Ποιος είναι ο πιο μάγκας Αυτός που έχει τριάντα αντίγραφα προφανώς Δηλαδή Τέτοια Copy, Number, Variations Μπορεί να είναι σε περιοχές Οι οποίες είναι μη λειτουργικές Αλλά μπορεί να περιλαμβάνουν και γονίδια Άρα λοιπόν Πικιλότητα μέσα στα γονιδιώματα Απλές μεταλλάξεις Χρωμοσομικές μεταλλάξεις Αριθμός του πλασιασμών Απόλοιας Μετά Πέρα από αυτό Ποια είναι τα γονίδια που μπορεί να βρούμε Γιατί κάποιες πληροφορίες χαλάσανε Και επίσης Από εκεί και πέρα εδώ Ακόμα μέχρι εδώ Είμαστε πάνω κάτω στη δομική γονιδιωματική Τι βλέπουμε? Πικιλότητα Σιγά σιγά όμως θα αρχίσουμε να το προσεγγίζουμε Και σε λειτουργικό Επίπεδο Ποια η διαφορά Μεταξύ ατόμων Διαφορετικών πληθυσμών Του ενός ή του άλλου είδους Γιατί κάποιοι Αρχίζουμε να βλέπουμε Θα δούμε αυτό το πολυμορφισμό Και θα δούμε Υπάρχουν συγκεκριμένα SNIPS Και συγκεκριμένα INDERS Και συγκεκριμένα copy number variations Που χαρακτηρίζουν Συγκεκριμένους πληθυσμούς Συγκεκριμένα στελέχη σε αυτά τα είδη Και άμα τα χαρακτηρίζουν και τα βρίσκουμε μόνο εδώ Και όχι εκεί Τι μπορεί να σημαίνει αυτό Υπάρχουν φαινόμενα επιλογής Μπορούμε να τα συσχετίσουμε με φαινοτύπους Πολλά από αυτά τα στελέχη Τα εργαστηριακά Μπορούμε να βρούμε αυτές μεταλλάξεις Συγκεκριμένα τα γονίδια Που προκαλούν αυτούς τους φαινοτύπους Καταλαβαίνετε τον τρόπο Με το οποίο το προσεγγίζουμε Γι' αυτό το κάνουμε Άρα λοιπόν Σε τι προσπαθώ να σας βάλω Σε μια λογική Συσχέτισης Της δομής, της αλληλουχίας Αυτοίς καθ' αυτής Θα είναι τη λειτουργία Εντάξει? Άρα λοιπόν γι' αυτό πια αρχίζουμε Και μπαίνουμε σε risk forcing projects Πάμε παρακάτω Και νομίζω κάπου Θα τελειώσουμε και με το νηματόδι Ο νηματόδις Είναι ένας καταπληκτικός οργανισμός Μικρός Εύκολος σε καλλιέργεια Και με πάρα πολλά ωραία δεδομένα Δεν έχω δουλέψει με νηματόδι Αλλά πάντως είναι πραγματικά πολύ Φανταστικός και είναι φανταστικός Γιατί πρώτα απ' όλα Όταν μεγαλώσει φτάνει σε ένα Μάξιμου κυτάρων 959 κύτταρα περίπου έχουν τα άτομα Είναι σταθερός ο αριθμός των κυτάρων Είναι για παράδειγμα Σταθερός ο αριθμός των ευρικών κυτάρων 302 κύτταρα είναι όλο και όλο Αλλά παρόλα αυτά Αυτά τα κύτταρα Μα τα μελετήσεις έχουν αντιστοιχεία Και στον άνθρωπο Αν ψάχνεις τα εκατομμύρια συνάψεις Τον εγκέφαλο του ανθρώπου Να καταλάβεις πώς δουλεύει εκεί πέρα Το νευρικό το σύστημα Πάρε ένα νηματόδι και δες τι γίνεται Δες λίγο πώς γίνεται η ανάπτυξη Του ατόμου Από το αυγό Μέχρι το όριμο άτομο Θα φτάσει τα 959 κύτταρα Βιολογία ανάπτυξη Χαρακτηριστικό παράδειγμα οργανισμού Το οποίο δουλέψει με βιολογία ανάπτυξη Είναι σώμα, μπορείς να δεις τα κύτταρα πόσο μεγαλώνουν και πού πάνε Με τη βοήθεια ανάπτυξιακών μεθόδων Άρα λοιπόν Αποτελεί ένα χαρακτηριστικό είδος μοντέλο Για βιολογία και γενετική Στο συγκεκριμένο το άρθρο Μπορείτε να δείτε ένα πολύ πρόσφατο άρθρο Θα δείτε ακριβώς πληροφορίες για το νηματόδι Γιατί είναι τόσο σημαντικό στο νηματόδι και τις πληροφορίες που έχουμε πάρει Άρα λοιπόν ήταν δεδομένο Τι έπρεπε να το δουλέψουμε αυτόν τον οργανισμό για να βρούμε τον γονιδίωμά του Και ήταν ο πρώτος πολυκύτρος οργανισμός που αλληλουχήθηκε Γονιδίωμα μικρό, 100 εκατομμύρια βάτσες Αλλά με πολλά γονίδια 20.000 πρωτεϊνικά γονίδια Αυθονία Πιο μικρή απ' ό,τι πιο πριν Πέρα από τα πρωτεϊνικά γονίδια που υπάρχουν Αυτό είναι καινούργιο, τότε δεν το ξέραμε Τώρα το έχουμε ανακαλύψει, τώρα πρόσα θα το πρόσθεσα Έχουμε 16.000 RNA γονίδια Και βεβαίως αυτό το βρήκαμε στον Νηματόδη Αντίστοιχα βρίσκουμε πάρα πολλά RNA γονίδια και σε άλλους οργανισμούς Ανακαλύπτουμε γονίδια τα οποία δεν τα ξέραμε μέχρι τώρα Νάτο όμως, ότι γιατί τον δουλεύουμε Γιατί και εδώ πέρα πάρα πολλά γονίδια έχουν ομόλογα στον άνθρωπο Εδώ πια βέβαια, αρχίζουμε και βρίσκουμε και μεγάλα κομμάτια του γονιδιώματος Άρα αρχίζει και αυξάνει την περιοχή που δεν κωδικοποιείται Και εδώ πέρα επίσης, και αυτό πια δεν είναι τόσο πρόσφατα Μετά από αυτή την αλληλούχιση του C. elegans Έχουν γίνει αλληλούχιση και σε αυτό το είδος και σε άλλα τρία είδη Και εδώ πέρα μπορείτε να βρείτε διάφορες πληροφορίες Να δούμε λίγο τώρα τι γίνεται εδώ πέρα Μπορούμε λοιπόν και εδώ πέρα να ταυτοποιήσουμε τι λειτουργίες κάνουν αυτά τα γονίδια Υπάρχουν πρωτεΐνες οι οποίες μπορεί να έχουν σημασία ας πούμε για τη μεταφορά Πρωτεΐνες που να έχουν σημασία για το μεταβολισμό Πρωτεΐνες οι οποίες είναι κυτοσκελετικές, ριβοσομικές πρωτεΐνες Πρωτεΐνες οι οποίες δεν ξέρουμε τι κάνουν Αλλά παρόλα αυτά αυτό που βρίσκουμε για πρώτη φορά τι είναι Εφόσον μιλούμε για πολύ κύτερο οργανισμό αρχίζουμε και βρίσκουμε και πολλά γονίδια Που έχουν να κάνουν τη διακύταρική επικοινωνία Στην zine δεν θα βρίσκαμε κάτι τέτοιο Εδώ πέρα βρίσκουμε τέτοια γονίδια Και όπως σας είπα ο σκοπός μας πάντα είναι να δούμε τη λειτουργία Άρα λοιπόν θα το βλέπουμε κατά καιρούς αυτό το πράγμα Αρχίζουν και δημιουργούν οι εταιρίες τσιπάκια για μικροάρεης Όπου τι κάνουνε, βάζουνε όλα τα γονίδια που έχουν ταυτοποιήσει στον οποιοδήποτε οργανισμό σε ένα τσιπάκι Και να μπορούμε να κάνουμε αναλύσεις μικροάρεης Να δούμε ποια γονίδια εκφράζονται Ποια γονίδια δεν εκφράζονται σε συγκεκριμένες αναπτυξιακές καταστάσεις Σε συγκεκριμένα περιβάλλοντα και ούτω καθεξής Να δω λίγο, προλαβαίνουμε να σας βάλω και ένα βιντάκι Λοιπόν θα βάλουμε το βιντάκι μόνο για να τελειώσουμε έτσι Για τη ροσόφυλα Και μετά τελειώνουμε Για τη ροσόφυλα, ας το δούμε αυτό Και τι μας αρέσει η ροσόφυλα και τι πληροφορίες μπορούμε να πάρουμε Από το γονιδίωμα της ροσόφυλας Είμαστε 60% μήμη της ροσόφυλα Είμαστε 60% μήμη της ροσόφυλας Νευρικό σύστημα Ακούτε ε, πάνω κάτω, του λέει ε Μια εύκολη καλλιέρα της ροσόφυλας Κάνουμε κατευθυνόμενη μεταλαξιγέννηση για συγκεκριμένα περιβάλλοντα Κάνουμε ανάλυση διαφορετικά όργανα με διαφορετικές χωριστικές Νευρωνικά κύτταρα Επισημασμένα Συγκεκριμένα κύτταρα που είναι σημαντικά για την αναπαραγωγή και τη σύζευξη Συγκεκριμένα κύτταρα που είναι σημαντικά για την αναπαραγωγή και τη σύζευξη Έντερο, στομάχι και τα έντερα που συνδέουν αυτό με αυτό Πάω το έντερο Και υπάρχουν δυστυχίες Μεδρόνες Πολύ πιο απλό σύστημα για να το μελετήσουμε Και να καταλάβουμε πληροφορίες όπως διαβίτης ή παχυσαρκία Αλλά όχι μόνο αυτό Τι είναι αυτά? Απέκριση Ταΐζουμε τις ροσόφλες διαφορετικές φαγητά και βλέπουμε τι παίρνουμε Και το μεταβολισμό να καταλάβουμε ποιο είναι το πληροφορίες Απαικριτικό σύστημα, νεφρά Δείτε τώρα Πρόβλημα στα νεφρά Τι μας δίνει αυτό το βίντεο Ακριβώς την ομοιότητα που μπορεί να έχουμε Σου να φορά τη λειτουργία της ροσόφλας και τη λειτουργία του ανθρώπου Γιατί αξίζει να δουλέψουν λοιπόν το γονιδί μας της ροσόφλας |
